More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0035 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0035  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  100 
 
 
339 aa  696    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1948  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  87.32 
 
 
342 aa  624  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.693179  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0438  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic ligand binding subunit DctP  71.93 
 
 
341 aa  521  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7227  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  70.47 
 
 
341 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5668  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  62.02 
 
 
337 aa  451  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2686  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  62.31 
 
 
339 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4094  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  63.12 
 
 
331 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0716973 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2722  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  60.95 
 
 
339 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.194387  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2710  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  62.43 
 
 
339 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3121  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.13 
 
 
339 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2804  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  60.65 
 
 
339 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.433152  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2372  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.97 
 
 
338 aa  428  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4816  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.6 
 
 
337 aa  424  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.244366 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3009  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.82 
 
 
344 aa  422  1e-117  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3079  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.16 
 
 
339 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3645  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  60.51 
 
 
337 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.650504  normal  0.152004 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1539  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.43 
 
 
337 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.268114  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1442  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.09 
 
 
336 aa  401  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201981  hitchhiker  0.0000183061 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3614  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.59 
 
 
336 aa  395  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4671  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.28 
 
 
339 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4774  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.57 
 
 
339 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.572869  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3438  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.25 
 
 
339 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5644  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.98 
 
 
339 aa  386  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.331472  hitchhiker  0.00217249 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4817  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.09 
 
 
338 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0285478  normal  0.34495 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1735  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.67 
 
 
339 aa  382  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.41 
 
 
343 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1690  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.57 
 
 
334 aa  380  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1537  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.84 
 
 
345 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.441099 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6141  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.91 
 
 
347 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.708346  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3309  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.11 
 
 
343 aa  360  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323003  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6073  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.1 
 
 
336 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1730  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50.78 
 
 
335 aa  349  4e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.866468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1236  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.41 
 
 
340 aa  349  4e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3433  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.21 
 
 
335 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.386998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2742  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.22 
 
 
337 aa  344  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.028755 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.11 
 
 
338 aa  344  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2024  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  46.02 
 
 
339 aa  344  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140424  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3270  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  47.76 
 
 
337 aa  342  4e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2120  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  49.68 
 
 
338 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4385  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.02 
 
 
338 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305111  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2093  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.76 
 
 
338 aa  334  2e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.541831  normal  0.0719668 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.09 
 
 
345 aa  332  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2368  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.46 
 
 
338 aa  330  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.0529777 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0561  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.21 
 
 
344 aa  328  9e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.471282  normal  0.306024 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6902  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.21 
 
 
345 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0980  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  46.27 
 
 
339 aa  318  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0821  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  45.05 
 
 
352 aa  314  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0719  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  42.99 
 
 
338 aa  287  2e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0811  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  43.52 
 
 
336 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0405  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.66 
 
 
330 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.169231 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3996  trap transporter solute receptor  31.96 
 
 
328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0701  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic component  31.6 
 
 
350 aa  162  8.000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000267748  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3951  trap dicarboxylate transporter subunit DctP  31.62 
 
 
328 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.725737 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4058  trap dicarboxylate transporter DctP subunit  31.62 
 
 
328 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.677544  normal  0.748274 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1455  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.02 
 
 
330 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.534729  normal  0.295585 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3871  trap transporter solute receptor, dctp family  31.62 
 
 
328 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3887  trap transporter solute receptor, dctp family  31.62 
 
 
328 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4499  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.42 
 
 
336 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.851713  normal  0.398115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4271  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.39 
 
 
330 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.27 
 
 
329 aa  159  7e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000633962  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1747  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.88 
 
 
354 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0731  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.94 
 
 
328 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03431  predicted transporter  31.72 
 
 
328 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0131  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.72 
 
 
328 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.72 
 
 
328 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03382  hypothetical protein  31.72 
 
 
328 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.867398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3902  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  31.39 
 
 
328 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3783  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  31.72 
 
 
328 aa  157  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2976  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.58 
 
 
322 aa  157  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178108  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4076  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  31.07 
 
 
328 aa  155  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3387  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.88 
 
 
335 aa  156  6e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1540  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.23 
 
 
332 aa  156  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.0681608 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.05 
 
 
334 aa  155  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2458  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.94 
 
 
336 aa  153  5e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000179067 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0762  C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  31.35 
 
 
328 aa  152  8e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2123  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  30.26 
 
 
330 aa  150  2e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000773537  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.79 
 
 
318 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1824  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.74 
 
 
331 aa  150  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000127835  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2794  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.79 
 
 
338 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.879508 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.93 
 
 
336 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0755  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.23 
 
 
338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190213  normal  0.863428 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1377  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  29.39 
 
 
321 aa  146  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0329  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  29.93 
 
 
330 aa  146  5e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1558  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.92 
 
 
334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.102042  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5723  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.43 
 
 
335 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5721  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.38 
 
 
337 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1576  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.2 
 
 
336 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.14 
 
 
327 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.187299  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2293  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.99 
 
 
338 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.528549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4041  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.32 
 
 
331 aa  143  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2963  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.69 
 
 
337 aa  143  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.07 
 
 
339 aa  143  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.482624  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5330  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.11 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2480  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.53 
 
 
334 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2050  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.31 
 
 
336 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692281  normal  0.771105 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3220  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.6 
 
 
324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3234  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.51 
 
 
332 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.230361  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3944  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.14 
 
 
337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4042  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.66 
 
 
330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1873  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.97 
 
 
336 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>