More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9002 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9002  replication protein B  100 
 
 
325 aa  657    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.585247  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4280  RepB plasmid partition  42.26 
 
 
333 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4584  parB-like partition proteins  39.94 
 
 
335 aa  242  7e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6500  plasmid partitioning protein RepB  38.57 
 
 
350 aa  235  9e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4518  parB-like partition proteins  42.25 
 
 
339 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4090  parB-like partition protein  39.88 
 
 
333 aa  233  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4191  parB-like partition proteins  38.4 
 
 
347 aa  224  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.529264  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7788  plasmid partitioning protein RepB  41.61 
 
 
347 aa  222  8e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256779  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5194  plasmid partitioning protein RepB  40.91 
 
 
333 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0223628  normal  0.149754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5464  plasmid partitioning protein RepB  38.62 
 
 
333 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.424565 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5872  plasmid partitioning protein RepB  42.12 
 
 
351 aa  218  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.136486  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5376  plasmid partitioning protein RepB  39.19 
 
 
349 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224219  normal  0.37065 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5616  plasmid partitioning protein RepB  40.14 
 
 
334 aa  211  9e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.389719  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4790  parB-like partition protein  37.99 
 
 
335 aa  210  3e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.636081  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4022  ParB-like partition protein  40.77 
 
 
316 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.574096  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3735  plasmid partitioning protein RepB  42.49 
 
 
336 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4544  parB-like partition proteins  38.07 
 
 
336 aa  207  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000207738  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6053  plasmid partitioning protein RepB  35.94 
 
 
326 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7171  plasmid partitioning protein RepB  43.38 
 
 
331 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29862 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6016  plasmid partitioning protein RepB  43.07 
 
 
331 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0995392  normal  0.26849 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5913  plasmid partitioning protein RepB  41.79 
 
 
336 aa  200  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.339623  normal  0.0259303 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3275  parB-like partition protein  42.35 
 
 
322 aa  197  3e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4672  parB-like partition protein  34.66 
 
 
347 aa  197  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0002  ParB family protein  38.77 
 
 
315 aa  195  7e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.295488 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4823  parB-like partition protein  35.51 
 
 
325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000278259  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4688  plasmid partitioning protein RepB  36.17 
 
 
322 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3562  plasmid partitioning protein RepB  40.4 
 
 
353 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.277988  normal  0.146298 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4355  ParB family protein  35.58 
 
 
348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7001  replication protein B  37.36 
 
 
337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6491  parB-like partition protein  34.73 
 
 
340 aa  182  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.880766 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4455  parB-like partition protein  38.01 
 
 
328 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00154333  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1203  replication protein RepB  35.74 
 
 
328 aa  179  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00462835  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1105  replication protein RepB  35.74 
 
 
328 aa  178  1e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000199163  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9801  replication protein B  33.63 
 
 
345 aa  178  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4190  parB-like partition protein  36.11 
 
 
358 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.33147 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5556  plasmid partitioning protein RepB  40.41 
 
 
329 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  normal  0.913858 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5479  plasmid partitioning protein RepB  38.71 
 
 
342 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6316  plasmid partitioning protein RepB  48.62 
 
 
329 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.758859  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8704  plasmid partitioning protein RepB  35.19 
 
 
312 aa  169  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5001  replication protein B  44.02 
 
 
360 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.868981  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9502  replication protein B  42.22 
 
 
332 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.627889  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4710  parB-like partition protein  34.23 
 
 
335 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.946547  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4572  parB-like partition proteins  38.21 
 
 
343 aa  157  3e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8001  replication protein B  29.29 
 
 
331 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8200  replication protein B  35.97 
 
 
345 aa  152  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5174  parB-like partition protein  33.69 
 
 
334 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.690841 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6163  plasmid partitioning protein RepB  32.91 
 
 
332 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.331476  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4533  parB-like partition protein  39.76 
 
 
326 aa  125  8.000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4185  Rep B partitioning protein/ParB-like protein  39.51 
 
 
328 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324966  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4022  parB-like partition protein  33.18 
 
 
338 aa  112  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4103  parB-like partition protein  31.58 
 
 
274 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.189519  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2045  parB-like partition protein  38.71 
 
 
310 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1059  parB-like partition proteins  35.42 
 
 
371 aa  67  0.0000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3888  parB-like partition protein  34.01 
 
 
369 aa  67  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0077  ParB family protein  33.33 
 
 
335 aa  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.478454  hitchhiker  0.00493853 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1319  chromosome segregation DNA-binding protein  34.72 
 
 
375 aa  65.1  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0029  chromosome segregation DNA-binding protein  37.29 
 
 
305 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3097  ParB family protein  39.6 
 
 
668 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0650807  decreased coverage  0.0000165149 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0039  parB-like partition protein  35.19 
 
 
344 aa  62  0.00000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.103386  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0047  transcriptional repressor  35.19 
 
 
359 aa  62.4  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1396  parB-like partition protein  37.01 
 
 
362 aa  62.4  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0186141  hitchhiker  0.0000927483 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5027  parB-like partition protein  33.62 
 
 
297 aa  61.2  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2751  parB-like partition protein  32.9 
 
 
285 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0203  chromosome segregation DNA-binding protein  30.83 
 
 
301 aa  61.2  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.435492 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7203  parB-like partition protein  29.67 
 
 
321 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.561228 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2567  transcriptional regulator  27.06 
 
 
280 aa  61.6  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.183752  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0007  parB-like partition proteins  33.04 
 
 
292 aa  61.6  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3458  chromosome partitioning protein parB  29.92 
 
 
299 aa  60.8  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4906  parB-like partition protein  32.12 
 
 
296 aa  61.2  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00066278  normal  0.174016 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3193  parB-like partition proteins  45.68 
 
 
597 aa  60.1  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.101554  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5907  parB-like partition protein  27.16 
 
 
345 aa  59.3  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.911153  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3193  parB-like partition protein  39.13 
 
 
274 aa  59.7  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2494  parB-like partition proteins  30.89 
 
 
291 aa  59.3  0.00000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0001  parB-like partition protein  33.88 
 
 
290 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184934 
 
 
-
 
NC_004310  BR2058  chromosome partitioning protein ParB  29.91 
 
 
293 aa  58.9  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1978  chromosome partitioning protein ParB  29.91 
 
 
293 aa  58.9  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5303  parB-like partition protein  33.88 
 
 
290 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157969  normal  0.0415765 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1632  parB-like partition protein  29.85 
 
 
305 aa  58.9  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.526467  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0862  parB-like partition protein  30.77 
 
 
293 aa  58.9  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4176  parB-like partition protein  28.9 
 
 
360 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5208  parB-like partition protein  29.41 
 
 
290 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5439  parB-like partition protein  28.76 
 
 
290 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2868  chromosome segregation DNA-binding protein  30.77 
 
 
299 aa  58.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.108879  normal  0.100087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4615  chromosome segregation DNA-binding protein  28.4 
 
 
289 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3268  ParB family protein  41.46 
 
 
565 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3042  parB-like partition protein  34.23 
 
 
294 aa  57.4  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6109  parB-like partition protein  32.12 
 
 
359 aa  57  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4009  chromosome segregation DNA-binding protein  34.71 
 
 
304 aa  57.4  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0625805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2663  parB-like partition protein  32.23 
 
 
300 aa  57  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0851711  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4490  parB-like partition protein  34.96 
 
 
298 aa  57  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4509  parB-like partition protein  34.96 
 
 
298 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4354  chromosome segregation DNA-binding protein  35.77 
 
 
298 aa  56.6  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.364626  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0001  ParB family chromosome partitioning protein  27.27 
 
 
281 aa  56.6  0.0000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.642229  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4361  parB-like partition protein  32.09 
 
 
305 aa  56.6  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0040  chromosome segregation DNA-binding protein  30.26 
 
 
298 aa  56.6  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2887  parB-like partition proteins  31.3 
 
 
296 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4308  parB-like partition protein  33.33 
 
 
607 aa  56.2  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1225  chromosome segregation DNA-binding protein  31.3 
 
 
301 aa  56.2  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0081  chromosome segregation DNA-binding protein  32.59 
 
 
261 aa  56.2  0.0000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3273  ParB family protein  33.57 
 
 
369 aa  56.2  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>