More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2164 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2164  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
239 aa  463  1e-129  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.551521  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
242 aa  159  4e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135595  normal  0.744613 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
236 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.573614 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
236 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185933  normal  0.400041 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
237 aa  121  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.35 
 
 
240 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.956493  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
241 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.527172 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.72 
 
 
223 aa  80.5  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0806926  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20330  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  32.08 
 
 
221 aa  79  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.389925  normal  0.158335 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20677  predicted protein  27.48 
 
 
236 aa  75.9  0.0000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.732911  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 
265 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.185202 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.63 
 
 
339 aa  72.4  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
233 aa  72.4  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.74 
 
 
306 aa  72  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.11 
 
 
233 aa  71.2  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
218 aa  68.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.68 
 
 
293 aa  67.4  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.81 
 
 
217 aa  67  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0937479  normal  0.693303 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.14 
 
 
277 aa  65.9  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.03 
 
 
267 aa  65.5  0.0000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11020  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.19 
 
 
253 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 
257 aa  65.5  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.98 
 
 
252 aa  64.7  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.107634  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
287 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.84 
 
 
250 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0938  short chain dehydrogenase  26.72 
 
 
242 aa  63.9  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.73 
 
 
250 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.73 
 
 
250 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22723  normal  0.897045 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.51 
 
 
229 aa  62.8  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
259 aa  62.8  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 
252 aa  62.8  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02694  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G14000)  25.55 
 
 
243 aa  62.4  0.000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03293  conserved hypothetical protein  25.83 
 
 
264 aa  62.4  0.000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00545103 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
266 aa  62.4  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0911  short chain dehydrogenase  26.29 
 
 
242 aa  62  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
219 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  25.86 
 
 
294 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  27.42 
 
 
241 aa  61.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.41 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 
268 aa  60.5  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.700313  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 
268 aa  60.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3953  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
292 aa  60.5  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3915  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.06 
 
 
248 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29888  normal  0.0896324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.81 
 
 
253 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.19 
 
 
288 aa  59.7  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.08 
 
 
261 aa  59.3  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0610  putative short-chain dehydrogenase/reductase  26.92 
 
 
286 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0678259 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
257 aa  59.3  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2200  short chain dehydrogenase  25.88 
 
 
256 aa  59.3  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.47 
 
 
244 aa  59.3  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0912876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1010  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.88 
 
 
253 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 
248 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467056  normal  0.141575 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2214  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
254 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.823927  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1530  short chain dehydrogenase  25.4 
 
 
263 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1270  Short-chain dehydrogenase  38.82 
 
 
248 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
219 aa  58.2  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.154876 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  23.68 
 
 
244 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10780  short chain dehydrogenase  26.99 
 
 
275 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 
342 aa  57  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  26.11 
 
 
277 aa  57.4  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  29.79 
 
 
274 aa  57.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 
243 aa  57.4  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.982216  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05611  short chain dehydrogenase  22.35 
 
 
244 aa  57  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.713488  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
252 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5228  short chain dehydrogenase  24.54 
 
 
261 aa  56.6  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.940368  normal  0.168178 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
252 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1429  putative short chain dehydrogenase  29.06 
 
 
255 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0142778 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  28.26 
 
 
270 aa  56.2  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.5 
 
 
267 aa  56.2  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.97 
 
 
253 aa  56.6  0.0000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.135569  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.19 
 
 
317 aa  56.2  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00194851  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.11 
 
 
240 aa  55.8  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  25.43 
 
 
271 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  28.37 
 
 
283 aa  56.2  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 
230 aa  56.2  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  33.99 
 
 
280 aa  55.8  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 
248 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0136754  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5631  putative short-chain dehydrogenase  25.32 
 
 
253 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64840  putative short-chain dehydrogenase  26.07 
 
 
253 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000142595  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3769  hypothetical protein  33.98 
 
 
440 aa  55.8  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.96163  normal  0.0729973 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.35 
 
 
262 aa  55.8  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0197  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.52 
 
 
254 aa  55.8  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  24.06 
 
 
272 aa  55.8  0.0000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2557  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 
306 aa  55.5  0.0000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5160  short chain dehydrogenase  28.02 
 
 
274 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.694924 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  23.71 
 
 
246 aa  55.5  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  23.71 
 
 
246 aa  55.5  0.0000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
253 aa  55.5  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.033772  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.84 
 
 
282 aa  55.5  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.47 
 
 
233 aa  55.5  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.08 
 
 
254 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.161271  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
241 aa  55.5  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.68 
 
 
282 aa  55.5  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4964  short chain dehydrogenase  28.36 
 
 
281 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.337953 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
248 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19640  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  30 
 
 
261 aa  55.1  0.0000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 
252 aa  55.1  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1337  short chain dehydrogenase  31.51 
 
 
269 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.950533 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4669  short chain dehydrogenase  28.36 
 
 
281 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>