More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0559 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
225 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  81.7 
 
 
226 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  80.8 
 
 
226 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  76.68 
 
 
224 aa  368  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.01 
 
 
230 aa  246  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  55.39 
 
 
228 aa  246  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.15 
 
 
226 aa  241  8e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50.23 
 
 
224 aa  197  8e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  41.47 
 
 
243 aa  177  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.71 
 
 
222 aa  154  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.861655  normal  0.0267012 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.22 
 
 
236 aa  132  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
228 aa  129  4e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.39 
 
 
242 aa  127  2e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 
225 aa  125  5e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
227 aa  124  9e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
230 aa  120  2e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.1 
 
 
219 aa  118  1e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  6.07267e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 
225 aa  117  2e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
225 aa  115  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  30.77 
 
 
224 aa  114  1e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.67 
 
 
228 aa  113  2e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.03 
 
 
243 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 
226 aa  112  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.03 
 
 
243 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 
243 aa  112  6e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.22 
 
 
220 aa  111  8e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  1.48221e-05 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.02 
 
 
225 aa  110  2e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.05 
 
 
236 aa  109  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.77 
 
 
226 aa  109  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  32.72 
 
 
225 aa  109  3e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
229 aa  109  4e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.67 
 
 
228 aa  109  4e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.22 
 
 
228 aa  108  5e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
227 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  31.67 
 
 
225 aa  107  1e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  28.51 
 
 
225 aa  107  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 
224 aa  106  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.13 
 
 
225 aa  106  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
225 aa  105  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
231 aa  105  7e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
227 aa  104  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  30.09 
 
 
226 aa  104  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 
224 aa  103  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.55 
 
 
231 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.96 
 
 
225 aa  102  3e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2918  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31 
 
 
226 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172063  normal  0.392966 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
226 aa  103  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  34.52 
 
 
228 aa  102  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  35.8 
 
 
226 aa  102  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
227 aa  101  9e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  31.98 
 
 
228 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  9.77836e-11 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0098  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.96 
 
 
234 aa  99.8  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.2435  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
237 aa  99.4  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
235 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
239 aa  99.4  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
235 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.12 
 
 
226 aa  99.4  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8981  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.81 
 
 
222 aa  99  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
228 aa  98.6  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
235 aa  98.6  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  3.41213e-05 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
235 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
235 aa  98.2  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.51 
 
 
225 aa  97.4  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
226 aa  98.2  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 
229 aa  96.7  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.41 
 
 
237 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  29.15 
 
 
236 aa  97.1  2e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  30.45 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
230 aa  96.3  3e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.52774e-08  hitchhiker  1.98015e-05 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.34 
 
 
251 aa  96.3  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.24 
 
 
239 aa  96.3  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
234 aa  96.7  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.24 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
239 aa  96.3  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.31 
 
 
226 aa  95.9  4e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
235 aa  95.5  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
228 aa  95.5  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  8.36213e-06 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
241 aa  95.1  7e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
237 aa  95.1  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.6 
 
 
243 aa  93.6  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3499  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
230 aa  93.6  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506626 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.17 
 
 
225 aa  93.6  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.37 
 
 
239 aa  93.6  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0355  Crp-like transcriptional regulator  23.15 
 
 
221 aa  93.2  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128458  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  25.7 
 
 
229 aa  92.4  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.38 
 
 
232 aa  92.8  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.19 
 
 
246 aa  92.8  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  28.57 
 
 
224 aa  92.4  5e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.29 
 
 
226 aa  92.4  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
278 aa  92  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3269  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
230 aa  92  7e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.883713  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
225 aa  92  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.51 
 
 
225 aa  91.3  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5052  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.27 
 
 
228 aa  91.3  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.267336 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  27.36 
 
 
239 aa  90.9  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
247 aa  91.3  1e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.63 
 
 
239 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0629  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.09 
 
 
230 aa  90.1  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  2.85446e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 
224 aa  90.5  2e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>