More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5219 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5219  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 368 aa  733    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4123  hypothetical protein  68.03 
 
 		 371 aa  477  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00603105  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3551  FAD dependent oxidoreductase  65.83 
 
 		 375 aa  448  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4032  FAD dependent oxidoreductase  65.55 
 
 		 375 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.120783 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47850  hypothetical protein  66.39 
 
 		 371 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000392863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3378  FAD dependent oxidoreductase  64.53 
 
 		 375 aa  441  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.344294  normal  0.353692 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1893  FAD dependent oxidoreductase  64.99 
 
 		 375 aa  444  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.534087 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4225  FAD dependent oxidoreductase  64.99 
 
 		 375 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0211166  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4141  FAD dependent oxidoreductase  64.99 
 
 		 375 aa  443  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.659228  normal  0.0539213 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4446  FAD dependent oxidoreductase  66.39 
 
 		 375 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.750872 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2066  oxidoreductase, FAD-binding family protein  64.71 
 
 		 377 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1841  FAD dependent oxidoreductase  59.29 
 
 		 374 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0571  FAD-dependent oxidoreductase  63.26 
 
 		 377 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.105035  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1888  oxidoreductase, FAD-binding family protein  62.98 
 
 		 377 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0474  FAD-dependent oxidoreductase  62.98 
 
 		 377 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.348164  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2196  oxidoreductase, FAD-binding family protein  62.47 
 
 		 380 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.270908  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1418  oxidoreductase, FAD-binding family protein  62.47 
 
 		 380 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0869563  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0882  oxidoreductase, FAD-binding family protein  61.96 
 
 		 383 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4561  FAD dependent oxidoreductase  51.75 
 
 		 375 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4668  FAD dependent oxidoreductase  51.91 
 
 		 379 aa  324  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0623925  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0875  putative oxidoreductase  52.86 
 
 		 376 aa  320  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.960065  normal  0.263987 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2500  FAD dependent oxidoreductase  47.47 
 
 		 370 aa  315  6e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.50654  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01436  D-amino acid oxidase  51.11 
 
 		 378 aa  311  2e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.337919  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0082  FAD dependent oxidoreductase  32.81 
 
 		 393 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4107  FAD dependent oxidoreductase  31.3 
 
 		 393 aa  132  6.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0968917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5919  FAD dependent oxidoreductase  31.56 
 
 		 398 aa  126  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000776638  normal  0.0692698 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6008  SoxB2  31.38 
 
 		 379 aa  122  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00127478  normal  0.130354 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2446  putative glycine oxidase  25.35 
 
 		 391 aa  120  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.602268  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2644  glycine oxidase  25.07 
 
 		 391 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.746701  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2835  glycine oxidase  25.07 
 
 		 391 aa  117  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0387982  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2638  FAD dependent oxidoreductase  25.28 
 
 		 391 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.071101  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2841  putative glycine oxidase  25.07 
 
 		 391 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000111292 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5073  FAD dependent oxidoreductase  28.95 
 
 		 427 aa  115  8.999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2560  sarcosine oxidase, beta subunit  25.07 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2886  putative glycine oxidase  25.07 
 
 		 391 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.8732  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2595  sarcosine oxidase, beta subunit  25.07 
 
 		 391 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2847  putative glycine oxidase  27.03 
 
 		 330 aa  112  9e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0255303  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2864  glycine oxidase, putative  24.65 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.137573  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1686  FAD dependent oxidoreductase  26.51 
 
 		 401 aa  110  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.470832  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31600  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  29.28 
 
 		 389 aa  109  6e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1324  FAD dependent oxidoreductase  28.53 
 
 		 375 aa  107  4e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  30.87 
 
 		 416 aa  104  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0964  glycine oxidase ThiO  28.31 
 
 		 361 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0437682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4956  FAD dependent oxidoreductase  26.54 
 
 		 439 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579279  normal  0.246978 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0494  glycine oxidase ThiO  27.73 
 
 		 375 aa  100  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1866  putative D-amino acid oxidase  28.57 
 
 		 368 aa  99  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3405  glycine oxidase ThiO  31.54 
 
 		 371 aa  98.6  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.289575  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0617  glycine oxidase ThiO  26.61 
 
 		 369 aa  99  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4726  FAD dependent oxidoreductase  30.03 
 
 		 389 aa  98.2  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2933  glycine oxidase ThiO  26.25 
 
 		 371 aa  97.1  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.789116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0646  glycine oxidase ThiO  26.83 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0800  glycine oxidase  26.61 
 
 		 369 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0462  glycine oxidase  28.68 
 
 		 378 aa  95.1  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0696  glycine oxidase  26.68 
 
 		 369 aa  94.4  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0730  glycine oxidase  26.68 
 
 		 369 aa  94.4  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0884  glycine oxidase ThiO  26.61 
 
 		 369 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00117191  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0139  glycine oxidase ThiO  28.28 
 
 		 376 aa  94  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0204  FAD dependent oxidoreductase  27.68 
 
 		 385 aa  93.2  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.590226 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6003  FAD dependent oxidoreductase  27.08 
 
 		 385 aa  92.8  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6532  FAD dependent oxidoreductase  27.35 
 
 		 374 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.330707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4550  glycine oxidase ThiO  28.23 
 
 		 365 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.387961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3101  hydrogen cyanide synthase HcnC  24.34 
 
 		 417 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.124285  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1890  FAD dependent oxidoreductase  26.29 
 
 		 390 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125592  normal  0.229246 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36310  hydrogen cyanide synthase HcnC  25.66 
 
 		 417 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.134451 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0787  glycine oxidase ThiO  25.88 
 
 		 369 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.564699  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0807  glycine oxidase ThiO  26.68 
 
 		 369 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.35515e-47 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11880  FAD-dependent glycine oxidase  29.13 
 
 		 363 aa  90.5  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.274663  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0640  glycine oxidase  26.68 
 
 		 369 aa  90.5  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5517  FAD dependent oxidoreductase  23.68 
 
 		 441 aa  90.5  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.176807  normal  0.255694 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4544  glycine oxidase ThiO  25.88 
 
 		 369 aa  90.1  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.569361 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0612  FAD dependent oxidoreductase  28.23 
 
 		 365 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60270  putative glycine/D-amino acid oxidases  29.27 
 
 		 364 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000302001 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0773  glycine oxidase ThiO  31.19 
 
 		 392 aa  89.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  26.38 
 
 		 416 aa  89  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3400  FAD dependent oxidoreductase  23.8 
 
 		 394 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0126015  normal  0.687523 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0143  glycine oxidase ThiO  28.64 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.23525 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0918  FAD dependent oxidoreductase  29.9 
 
 		 960 aa  89  1e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2715  oxidoreductase, FAD-binding  31.13 
 
 		 361 aa  87.8  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.725073  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0151  FAD dependent oxidoreductase  23.8 
 
 		 389 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2001  D-amino-acid dehydrogenase  29.22 
 
 		 416 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3888  glycine oxidase ThiO  29.49 
 
 		 385 aa  87.8  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3234  glycine oxidase ThiO  26.74 
 
 		 372 aa  87.8  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0658  FAD dependent oxidoreductase  27.97 
 
 		 365 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0652  FAD dependent oxidoreductase  27.47 
 
 		 365 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.139028  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0640  glycine oxidase  26.15 
 
 		 369 aa  87  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5188  glycine oxidase ThiO  29.73 
 
 		 404 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0255  oxidoreductase, FAD-binding protein  23.53 
 
 		 384 aa  87  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4279  glycine oxidase ThiO  28.72 
 
 		 398 aa  86.7  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.196313  hitchhiker  0.00513964 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2723  FAD dependent oxidoreductase  26.8 
 
 		 378 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.82 
 
 		 429 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4345  FAD dependent oxidoreductase  26.63 
 
 		 376 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.957412 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1415  glycine oxidase ThiO  30.13 
 
 		 377 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  25.54 
 
 		 411 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5290  D-amino-acid dehydrogenase  27.55 
 
 		 413 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4343  FAD dependent oxidoreductase  27.98 
 
 		 375 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.290425  normal  0.660783 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.58 
 
 		 429 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  28.14 
 
 		 437 aa  85.1  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6006  FAD dependent oxidoreductase  26.87 
 
 		 386 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1735  glycine oxidase ThiO  27.76 
 
 		 368 aa  84.3  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1649  FAD dependent oxidoreductase  25.25 
 
 		 441 aa  84  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.756737  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>