248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5001 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5001  replication protein B  100 
 
 		 360 aa  710    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868981  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4190  parB-like partition protein  54.86 
 
 		 358 aa  368  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.33147 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3735  plasmid partitioning protein RepB  51.01 
 
 		 336 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7171  plasmid partitioning protein RepB  45.07 
 
 		 331 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.29862 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4584  parB-like partition proteins  42.48 
 
 		 335 aa  226  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6016  plasmid partitioning protein RepB  43.26 
 
 		 331 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0995392  normal  0.26849 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5556  plasmid partitioning protein RepB  40.63 
 
 		 329 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal  0.913858 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9502  replication protein B  42.62 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627889  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6316  plasmid partitioning protein RepB  40.63 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4790  parB-like partition protein  37.18 
 
 		 335 aa  215  9e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.636081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5872  plasmid partitioning protein RepB  43.77 
 
 		 351 aa  210  2e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136486  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7788  plasmid partitioning protein RepB  42.64 
 
 		 347 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256779  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4518  parB-like partition proteins  39.26 
 
 		 339 aa  209  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4090  parB-like partition protein  41.42 
 
 		 333 aa  207  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5376  plasmid partitioning protein RepB  42.43 
 
 		 349 aa  207  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224219  normal  0.37065 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4544  parB-like partition proteins  38.53 
 
 		 336 aa  205  9e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000207738  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4672  parB-like partition protein  39.71 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4280  RepB plasmid partition  38.4 
 
 		 333 aa  199  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  40.37 
 
 		 333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5464  plasmid partitioning protein RepB  39.88 
 
 		 333 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.424565 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3562  plasmid partitioning protein RepB  43.43 
 
 		 353 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0002  ParB family protein  38.64 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.295488 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1105  replication protein RepB  36.92 
 
 		 328 aa  189  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000199163  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1203  replication protein RepB  36.92 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00462835  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4455  parB-like partition protein  37.5 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00154333  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7001  replication protein B  39.18 
 
 		 337 aa  183  3e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4355  ParB family protein  36.73 
 
 		 348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4572  parB-like partition proteins  39 
 
 		 343 aa  179  7e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5616  plasmid partitioning protein RepB  38.26 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.389719  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4191  parB-like partition proteins  39.48 
 
 		 347 aa  178  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5913  plasmid partitioning protein RepB  38.26 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339623  normal  0.0259303 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4823  parB-like partition protein  37.25 
 
 		 325 aa  176  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000278259  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4688  plasmid partitioning protein RepB  37.87 
 
 		 322 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4022  ParB-like partition protein  44.3 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.574096  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3275  parB-like partition protein  38.49 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6491  parB-like partition protein  37.45 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.880766 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6053  plasmid partitioning protein RepB  38.41 
 
 		 326 aa  170  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5479  plasmid partitioning protein RepB  41.6 
 
 		 342 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6500  plasmid partitioning protein RepB  34.8 
 
 		 350 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9002  replication protein B  39.02 
 
 		 325 aa  162  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9801  replication protein B  33.54 
 
 		 345 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8001  replication protein B  38.19 
 
 		 331 aa  156  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  38.14 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4533  parB-like partition protein  33.33 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5174  parB-like partition protein  32.85 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.690841 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4710  parB-like partition protein  30.69 
 
 		 335 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.946547  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8200  replication protein B  38.21 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6163  plasmid partitioning protein RepB  30.67 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4185  Rep B partitioning protein/ParB-like protein  34.15 
 
 		 328 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324966  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4022  parB-like partition protein  42.16 
 
 		 338 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4103  parB-like partition protein  35.42 
 
 		 274 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189519  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4176  parB-like partition protein  33.53 
 
 		 360 aa  71.2  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5334  stage 0 sporulation protein J  29.02 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5162  stage 0 sporulation protein J  29.02 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5731  stage 0 sporulation protein J  29.02 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5591  putative stage 0 sporulation protein J  29.02 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000383543 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5274  parB-like partition protein  28.79 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5178  stage 0 sporulation protein J  29.02 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5608  putative stage 0 sporulation protein J  29.02 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.978338  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5327  putative stage 0 sporulation protein J  29.02 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000449265 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5632  stage 0 sporulation protein J, putative  29.02 
 
 		 290 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0039  parB-like partition protein  32.76 
 
 		 344 aa  61.6  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.103386  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5668  putative stage 0 sporulation protein J  28.5 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0047  transcriptional repressor  32.76 
 
 		 359 aa  61.2  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23530  parB-like partition protein  28.37 
 
 		 268 aa  58.9  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2927  parB-like partition protein  27.41 
 
 		 297 aa  59.3  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  32.5 
 
 		 292 aa  58.9  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4021  parB-like partition protein  28.5 
 
 		 290 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5907  parB-like partition protein  26.92 
 
 		 345 aa  58.2  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.911153  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6071  parB-like partition proteins  28.06 
 
 		 334 aa  58.5  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164971 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4253  parB-like partition protein  31.87 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.513173 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0501  parB-like partition protein  30.96 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6109  parB-like partition protein  33.14 
 
 		 359 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  41.67 
 
 		 297 aa  56.6  0.0000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3458  chromosome partitioning protein parB  31.9 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1936  parB-like partition protein  28.34 
 
 		 296 aa  55.5  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2494  parB-like partition proteins  43.42 
 
 		 291 aa  55.5  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3927  parB-like partition protein  31.25 
 
 		 293 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.47088 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0835  parB-like partition protein  27.8 
 
 		 331 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.724417 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3483  parB-like partition protein  25.23 
 
 		 281 aa  55.1  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0207  parB-like partition protein  26.23 
 
 		 305 aa  54.3  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0115162  normal  0.222664 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2880  parB-like partition protein  35.83 
 
 		 368 aa  54.3  0.000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2887  parB-like partition proteins  32.77 
 
 		 296 aa  53.9  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1225  chromosome segregation DNA-binding protein  32.77 
 
 		 301 aa  53.9  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3273  ParB family protein  31.78 
 
 		 369 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0081  chromosome segregation DNA-binding protein  32.26 
 
 		 261 aa  53.5  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0003  hypothetical protein  23.2 
 
 		 335 aa  52.8  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.171336  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7211  RepB partitioning protein/ParB-like protein  32.75 
 
 		 350 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3097  ParB family protein  30.4 
 
 		 668 aa  52.4  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0650807  decreased coverage  0.0000165149 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1362  parB-like partition protein  24.67 
 
 		 286 aa  52  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2333  parB-like protein partition proteins  32.31 
 
 		 281 aa  51.2  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.99663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1632  parB-like partition protein  25.1 
 
 		 305 aa  51.6  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.526467  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26960  chromosome segregation DNA-binding protein  29.38 
 
 		 367 aa  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2663  parB-like partition protein  31.93 
 
 		 300 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0851711  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3588  parB-like partition protein  24.26 
 
 		 323 aa  51.6  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1762  parB-like partition protein  37.76 
 
 		 334 aa  51.6  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4586  parB-like partition protein  27.57 
 
 		 329 aa  51.6  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0288835  hitchhiker  0.000542955 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5104  parB-like partition protein  28.81 
 
 		 335 aa  51.2  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000234759 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5568  parB-like partition protein  29.31 
 
 		 552 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39730  chromosome segregation DNA-binding protein  29.46 
 
 		 328 aa  51.2  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>