More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1236 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1236  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  100 
 
 
340 aa  697    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1537  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  63.55 
 
 
345 aa  449  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.441099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4385  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.61 
 
 
338 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305111  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6141  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  62.2 
 
 
347 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.708346  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2742  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  60.48 
 
 
337 aa  431  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.028755 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3270  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  61.33 
 
 
337 aa  431  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2093  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.64 
 
 
338 aa  422  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.541831  normal  0.0719668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2368  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.46 
 
 
338 aa  421  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.0529777 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.96 
 
 
338 aa  420  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3309  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.64 
 
 
343 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323003  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0561  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.92 
 
 
344 aa  385  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.471282  normal  0.306024 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6902  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.01 
 
 
345 aa  382  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2686  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.6 
 
 
339 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4094  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  54.74 
 
 
331 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0716973 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5668  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.73 
 
 
337 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3079  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.68 
 
 
339 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2710  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.41 
 
 
339 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3438  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.29 
 
 
339 aa  365  1e-100  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2722  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.32 
 
 
339 aa  365  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.194387  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1442  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50 
 
 
336 aa  362  5.0000000000000005e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201981  hitchhiker  0.0000183061 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3009  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50.3 
 
 
344 aa  361  9e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0719  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.11 
 
 
338 aa  360  1e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3121  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.38 
 
 
339 aa  359  4e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4817  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50.9 
 
 
338 aa  356  2.9999999999999997e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0285478  normal  0.34495 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1539  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.39 
 
 
337 aa  351  8.999999999999999e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.268114  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4816  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.34 
 
 
337 aa  347  2e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.244366 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2804  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.52 
 
 
339 aa  345  7e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.433152  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1735  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50 
 
 
339 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1690  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  50 
 
 
334 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2372  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.66 
 
 
338 aa  342  5.999999999999999e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1948  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.56 
 
 
342 aa  342  8e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.693179  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4671  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.08 
 
 
339 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4774  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.38 
 
 
339 aa  338  7e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.572869  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0035  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.52 
 
 
339 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6073  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.18 
 
 
336 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3645  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.6 
 
 
337 aa  332  6e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.650504  normal  0.152004 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7227  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.35 
 
 
341 aa  325  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5644  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  46.45 
 
 
339 aa  323  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.331472  hitchhiker  0.00217249 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3614  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.87 
 
 
336 aa  321  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0438  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic ligand binding subunit DctP  48.37 
 
 
341 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  46.29 
 
 
343 aa  316  3e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  44.77 
 
 
345 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2120  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  44.51 
 
 
338 aa  305  9.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2024  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  45.25 
 
 
339 aa  300  3e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140424  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1730  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  45.1 
 
 
335 aa  295  9e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.866468 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3433  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  43.32 
 
 
335 aa  295  1e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.386998  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0980  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  42.81 
 
 
339 aa  281  9e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0821  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  42.94 
 
 
352 aa  271  1e-71  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0811  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  40.55 
 
 
336 aa  256  6e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3387  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.34 
 
 
335 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2976  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.83 
 
 
322 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178108  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.82 
 
 
329 aa  160  2e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000633962  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4271  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.83 
 
 
330 aa  160  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.86 
 
 
318 aa  159  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3902  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  30.43 
 
 
328 aa  159  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03431  predicted transporter  30.43 
 
 
328 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0131  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.43 
 
 
328 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3783  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  30.43 
 
 
328 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03382  hypothetical protein  30.43 
 
 
328 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.867398  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4076  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  30.1 
 
 
328 aa  157  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.43 
 
 
328 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3996  trap transporter solute receptor  28.25 
 
 
328 aa  155  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4058  trap dicarboxylate transporter DctP subunit  27.92 
 
 
328 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.677544  normal  0.748274 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3887  trap transporter solute receptor, dctp family  27.92 
 
 
328 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3951  trap dicarboxylate transporter subunit DctP  27.92 
 
 
328 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.725737 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0762  C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  30.94 
 
 
328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6992  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.61 
 
 
343 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170519  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1455  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.32 
 
 
330 aa  153  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.534729  normal  0.295585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0731  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.34 
 
 
328 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0405  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.08 
 
 
330 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.169231 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.94 
 
 
349 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.890437  normal  0.0946211 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3871  trap transporter solute receptor, dctp family  27.6 
 
 
328 aa  152  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1540  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.87 
 
 
332 aa  152  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.0681608 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4091  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.72 
 
 
324 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0786  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.72 
 
 
331 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5066  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.35 
 
 
326 aa  149  8e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0701  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic component  32.49 
 
 
350 aa  149  9e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000267748  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6105  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.56 
 
 
330 aa  146  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.71 
 
 
327 aa  146  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.187299  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4041  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.04 
 
 
331 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0329  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  29.45 
 
 
330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2123  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  29.37 
 
 
330 aa  144  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000773537  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4042  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.35 
 
 
330 aa  143  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.18 
 
 
334 aa  142  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0985  solute-binding family 7 protein  31.01 
 
 
343 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5943  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.47 
 
 
328 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2458  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.81 
 
 
336 aa  140  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000179067 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0755  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.43 
 
 
338 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190213  normal  0.863428 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1309  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  31.54 
 
 
342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.861655 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4577  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.82 
 
 
344 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.883026  normal  0.33639 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2293  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.14 
 
 
338 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.528549 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1377  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  29.47 
 
 
321 aa  139  6e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3836  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.63 
 
 
323 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0128517  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5721  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.09 
 
 
337 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4715  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.65 
 
 
322 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  decreased coverage  0.00914415 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2963  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  30.28 
 
 
337 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.87338 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3964  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  29.18 
 
 
328 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.363818  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1747  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.83 
 
 
354 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1558  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.97 
 
 
334 aa  136  4e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.102042  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4705  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  26.67 
 
 
328 aa  136  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>