More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6109 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6109  parB-like partition protein  100 
 
 		 359 aa  723    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7203  parB-like partition protein  41.58 
 
 		 321 aa  206  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561228 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5907  parB-like partition protein  42.45 
 
 		 345 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.911153  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4692  parB-like partition proteins  43.39 
 
 		 337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0209451  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0077  ParB family protein  40.07 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  hitchhiker  0.00493853 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0036  putative repB protein  30.23 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0068  DNA-binding protein  29.77 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0003  hypothetical protein  28.64 
 
 		 335 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3917  parB-like partition protein  30.89 
 
 		 327 aa  79  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5336  parB-like partition protein  32.76 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.557995 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4954  parB-like partition protein  32 
 
 		 324 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  38.06 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5556  plasmid partitioning protein RepB  36.88 
 
 		 329 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal  0.913858 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6491  parB-like partition protein  34.69 
 
 		 340 aa  73.9  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.880766 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4094  parB-like partition protein  38.24 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0135978 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3735  plasmid partitioning protein RepB  39.63 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4355  ParB family protein  32.97 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3590  parB-like partition protein  30.28 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3275  parB-like partition protein  35.03 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  40.69 
 
 		 312 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0002  ParB family protein  33.16 
 
 		 315 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.295488 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0035  parB-like partition proteins  36.59 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23530  parB-like partition protein  30.77 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7001  replication protein B  30.23 
 
 		 337 aa  70.9  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6316  plasmid partitioning protein RepB  35.62 
 
 		 329 aa  70.1  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3503  parB-like partition protein  32.52 
 
 		 337 aa  69.7  0.00000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.576785  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2058  chromosome partitioning protein ParB  35.88 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1978  chromosome partitioning protein ParB  35.88 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  31.22 
 
 		 333 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5036  parB-like partition proteins  33.33 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.704003  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2045  parB-like partition protein  33.16 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0862  parB-like partition protein  36.64 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4191  parB-like partition proteins  32.85 
 
 		 347 aa  68.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1586  parB-like partition protein  39.82 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.746131  normal  0.0130059 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9801  replication protein B  47.12 
 
 		 345 aa  67.4  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1653  parB-like partition protein  39.82 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623968  normal  0.854391 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1865  parB-like partition protein  39.82 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0917667 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0168  chromosome segregation DNA-binding protein  34.93 
 
 		 298 aa  67  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5464  plasmid partitioning protein RepB  31.53 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.424565 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0014  chromosome partitioning protein ParB  31.85 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.110445  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4951  hypothetical protein  32.61 
 
 		 254 aa  66.2  0.0000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0015  parB-like partition protein  37.28 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0146438  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2403  parB-like partition protein  31.63 
 
 		 292 aa  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3628  chromosome segregation DNA-binding protein  35.4 
 
 		 326 aa  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0424656  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5376  plasmid partitioning protein RepB  37.82 
 
 		 349 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224219  normal  0.37065 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6500  plasmid partitioning protein RepB  41.74 
 
 		 350 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6163  ParB family protein  32.94 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.670147  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4280  RepB plasmid partition  33.62 
 
 		 333 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2333  parB-like protein partition proteins  34.97 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.99663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4823  parB-like partition protein  41.51 
 
 		 325 aa  64.7  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000278259  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3468  chromosome segregation DNA-binding protein  34.16 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5872  plasmid partitioning protein RepB  35.29 
 
 		 351 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136486  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4533  parB-like partition protein  33.33 
 
 		 326 aa  64.7  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002022  chromosome (plasmid) partitioning protein ParB/stage 0 sporulation protein J  29.74 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000100798  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2663  parB-like partition protein  34.18 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0851711  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5479  plasmid partitioning protein RepB  36.24 
 
 		 342 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4953  parB-like partition protein  34.66 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000194343  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1225  chromosome segregation DNA-binding protein  33.54 
 
 		 301 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3552  parB-like partition protein  32.72 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0293  parB-like partition protein  32.88 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145749  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3290  ParB family protein  32.43 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.015441  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5104  parB-like partition protein  37.69 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000234759 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4790  parB-like partition protein  37.29 
 
 		 335 aa  63.9  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.636081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2887  parB-like partition proteins  33.54 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4518  parB-like partition proteins  33.77 
 
 		 339 aa  63.5  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4572  parB-like partition proteins  32.64 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5407  parB-like partition protein  36.92 
 
 		 377 aa  63.9  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2372  parB family protein  31.76 
 
 		 355 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0244608  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3042  parB-like partition protein  35.1 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4586  parB-like partition protein  36.15 
 
 		 329 aa  63.2  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0288835  hitchhiker  0.000542955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0388  parB-like partition proteins  30.34 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1025  parB-like partition protein  37.61 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.777652  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7788  plasmid partitioning protein RepB  31.05 
 
 		 347 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0001  parB-like partition protein  37.17 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184934 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3426  parB-like partition protein  30.9 
 
 		 281 aa  62.4  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5439  parB-like partition protein  37.17 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0203  chromosome segregation DNA-binding protein  31.55 
 
 		 301 aa  62  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.435492 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1370  ParB family protein  30 
 
 		 324 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5303  parB-like partition protein  37.17 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157969  normal  0.0415765 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6062  plasmid partitioning protein ParB  34.33 
 
 		 369 aa  62  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.145441 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6576  parB-like partition protein  29.84 
 
 		 324 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0152198  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0008  ParB family partitioning protein  28.44 
 
 		 294 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3562  plasmid partitioning protein RepB  36.81 
 
 		 353 aa  62  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4090  parB-like partition protein  38.14 
 
 		 333 aa  61.6  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0094  ParB-like partition protein  32.14 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0639944 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2515  chromosome segregation DNA-binding protein  32.22 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0411108  hitchhiker  0.0019609 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8001  replication protein B  32.03 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6316  chromosome partitioning protein ParB  28.63 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2422  parB-like partition protein  27.78 
 
 		 285 aa  61.6  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568139 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1277  parB-like partition protein  40.52 
 
 		 303 aa  61.6  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7010  parB-like partition protein  31.29 
 
 		 352 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471525  hitchhiker  0.00731349 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2731  parB-like partition protein  30.11 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2275  parB-like partition proteins  39.45 
 
 		 605 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.174874  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4236  parB-like partition protein  34.21 
 
 		 341 aa  60.8  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2788  parB-like partition protein  30.11 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3947  parB-like partition protein  26.53 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00257685  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1936  parB-like partition protein  32.92 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  32.68 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1407  parB-like partition protein  32.26 
 
 		 297 aa  60.5  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.238658 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5208  parB-like partition protein  33.57 
 
 		 290 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>