More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4056 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 332 aa  664    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  70.18 
 
 		 317 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.07 
 
 		 317 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.57 
 
 		 313 aa  416  9.999999999999999e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.83 
 
 		 308 aa  343  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  57.19 
 
 		 339 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  52.57 
 
 		 319 aa  324  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  55.66 
 
 		 308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  56.11 
 
 		 351 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  55.14 
 
 		 319 aa  318  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  54.69 
 
 		 319 aa  315  5e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.74 
 
 		 307 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  55.62 
 
 		 320 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  54.72 
 
 		 347 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.74 
 
 		 307 aa  303  3.0000000000000004e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.43 
 
 		 307 aa  301  7.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  51.06 
 
 		 325 aa  301  1e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  50.62 
 
 		 312 aa  298  7e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  51.27 
 
 		 332 aa  296  3e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  52.19 
 
 		 314 aa  292  5e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  51.58 
 
 		 328 aa  292  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  51.27 
 
 		 328 aa  291  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  55.27 
 
 		 291 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  50.29 
 
 		 354 aa  285  5e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  51.1 
 
 		 328 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  49.69 
 
 		 321 aa  278  7e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  50.31 
 
 		 309 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  53.11 
 
 		 308 aa  276  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  50.31 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  45.43 
 
 		 317 aa  259  6e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  48.11 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  45.14 
 
 		 311 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  45.14 
 
 		 311 aa  255  7e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  44.34 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  43.22 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.62 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.6 
 
 		 299 aa  242  7.999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.6 
 
 		 299 aa  242  7.999999999999999e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.6 
 
 		 299 aa  242  7.999999999999999e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.31 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  45.12 
 
 		 323 aa  240  2.9999999999999997e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.94 
 
 		 298 aa  239  4e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.31 
 
 		 298 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  45 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  45 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  45 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.31 
 
 		 298 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  45 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  45 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.31 
 
 		 298 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.31 
 
 		 298 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  45 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  45 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  44 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  45 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.31 
 
 		 298 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.97 
 
 		 298 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  45.2 
 
 		 304 aa  235  9e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 		 300 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  45.09 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  45.77 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  44.83 
 
 		 304 aa  231  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  46.73 
 
 		 293 aa  230  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  44.65 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  42.68 
 
 		 301 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.27 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  45.79 
 
 		 303 aa  218  7.999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.21 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  43.17 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  41.59 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  42.54 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  42.22 
 
 		 309 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.56 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.98 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  42.22 
 
 		 300 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  40.57 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  42.22 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  41.32 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.88 
 
 		 297 aa  212  5.999999999999999e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.11 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  40.87 
 
 		 298 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.11 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  36.78 
 
 		 309 aa  210  3e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  42.41 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.87 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.87 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.25 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  42.81 
 
 		 321 aa  209  5e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  41.93 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.49 
 
 		 298 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0895  tyrosine recombinase XerD  44.13 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.8 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  42.22 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  44.13 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  39.06 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.87 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  42.22 
 
 		 292 aa  206  7e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  41.59 
 
 		 300 aa  205  7e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  41.27 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>