More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1735 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3438  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  90.86 
 
 
339 aa  636    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1735  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  100 
 
 
339 aa  690    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5668  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.38 
 
 
337 aa  435  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4094  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  61.59 
 
 
331 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0716973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2686  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.09 
 
 
339 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2722  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.8 
 
 
339 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.194387  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2710  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  60.18 
 
 
339 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3079  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.82 
 
 
339 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3121  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  60.58 
 
 
339 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4816  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  58.9 
 
 
337 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.244366 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3009  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.85 
 
 
344 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1539  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.72 
 
 
337 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.268114  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.88 
 
 
343 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2804  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.94 
 
 
339 aa  403  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.433152  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5644  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.4 
 
 
339 aa  400  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.331472  hitchhiker  0.00217249 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4774  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.93 
 
 
339 aa  397  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.572869  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4671  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.52 
 
 
339 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1690  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  58.2 
 
 
334 aa  389  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4817  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.87 
 
 
338 aa  388  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0285478  normal  0.34495 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1442  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.29 
 
 
336 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201981  hitchhiker  0.0000183061 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1948  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.72 
 
 
342 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.693179  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3645  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.84 
 
 
337 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.650504  normal  0.152004 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0035  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.95 
 
 
339 aa  377  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2372  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.35 
 
 
338 aa  374  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7227  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.24 
 
 
341 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0438  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic ligand binding subunit DctP  54.92 
 
 
341 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3614  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.85 
 
 
336 aa  362  6e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1537  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.33 
 
 
345 aa  360  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.441099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3270  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  53.56 
 
 
337 aa  358  8e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6073  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.78 
 
 
336 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6141  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.18 
 
 
347 aa  353  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.708346  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0561  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.71 
 
 
344 aa  347  1e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.471282  normal  0.306024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3309  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.54 
 
 
343 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323003  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1236  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50 
 
 
340 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6902  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.34 
 
 
345 aa  342  5e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2024  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  50.95 
 
 
339 aa  342  5.999999999999999e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140424  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2742  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.85 
 
 
337 aa  341  1e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.028755 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1730  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.04 
 
 
335 aa  340  2e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.866468 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3433  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.91 
 
 
335 aa  338  8e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.386998  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4385  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50.62 
 
 
338 aa  334  1e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305111  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2093  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.11 
 
 
338 aa  332  6e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.541831  normal  0.0719668 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2120  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  47.62 
 
 
338 aa  332  6e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0980  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.04 
 
 
339 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2368  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.11 
 
 
338 aa  331  1e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.0529777 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.39 
 
 
345 aa  330  3e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.69 
 
 
338 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0821  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.02 
 
 
352 aa  312  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0719  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  42.31 
 
 
338 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0811  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  43.58 
 
 
336 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0405  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  38.49 
 
 
330 aa  199  7e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.169231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1455  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  38.63 
 
 
330 aa  192  5e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.534729  normal  0.295585 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4271  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  38.43 
 
 
330 aa  189  5e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3996  trap transporter solute receptor  35.25 
 
 
328 aa  179  7e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3951  trap dicarboxylate transporter subunit DctP  34.89 
 
 
328 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.725737 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3887  trap transporter solute receptor, dctp family  34.89 
 
 
328 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3871  trap transporter solute receptor, dctp family  34.89 
 
 
328 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4058  trap dicarboxylate transporter DctP subunit  34.89 
 
 
328 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.677544  normal  0.748274 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3902  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  34.53 
 
 
328 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2976  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.55 
 
 
322 aa  172  5.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178108  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03431  predicted transporter  34.17 
 
 
328 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0131  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.17 
 
 
328 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3783  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  34.17 
 
 
328 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.17 
 
 
328 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4076  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  34.17 
 
 
328 aa  172  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03382  hypothetical protein  34.17 
 
 
328 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.867398  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0731  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.56 
 
 
328 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2443  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.72 
 
 
323 aa  169  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2458  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.73 
 
 
336 aa  169  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000179067 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0762  C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  34.17 
 
 
328 aa  170  4e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.04 
 
 
349 aa  169  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.890437  normal  0.0946211 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0755  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  38.1 
 
 
338 aa  169  8e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190213  normal  0.863428 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3387  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.33 
 
 
335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0701  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic component  34.97 
 
 
350 aa  165  9e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000267748  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4041  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.36 
 
 
331 aa  164  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.46 
 
 
329 aa  162  1e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000633962  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2838  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.17 
 
 
327 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0955544  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6043  TRAP-Type C4-dicarboxylate transport system, binding periplasmic protein (DctP subunit)  31.82 
 
 
344 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302858  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0329  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  32.55 
 
 
330 aa  159  5e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.14 
 
 
334 aa  159  6e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1558  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.03 
 
 
334 aa  159  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.102042  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6105  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.21 
 
 
330 aa  159  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5723  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.62 
 
 
335 aa  159  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3836  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.71 
 
 
323 aa  159  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0128517  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5066  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.22 
 
 
326 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.02 
 
 
327 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.187299  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4042  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.55 
 
 
330 aa  156  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0958  TRAP dicarboxylate transporter  35.04 
 
 
326 aa  156  6e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.674704 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.34 
 
 
339 aa  155  9e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.482624  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2963  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.46 
 
 
337 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.22 
 
 
336 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1747  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.33 
 
 
354 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2480  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.38 
 
 
334 aa  153  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1290  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.73 
 
 
331 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.877345 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2123  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  30.25 
 
 
330 aa  153  5e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000773537  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3944  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.2 
 
 
337 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2794  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.82 
 
 
338 aa  152  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.879508 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3765  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.83 
 
 
334 aa  152  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0440938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1824  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.19 
 
 
331 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000127835  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0416  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.49 
 
 
331 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3604  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.46 
 
 
343 aa  151  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>