More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5907 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5907  parB-like partition protein  100 
 
 		 345 aa  703    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.911153  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4692  parB-like partition proteins  47.72 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0209451  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6109  parB-like partition protein  42.45 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0077  ParB family protein  42.53 
 
 		 335 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  hitchhiker  0.00493853 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7203  parB-like partition protein  43.65 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561228 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0068  DNA-binding protein  38.14 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0036  putative repB protein  37.11 
 
 		 334 aa  82.4  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0003  hypothetical protein  29.75 
 
 		 335 aa  81.3  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4280  RepB plasmid partition  30.34 
 
 		 333 aa  73.2  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3590  parB-like partition protein  29.09 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4954  parB-like partition protein  34.38 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3917  parB-like partition protein  32.86 
 
 		 327 aa  70.5  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5376  plasmid partitioning protein RepB  30.77 
 
 		 349 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224219  normal  0.37065 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5556  plasmid partitioning protein RepB  30.95 
 
 		 329 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal  0.913858 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3735  plasmid partitioning protein RepB  32.64 
 
 		 336 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5872  plasmid partitioning protein RepB  29.19 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136486  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6316  plasmid partitioning protein RepB  31.55 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4572  parB-like partition proteins  30.53 
 
 		 343 aa  66.2  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4090  parB-like partition protein  35.1 
 
 		 333 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3562  plasmid partitioning protein RepB  34.78 
 
 		 353 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5464  plasmid partitioning protein RepB  33.33 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.424565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0293  parB-like partition protein  30.77 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145749  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5036  parB-like partition proteins  30.8 
 
 		 321 aa  64.7  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.704003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0035  parB-like partition proteins  38.24 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  32.77 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7788  plasmid partitioning protein RepB  28.94 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256779  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0433  parB-like partition proteins  30.35 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4518  parB-like partition proteins  29.38 
 
 		 339 aa  63.2  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2942  parB-like partition protein  32.7 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1632  parB-like partition protein  34.25 
 
 		 305 aa  62  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.526467  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6491  parB-like partition protein  34.88 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.880766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6364  chromosome partitioning protein Spo0J  36.25 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5336  parB-like partition protein  29.35 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.557995 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2045  parB-like partition protein  39.37 
 
 		 310 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3503  parB-like partition protein  31.9 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.576785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0002  ParB family protein  29.25 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.295488 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0287  parB-like partition proteins  29.86 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.68713 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4584  parB-like partition proteins  29 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4790  parB-like partition protein  30.41 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.636081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9801  replication protein B  29.71 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3552  parB-like partition protein  28.98 
 
 		 289 aa  60.8  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6500  plasmid partitioning protein RepB  28.12 
 
 		 350 aa  60.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7001  replication protein B  34.97 
 
 		 337 aa  59.7  0.00000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1105  replication protein RepB  30.53 
 
 		 328 aa  59.7  0.00000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000199163  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4191  parB-like partition proteins  28.93 
 
 		 347 aa  59.7  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6053  plasmid partitioning protein RepB  28.89 
 
 		 326 aa  59.7  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0388  parB-like partition proteins  28.23 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73330  chromosome partitioning protein Spo0J  35.76 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2987  stage 0 sporulation protein J  37.89 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.157313  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2665  stage 0 sporulation protein J  37.89 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0001  parB-like partition protein  34.04 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184934 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1203  replication protein RepB  31.64 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00462835  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5303  parB-like partition protein  34.04 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157969  normal  0.0415765 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0008  ParB family partitioning protein  30.67 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8001  replication protein B  26.27 
 
 		 331 aa  59.3  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  31.03 
 
 		 312 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2520  ParB family protein  33.33 
 
 		 293 aa  57.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000102448  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1370  ParB family protein  30.57 
 
 		 324 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_2003  ParB-like nuclease domain-containing protein  30.3 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9002  replication protein B  31.21 
 
 		 325 aa  57.4  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4176  parB-like partition protein  26.18 
 
 		 360 aa  57.8  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3278  chromosome segregation DNA-binding protein  34.78 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.325017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0113  parB-like partition protein  34.78 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3320  parB-like partition protein  30.57 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3483  parB-like partition protein  32.7 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2959  parB-like partition proteins  34.78 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2403  parB-like partition protein  26.04 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0096  parB-like partition proteins  34.78 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1601  parB-like partition protein  27.6 
 
 		 864 aa  57  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5757  parB-like partition protein  28.57 
 
 		 343 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3042  parB-like partition protein  30.66 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9502  replication protein B  29.53 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627889  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5439  parB-like partition protein  33.33 
 
 		 290 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5001  replication protein B  29.59 
 
 		 360 aa  57  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868981  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6001  parB-like partition proteins  28.57 
 
 		 343 aa  57  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.931169  normal  0.508963 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4041  parB-like partition protein  39.8 
 
 		 279 aa  57  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.111922 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2947  stage 0 sporulation protein J, putative  34.78 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0187  chromosome partitioning protein ParB  34.78 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0323647  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2378  chromosome segregation DNA-binding protein  32.64 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4190  parB-like partition protein  27.41 
 
 		 358 aa  56.6  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.33147 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4053  ParB family protein  34.78 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3364  putative stage 0 sporulation protein J  34.78 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3006  putative stage 0 sporulation protein J  34.78 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2362  ParB family protein  31.45 
 
 		 278 aa  56.6  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1596  putative stage 0 sporulation protein J  34.78 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.265363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3979  ParB family protein  34.78 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0625323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52240  chromosome partition ParB  33.54 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5208  parB-like partition protein  31.69 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5274  parB-like partition protein  31.51 
 
 		 290 aa  56.2  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6161  parB-like partition protein  28 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0993786 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4455  parB-like partition protein  27.47 
 
 		 328 aa  56.2  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00154333  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3902  parB-like partition protein  31.39 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4953  parB-like partition protein  34.88 
 
 		 283 aa  56.2  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000194343  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0168  chromosome segregation DNA-binding protein  28.36 
 
 		 298 aa  56.2  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5913  plasmid partitioning protein RepB  35.25 
 
 		 336 aa  55.8  0.0000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339623  normal  0.0259303 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5334  stage 0 sporulation protein J  30.67 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  30 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2515  chromosome segregation DNA-binding protein  27.78 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0411108  hitchhiker  0.0019609 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5591  putative stage 0 sporulation protein J  30.67 
 
 		 290 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000383543 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3067  putative chromosome partitioning protein ParB  31.07 
 
 		 294 aa  55.5  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>