More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4280 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007959  Nham_4280  RepB plasmid partition  100 
 
 		 333 aa  659    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5376  plasmid partitioning protein RepB  48.82 
 
 		 349 aa  276  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224219  normal  0.37065 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5872  plasmid partitioning protein RepB  49.32 
 
 		 351 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136486  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4090  parB-like partition protein  45.24 
 
 		 333 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4518  parB-like partition proteins  47.26 
 
 		 339 aa  262  6e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4584  parB-like partition proteins  41.84 
 
 		 335 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3735  plasmid partitioning protein RepB  49.5 
 
 		 336 aa  250  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3562  plasmid partitioning protein RepB  50.34 
 
 		 353 aa  246  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6500  plasmid partitioning protein RepB  43.64 
 
 		 350 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5464  plasmid partitioning protein RepB  41.59 
 
 		 333 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.424565 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  42.18 
 
 		 333 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4790  parB-like partition protein  44.12 
 
 		 335 aa  239  4e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.636081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4191  parB-like partition proteins  40.86 
 
 		 347 aa  239  6.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9002  replication protein B  42.26 
 
 		 325 aa  238  1e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4672  parB-like partition protein  39.47 
 
 		 347 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6016  plasmid partitioning protein RepB  41.87 
 
 		 331 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0995392  normal  0.26849 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4355  ParB family protein  42.71 
 
 		 348 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5913  plasmid partitioning protein RepB  46.64 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339623  normal  0.0259303 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7788  plasmid partitioning protein RepB  45.05 
 
 		 347 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256779  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7171  plasmid partitioning protein RepB  41.57 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.29862 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0002  ParB family protein  41.37 
 
 		 315 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.295488 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7001  replication protein B  43.84 
 
 		 337 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3275  parB-like partition protein  48.19 
 
 		 322 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6491  parB-like partition protein  41.39 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.880766 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4190  parB-like partition protein  43.96 
 
 		 358 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.33147 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4823  parB-like partition protein  37.65 
 
 		 325 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000278259  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5616  plasmid partitioning protein RepB  44.19 
 
 		 334 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.389719  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6316  plasmid partitioning protein RepB  41.84 
 
 		 329 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5556  plasmid partitioning protein RepB  41.5 
 
 		 329 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal  0.913858 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4688  plasmid partitioning protein RepB  38.21 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9801  replication protein B  40.06 
 
 		 345 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9502  replication protein B  40.3 
 
 		 332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627889  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5001  replication protein B  41.49 
 
 		 360 aa  196  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868981  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6053  plasmid partitioning protein RepB  35.82 
 
 		 326 aa  193  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4544  parB-like partition proteins  38.85 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000207738  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5479  plasmid partitioning protein RepB  37.7 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4455  parB-like partition protein  36.98 
 
 		 328 aa  189  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00154333  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  36.53 
 
 		 312 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4022  ParB-like partition protein  38.61 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.574096  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1105  replication protein RepB  37.61 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000199163  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1203  replication protein RepB  37.61 
 
 		 328 aa  182  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00462835  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4572  parB-like partition proteins  39.61 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8001  replication protein B  31.03 
 
 		 331 aa  160  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5174  parB-like partition protein  34.56 
 
 		 334 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.690841 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4533  parB-like partition protein  33.46 
 
 		 326 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4710  parB-like partition protein  31.65 
 
 		 335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.946547  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8200  replication protein B  32.75 
 
 		 345 aa  145  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6163  plasmid partitioning protein RepB  28.28 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4103  parB-like partition protein  42.95 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4185  Rep B partitioning protein/ParB-like protein  37.56 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324966  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4022  parB-like partition protein  36.87 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5907  parB-like partition protein  30.3 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.911153  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3888  parB-like partition protein  36.09 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3628  chromosome segregation DNA-binding protein  34.62 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0424656  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6109  parB-like partition protein  33.62 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0036  putative repB protein  26.84 
 
 		 334 aa  63.5  0.000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1936  parB-like partition protein  33.08 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2403  parB-like partition protein  29.63 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0068  DNA-binding protein  26.41 
 
 		 334 aa  62  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0107  chromosome segregation DNA-binding protein  31.47 
 
 		 294 aa  62.4  0.00000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00389031  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  33.61 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4176  parB-like partition protein  31.5 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0003  hypothetical protein  25.91 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1632  parB-like partition protein  29.61 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.526467  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0047  transcriptional repressor  35.96 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0039  parB-like partition protein  35.96 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.103386  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5196  ParB family protein  34.32 
 
 		 549 aa  60.1  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.791015 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0040  chromosome segregation DNA-binding protein  29.22 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3042  parB-like partition protein  34.91 
 
 		 294 aa  58.5  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0562  parB-like partition protein  33.54 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000115281  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3458  chromosome partitioning protein parB  33.61 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0929  chromosome segregation DNA-binding protein  29.29 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3097  ParB family protein  31.33 
 
 		 668 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0650807  decreased coverage  0.0000165149 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0029  chromosome segregation DNA-binding protein  29.53 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0209  parB-like partition protein  28.28 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0001  ParB family chromosome partitioning protein  26.19 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.642229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0203  chromosome segregation DNA-binding protein  30.34 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.435492 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3426  parB-like partition protein  29.17 
 
 		 281 aa  57  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6316  chromosome partitioning protein ParB  28.36 
 
 		 332 aa  56.6  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4308  parB-like partition protein  36.84 
 
 		 607 aa  57  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1362  parB-like partition protein  32.81 
 
 		 286 aa  55.8  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4692  parB-like partition proteins  29.41 
 
 		 337 aa  55.5  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0209451  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9049  parB-like partition protein  32.69 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.740864  normal  0.284166 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2940  parB-like partition protein  32.59 
 
 		 282 aa  55.1  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  37.86 
 
 		 297 aa  55.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3468  chromosome segregation DNA-binding protein  29.71 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0006  ParB family chromosome partioning protein  35.51 
 
 		 279 aa  53.9  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.269835  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0001  ParB family chromosome partitioning protein  30.58 
 
 		 256 aa  53.9  0.000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0794008  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0168  chromosome segregation DNA-binding protein  35.77 
 
 		 298 aa  53.9  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0004  parB-like partition protein  43.33 
 
 		 314 aa  53.5  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3554  parB-like partition protein  27.78 
 
 		 281 aa  53.5  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5632  stage 0 sporulation protein J, putative  25.39 
 
 		 290 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5668  putative stage 0 sporulation protein J  24.88 
 
 		 290 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5274  parB-like partition protein  25.51 
 
 		 290 aa  53.1  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2515  chromosome segregation DNA-binding protein  32.67 
 
 		 294 aa  52.8  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0411108  hitchhiker  0.0019609 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0862  parB-like partition protein  26.28 
 
 		 293 aa  52.8  0.000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1123  parB-like partition protein  32 
 
 		 572 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0419  parB-like partition protein  28.76 
 
 		 278 aa  52.4  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.220541  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0408  parB-like partition protein  28.76 
 
 		 278 aa  52.4  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0649712  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7203  parB-like partition protein  29.95 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561228 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>