279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BTH_I0486 on replicon NC_007651
Organism: Burkholderia thailandensis E264



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  98.01 
 
 
502 aa  994  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  89.86 
 
 
501 aa  907  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 
513 aa  1038  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  98.01 
 
 
502 aa  994  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  89.46 
 
 
501 aa  905  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  86.73 
 
 
505 aa  880  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  89.07 
 
 
498 aa  898  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  68.06 
 
 
493 aa  673  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  97.47 
 
 
513 aa  1011  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  88.67 
 
 
501 aa  900  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  87.72 
 
 
505 aa  885  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  89.07 
 
 
498 aa  898  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  67.91 
 
 
503 aa  673  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  67.99 
 
 
492 aa  664  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  88.07 
 
 
501 aa  885  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  97.81 
 
 
502 aa  992  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  98.01 
 
 
502 aa  994  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  68.12 
 
 
503 aa  676  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  97.47 
 
 
513 aa  1011  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  87.28 
 
 
503 aa  888  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  88.87 
 
 
501 aa  899  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  97.47 
 
 
513 aa  1011  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  68.5 
 
 
499 aa  686  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  56.1 
 
 
489 aa  504  1e-141  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  55.01 
 
 
484 aa  489  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  51.28 
 
 
488 aa  483  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  51.15 
 
 
507 aa  474  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.45 
 
 
536 aa  462  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  51.49 
 
 
478 aa  458  1e-128  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  52.06 
 
 
488 aa  457  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  50.19 
 
 
530 aa  452  1e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0419  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.56 
 
 
529 aa  454  1e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.361593  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50 
 
 
521 aa  450  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.56 
 
 
525 aa  446  1e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  50.38 
 
 
525 aa  445  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  49.33 
 
 
515 aa  444  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  47.65 
 
 
526 aa  432  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.5 
 
 
530 aa  427  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0674  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  48.72 
 
 
538 aa  421  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354478  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  44.66 
 
 
507 aa  414  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  46.24 
 
 
511 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  46.38 
 
 
500 aa  415  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  45.96 
 
 
497 aa  414  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  45.96 
 
 
497 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  46.23 
 
 
497 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  44.77 
 
 
477 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  44.77 
 
 
477 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.167296 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  44.77 
 
 
477 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 
477 aa  408  1e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 
477 aa  408  1e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  44.77 
 
 
477 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  44.77 
 
 
477 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  43.35 
 
 
493 aa  406  1e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  45.36 
 
 
489 aa  407  1e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 
477 aa  408  1e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 
477 aa  408  1e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  45.54 
 
 
482 aa  407  1e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  44.38 
 
 
477 aa  408  1e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.18 
 
 
477 aa  405  1e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 
477 aa  408  1e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 
477 aa  408  1e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  45.4 
 
 
478 aa  408  1e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  44.38 
 
 
477 aa  408  1e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  47.21 
 
 
502 aa  407  1e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  44.85 
 
 
497 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  44.79 
 
 
497 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  45.26 
 
 
497 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  44.18 
 
 
477 aa  404  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  46.72 
 
 
500 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  46.1 
 
 
511 aa  403  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  46.72 
 
 
500 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  45.26 
 
 
497 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  43.17 
 
 
487 aa  405  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.95 
 
 
497 aa  403  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.05 
 
 
505 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  45.21 
 
 
497 aa  399  1e-110  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  44.9 
 
 
477 aa  400  1e-110  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  46.17 
 
 
493 aa  400  1e-110  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  44.77 
 
 
490 aa  400  1e-110  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  44.51 
 
 
477 aa  398  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  45.16 
 
 
497 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  43.2 
 
 
477 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  45.58 
 
 
489 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  43.73 
 
 
477 aa  395  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  41.92 
 
 
505 aa  392  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  43.85 
 
 
477 aa  391  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  43.96 
 
 
489 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  43.85 
 
 
477 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  43.85 
 
 
477 aa  390  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  48.19 
 
 
488 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  43.63 
 
 
508 aa  388  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  43.31 
 
 
487 aa  386  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.14 
 
 
497 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  44.25 
 
 
491 aa  383  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.32 
 
 
491 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2126  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.29 
 
 
508 aa  378  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.473632  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.17 
 
 
475 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3311  RNA polymerase factor sigma-54  44.34 
 
 
495 aa  375  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.23268e-05  normal  0.857463 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  45.17 
 
 
475 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3349  RNA polymerase factor sigma-54  45.36 
 
 
491 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0341737  normal  0.167062 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>