154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4190 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4190  parB-like partition protein  100 
 
 		 358 aa  711    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.33147 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5001  replication protein B  54.96 
 
 		 360 aa  358  6e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868981  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3735  plasmid partitioning protein RepB  54.23 
 
 		 336 aa  256  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6316  plasmid partitioning protein RepB  47.19 
 
 		 329 aa  246  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5556  plasmid partitioning protein RepB  45.77 
 
 		 329 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal  0.913858 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6016  plasmid partitioning protein RepB  44.05 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0995392  normal  0.26849 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7171  plasmid partitioning protein RepB  45.52 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.29862 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9502  replication protein B  52.81 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627889  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5872  plasmid partitioning protein RepB  45.03 
 
 		 351 aa  222  7e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136486  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4280  RepB plasmid partition  43.96 
 
 		 333 aa  216  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4790  parB-like partition protein  44.29 
 
 		 335 aa  216  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.636081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4090  parB-like partition protein  46.74 
 
 		 333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4518  parB-like partition proteins  41.88 
 
 		 339 aa  210  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5376  plasmid partitioning protein RepB  41.2 
 
 		 349 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224219  normal  0.37065 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0002  ParB family protein  42.57 
 
 		 315 aa  207  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.295488 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4544  parB-like partition proteins  40 
 
 		 336 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000207738  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4584  parB-like partition proteins  40.12 
 
 		 335 aa  206  6e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5464  plasmid partitioning protein RepB  45.32 
 
 		 333 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.424565 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7788  plasmid partitioning protein RepB  46.64 
 
 		 347 aa  202  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256779  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  40.58 
 
 		 333 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5479  plasmid partitioning protein RepB  46.61 
 
 		 342 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4355  ParB family protein  42.35 
 
 		 348 aa  193  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4672  parB-like partition protein  39.35 
 
 		 347 aa  193  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3275  parB-like partition protein  44.53 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6500  plasmid partitioning protein RepB  39.22 
 
 		 350 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1105  replication protein RepB  41.95 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000199163  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1203  replication protein RepB  41.95 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00462835  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4191  parB-like partition proteins  39.93 
 
 		 347 aa  186  7e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4688  plasmid partitioning protein RepB  42.86 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3562  plasmid partitioning protein RepB  42.91 
 
 		 353 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4455  parB-like partition protein  34.64 
 
 		 328 aa  180  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00154333  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7001  replication protein B  39 
 
 		 337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5913  plasmid partitioning protein RepB  40.87 
 
 		 336 aa  169  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339623  normal  0.0259303 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9801  replication protein B  35.81 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6491  parB-like partition protein  37.69 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.880766 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9002  replication protein B  36.11 
 
 		 325 aa  168  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6053  plasmid partitioning protein RepB  37.93 
 
 		 326 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5616  plasmid partitioning protein RepB  35.53 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.389719  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4022  ParB-like partition protein  41.77 
 
 		 316 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.574096  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4823  parB-like partition protein  35.03 
 
 		 325 aa  164  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000278259  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8200  replication protein B  40.07 
 
 		 345 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  38.22 
 
 		 312 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8001  replication protein B  37.16 
 
 		 331 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5174  parB-like partition protein  33.22 
 
 		 334 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.690841 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6163  plasmid partitioning protein RepB  33.7 
 
 		 332 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4572  parB-like partition proteins  38.55 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4533  parB-like partition protein  30.88 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4710  parB-like partition protein  33.63 
 
 		 335 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.946547  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4022  parB-like partition protein  39.18 
 
 		 338 aa  115  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4185  Rep B partitioning protein/ParB-like protein  33.67 
 
 		 328 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324966  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4103  parB-like partition protein  41.29 
 
 		 274 aa  98.6  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0047  transcriptional repressor  30.07 
 
 		 359 aa  65.5  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0039  parB-like partition protein  31.9 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.103386  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4176  parB-like partition protein  31.68 
 
 		 360 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  35.71 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2275  parB-like partition proteins  35.4 
 
 		 605 aa  60.8  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.174874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3273  ParB family protein  31.71 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3097  ParB family protein  31.86 
 
 		 668 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0650807  decreased coverage  0.0000165149 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2927  parB-like partition protein  27.36 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  43.18 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3888  parB-like partition protein  35.62 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5907  parB-like partition protein  27.41 
 
 		 345 aa  57.4  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.911153  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7203  parB-like partition protein  32.93 
 
 		 321 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.561228 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3628  chromosome segregation DNA-binding protein  42.31 
 
 		 326 aa  56.2  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0424656  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1936  parB-like partition protein  42.05 
 
 		 296 aa  55.8  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4308  parB-like partition protein  39.73 
 
 		 607 aa  55.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3458  chromosome partitioning protein parB  32.26 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6109  parB-like partition protein  31.4 
 
 		 359 aa  53.9  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0029  chromosome segregation DNA-binding protein  30.4 
 
 		 305 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0006  ParB family chromosome partioning protein  32.79 
 
 		 279 aa  52.4  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.269835  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7211  RepB partitioning protein/ParB-like protein  35.92 
 
 		 350 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2403  parB-like partition protein  32.8 
 
 		 292 aa  52.4  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.117345  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4321  hypothetical protein  32.62 
 
 		 350 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.185891 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2731  parB-like partition protein  34.11 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2788  parB-like partition protein  34.11 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0003  hypothetical protein  25.27 
 
 		 335 aa  51.2  0.00003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2880  parB-like partition protein  36.27 
 
 		 368 aa  50.8  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3193  parB-like partition proteins  37.5 
 
 		 597 aa  50.1  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.101554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1225  chromosome segregation DNA-binding protein  31.67 
 
 		 301 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2887  parB-like partition proteins  31.67 
 
 		 296 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2663  parB-like partition protein  31.67 
 
 		 300 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0851711  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5196  ParB family protein  37.07 
 
 		 549 aa  49.7  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.791015 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2476  parB-like partition proteins  40.54 
 
 		 303 aa  49.7  0.00009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.751865  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0203  chromosome segregation DNA-binding protein  30 
 
 		 301 aa  49.3  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.435492 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0081  chromosome segregation DNA-binding protein  32.33 
 
 		 261 aa  49.3  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0501  parB-like partition protein  38.89 
 
 		 282 aa  49.3  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1123  parB-like partition protein  37.37 
 
 		 572 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0037  transcription repressor protein KorB  31.15 
 
 		 350 aa  48.9  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.871786  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2494  parB-like partition proteins  42.11 
 
 		 291 aa  48.9  0.0002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4468  parB-like partition proteins  32.28 
 
 		 363 aa  48.5  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.99602  hitchhiker  7.6726e-17 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4390  parB-like partition protein  32.61 
 
 		 336 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0000000297603  normal  0.71215 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3883  parB-like partition protein  31.25 
 
 		 295 aa  47.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0441095  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1362  parB-like partition protein  32.94 
 
 		 286 aa  47.8  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2333  parB-like protein partition proteins  32.23 
 
 		 281 aa  47.4  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.99663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3774  ParB-like nuclease  33.83 
 
 		 376 aa  47.4  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.142601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0195  chromosome partitioning protein  40 
 
 		 290 aa  47.4  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2128  ParB-like partition protein  40 
 
 		 288 aa  47.4  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9049  parB-like partition protein  26.81 
 
 		 398 aa  47  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.740864  normal  0.284166 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4470  parB-like partition protein  27.04 
 
 		 294 aa  47  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000450981  hitchhiker  0.00000000228393 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6163  ParB family protein  29.79 
 
 		 323 aa  46.6  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.670147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>