More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3438 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1735  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  90.86 
 
 
339 aa  636    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3438  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  100 
 
 
339 aa  694    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5668  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.83 
 
 
337 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.889087  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2686  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.36 
 
 
339 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2722  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  63.46 
 
 
339 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.194387  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4094  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  61.77 
 
 
331 aa  436  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0716973 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3079  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.94 
 
 
339 aa  427  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2710  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  60.59 
 
 
339 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3121  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  61.54 
 
 
339 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3009  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.86 
 
 
344 aa  426  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  58.94 
 
 
343 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4816  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.44 
 
 
337 aa  415  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.244366 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2804  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.94 
 
 
339 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.433152  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5644  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.61 
 
 
339 aa  402  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.331472  hitchhiker  0.00217249 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4774  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.68 
 
 
339 aa  396  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.572869  normal  0.214475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4671  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.27 
 
 
339 aa  397  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1539  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  57.1 
 
 
337 aa  397  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.268114  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1442  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.97 
 
 
336 aa  393  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.201981  hitchhiker  0.0000183061 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1690  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  56.01 
 
 
334 aa  391  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1948  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.82 
 
 
342 aa  386  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.693179  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4817  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  59.55 
 
 
338 aa  387  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0285478  normal  0.34495 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0035  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.45 
 
 
339 aa  379  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2372  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.76 
 
 
338 aa  380  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3645  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.66 
 
 
337 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.650504  normal  0.152004 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7227  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  55.56 
 
 
341 aa  376  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0438  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic ligand binding subunit DctP  54.6 
 
 
341 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1537  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.89 
 
 
345 aa  365  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.441099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3270  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  54.01 
 
 
337 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.243033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6141  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.8 
 
 
347 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.708346  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1236  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.29 
 
 
340 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0561  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  54.63 
 
 
344 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.471282  normal  0.306024 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3614  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.85 
 
 
336 aa  363  3e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6902  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.13 
 
 
345 aa  361  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6073  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  53.45 
 
 
336 aa  358  9e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2024  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  52.53 
 
 
339 aa  350  2e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140424  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3309  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.23 
 
 
343 aa  350  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.323003  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1730  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.62 
 
 
335 aa  350  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.866468 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3433  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  52.87 
 
 
335 aa  347  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.386998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2742  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.85 
 
 
337 aa  345  8e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.028755 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4385  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  51.31 
 
 
338 aa  342  7e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.305111  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2093  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.7 
 
 
338 aa  341  1e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.541831  normal  0.0719668 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2368  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.7 
 
 
338 aa  340  2e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239905  normal  0.0529777 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2120  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  47.01 
 
 
338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0262  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  48.36 
 
 
338 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5224  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  50.64 
 
 
345 aa  333  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0980  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  49.4 
 
 
339 aa  330  2e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0821  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  47.02 
 
 
352 aa  313  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0719  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  43.67 
 
 
338 aa  289  6e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0811  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  43.92 
 
 
336 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.233168  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0405  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.63 
 
 
330 aa  192  5e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.169231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1455  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.55 
 
 
330 aa  189  5e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.534729  normal  0.295585 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4271  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  38.64 
 
 
330 aa  186  6e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3996  trap transporter solute receptor  33.91 
 
 
328 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4058  trap dicarboxylate transporter DctP subunit  33.56 
 
 
328 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.677544  normal  0.748274 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3951  trap dicarboxylate transporter subunit DctP  33.56 
 
 
328 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.725737 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3887  trap transporter solute receptor, dctp family  33.56 
 
 
328 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0731  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.64 
 
 
328 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3871  trap transporter solute receptor, dctp family  33.56 
 
 
328 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2976  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.77 
 
 
322 aa  175  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0178108  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3902  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  33.91 
 
 
328 aa  174  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4076  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  33.56 
 
 
328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03431  predicted transporter  33.22 
 
 
328 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.853726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0131  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.22 
 
 
328 aa  172  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03382  hypothetical protein  33.22 
 
 
328 aa  172  9e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.867398  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0135  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.22 
 
 
328 aa  172  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3783  TRAP transporter solute receptor DctP family protein  33.22 
 
 
328 aa  172  9e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2458  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.41 
 
 
336 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000179067 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3387  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.23 
 
 
335 aa  171  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0762  C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component  34.18 
 
 
328 aa  169  6e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.21 
 
 
349 aa  166  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.890437  normal  0.0946211 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0755  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  37.7 
 
 
338 aa  166  8e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190213  normal  0.863428 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4041  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  35.25 
 
 
331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0701  TRAP dicarboxylate transporter, periplasmic component  32.93 
 
 
350 aa  163  3e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000267748  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0447  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.84 
 
 
329 aa  163  3e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000000633962  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1747  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  34.32 
 
 
354 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0329  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  31.77 
 
 
330 aa  162  8.000000000000001e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6043  TRAP-Type C4-dicarboxylate transport system, binding periplasmic protein (DctP subunit)  31.86 
 
 
344 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302858  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2443  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.39 
 
 
323 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3836  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.03 
 
 
323 aa  161  1e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0128517  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1558  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.14 
 
 
334 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.102042  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5723  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.82 
 
 
335 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5066  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.65 
 
 
326 aa  159  6e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1290  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  36.73 
 
 
331 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.877345 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6105  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.95 
 
 
330 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2838  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.51 
 
 
327 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0955544  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.51 
 
 
327 aa  156  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.187299  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0326  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.17 
 
 
334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.21 
 
 
318 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4042  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.63 
 
 
330 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0043  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.99 
 
 
339 aa  153  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.482624  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0958  TRAP dicarboxylate transporter  36.05 
 
 
326 aa  153  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.674704 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3588  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.72 
 
 
336 aa  153  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.565574  normal  0.470316 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2480  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.56 
 
 
334 aa  152  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4715  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.09 
 
 
322 aa  152  8.999999999999999e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.517095  decreased coverage  0.00914415 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1824  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  31.14 
 
 
331 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000127835  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0123  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.45 
 
 
337 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3765  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  28.53 
 
 
334 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0440938  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3604  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  33.09 
 
 
343 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2123  C4-dicarboxylate-binding periplasmic protein  29.9 
 
 
330 aa  150  3e-35  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000773537  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2963  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  32.42 
 
 
337 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.87338 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>