More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1948 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1948  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  100 
 
 
342 aa  697    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.693179  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0035  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  87.32 
 
 
339 aa  607  1e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0438  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic ligand binding subunit DctP  71.05 
 
 
341 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7227  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  69.88 
 
 
341 aa  499  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5668  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.31 
 
 
337 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4094  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  63.21 
 
 
331 aa  435  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0716973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2686  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.54 
 
 
339 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3121  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  62.34 
 
 
339 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2722  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.76 
 
 
339 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.194387  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2804  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.47 
 
 
339 aa  427  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.433152  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2710  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.63 
 
 
339 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2372  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.99 
 
 
338 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3009  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  58.41 
 
 
344 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3079  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  58.86 
 
 
339 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4816  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.72 
 
 
337 aa  410  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.244366 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3645  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.59 
 
 
337 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.650504  normal  0.152004 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3614  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.23 
 
 
336 aa  394  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4774  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.13 
 
 
339 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.572869  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1539  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.32 
 
 
337 aa  390  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.268114  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3438  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.82 
 
 
339 aa  386  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1735  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.72 
 
 
339 aa  384  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4671  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.25 
 
 
339 aa  383  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1442  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.23 
 
 
336 aa  381  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201981  hitchhiker  0.0000183061 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4817  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.73 
 
 
338 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0285478  normal  0.34495 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1690  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.91 
 
 
334 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5644  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.62 
 
 
339 aa  368  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.331472  hitchhiker  0.00217249 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3309  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.79 
 
 
343 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323003  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.14 
 
 
343 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6141  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.68 
 
 
347 aa  361  8e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.708346  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1537  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.54 
 
 
345 aa  361  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.441099 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6073  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.7 
 
 
336 aa  347  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1730  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.1 
 
 
335 aa  345  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.866468 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2742  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.11 
 
 
337 aa  341  8e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.028755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1236  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.56 
 
 
340 aa  342  8e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2024  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  46.61 
 
 
339 aa  341  9e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140424  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3270  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  48.8 
 
 
337 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.11 
 
 
338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3433  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.06 
 
 
335 aa  335  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.386998  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  47.18 
 
 
345 aa  335  5.999999999999999e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2093  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.66 
 
 
338 aa  335  7e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.541831  normal  0.0719668 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4385  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.92 
 
 
338 aa  332  5e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305111  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2368  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.36 
 
 
338 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.0529777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2120  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  49.35 
 
 
338 aa  332  8e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6902  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.68 
 
 
345 aa  324  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0561  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.21 
 
 
344 aa  323  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.471282  normal  0.306024 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0980  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  45.77 
 
 
339 aa  319  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0821  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  45.65 
 
 
352 aa  317  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0811  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  42.14 
 
 
336 aa  280  2e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0719  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  40.9 
 
 
338 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0405  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.23 
 
 
330 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.169231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1455  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.47 
 
 
330 aa  166  4e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.534729  normal  0.295585 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0701  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic component  34.04 
 
 
350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000267748  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4271  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.75 
 
 
330 aa  162  9e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03431  predicted transporter  31.44 
 
 
328 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0131  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.44 
 
 
328 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.44 
 
 
328 aa  160  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3783  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  31.44 
 
 
328 aa  160  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03382  hypothetical protein  31.44 
 
 
328 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.867398  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2458  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.21 
 
 
336 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000179067 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3996  trap transporter solute receptor  30.63 
 
 
328 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4076  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  31.06 
 
 
328 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0731  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.34 
 
 
328 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3387  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.27 
 
 
335 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5723  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.91 
 
 
335 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0755  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.04 
 
 
338 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190213  normal  0.863428 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3902  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  31.03 
 
 
328 aa  157  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3951  trap dicarboxylate transporter subunit DctP  30.26 
 
 
328 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.725737 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3871  trap transporter solute receptor, dctp family  30.26 
 
 
328 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4058  trap dicarboxylate transporter DctP subunit  30.26 
 
 
328 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.677544  normal  0.748274 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3887  trap transporter solute receptor, dctp family  30.26 
 
 
328 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.49 
 
 
334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2976  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.74 
 
 
322 aa  155  9e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178108  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1747  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.88 
 
 
354 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0762  C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  32.01 
 
 
328 aa  154  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.29 
 
 
336 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4499  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.13 
 
 
336 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.851713  normal  0.398115 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0329  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  31.54 
 
 
330 aa  152  8e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2794  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.06 
 
 
338 aa  152  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.879508 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1558  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.31 
 
 
334 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.102042  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5721  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.27 
 
 
337 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.86 
 
 
329 aa  150  3e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000633962  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2123  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  31.23 
 
 
330 aa  149  9e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000773537  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1377  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  30.77 
 
 
321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1824  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.56 
 
 
331 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000127835  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2963  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.13 
 
 
337 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.66 
 
 
339 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.482624  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3944  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.94 
 
 
337 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.76 
 
 
349 aa  145  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.890437  normal  0.0946211 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.01 
 
 
318 aa  145  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1576  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.33 
 
 
336 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5330  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.52 
 
 
342 aa  143  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0088  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.28 
 
 
331 aa  143  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4041  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.5 
 
 
331 aa  143  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2784  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.57 
 
 
331 aa  142  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.335515  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1873  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.05 
 
 
336 aa  142  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1540  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.62 
 
 
332 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.0681608 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3836  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.94 
 
 
323 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0128517  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0416  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.64 
 
 
331 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2567  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.15 
 
 
337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0507413  hitchhiker  0.00000000175996 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4882  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.37 
 
 
322 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>