More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6660 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
241 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.527172 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.86 
 
 
237 aa  195  6e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
236 aa  179  4e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185933  normal  0.400041 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.1 
 
 
240 aa  148  9e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.956493  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 
236 aa  130  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.573614 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
242 aa  125  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135595  normal  0.744613 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2164  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
239 aa  106  3e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.551521  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.45 
 
 
223 aa  94.7  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0806926  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
265 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4581  short chain dehydrogenase  33.52 
 
 
281 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4964  short chain dehydrogenase  33.52 
 
 
281 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.337953 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4669  short chain dehydrogenase  33.52 
 
 
281 aa  83.2  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1597  short chain dehydrogenase  33.52 
 
 
274 aa  81.3  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.53 
 
 
233 aa  80.5  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
249 aa  80.5  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.31 
 
 
251 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.59 
 
 
266 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
340 aa  76.6  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0147442  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
340 aa  76.3  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0944  short chain dehydrogenase  32.58 
 
 
294 aa  76.3  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.296729  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.47 
 
 
269 aa  75.9  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
243 aa  75.9  0.0000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.982216  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0026  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 
319 aa  75.5  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.122051  normal  0.68068 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 
290 aa  75.1  0.0000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10780  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 
275 aa  74.7  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20330  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  32.6 
 
 
221 aa  74.7  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.389925  normal  0.158335 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
271 aa  73.6  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 
342 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29 
 
 
279 aa  73.2  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5160  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 
274 aa  73.2  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.694924 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.92 
 
 
261 aa  70.5  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.74 
 
 
233 aa  70.9  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  30 
 
 
346 aa  70.1  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.35 
 
 
332 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03293  conserved hypothetical protein  23.81 
 
 
264 aa  69.3  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00545103 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.8 
 
 
291 aa  68.9  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
256 aa  68.9  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.63 
 
 
265 aa  68.6  0.00000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0206025  normal  0.910086 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 
267 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.82 
 
 
267 aa  68.2  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0925  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.7 
 
 
251 aa  68.2  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.568448  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.62 
 
 
339 aa  68.2  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.27 
 
 
251 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  29.58 
 
 
270 aa  66.6  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0125  putative short-chain dehydrogenase  28.5 
 
 
251 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_35637  predicted protein  27.88 
 
 
635 aa  67  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.11 
 
 
269 aa  67  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.14599 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.8 
 
 
258 aa  66.6  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1429  putative short chain dehydrogenase  27.8 
 
 
255 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0142778 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.16 
 
 
268 aa  66.2  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 
243 aa  66.6  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1295  short chain dehydrogenase  30.67 
 
 
271 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.657463  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0726  short chain dehydrogenase  32.85 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.352329 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.83 
 
 
271 aa  66.2  0.0000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.61951 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0732  short chain dehydrogenase  32.85 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.403449  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0746  short chain dehydrogenase  32.85 
 
 
291 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.095749 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3526  short chain dehydrogenase  22.12 
 
 
665 aa  65.5  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.309759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  28.19 
 
 
295 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
261 aa  65.5  0.0000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.199007  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  29.33 
 
 
269 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  29.33 
 
 
269 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2596  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
287 aa  65.1  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.7335  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.57 
 
 
229 aa  64.7  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
287 aa  64.3  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.181549  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.54 
 
 
284 aa  64.3  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.92 
 
 
257 aa  64.7  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.03 
 
 
242 aa  65.1  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.13 
 
 
272 aa  65.1  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38260  short-chain alcohol dehydrogenase  30.94 
 
 
305 aa  64.7  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.913124  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.24 
 
 
253 aa  64.7  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
263 aa  65.1  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  28.98 
 
 
270 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3481  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.9 
 
 
259 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187301  normal  0.768221 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2478  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
262 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1347  short chain dehydrogenase  28.7 
 
 
258 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.371645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
265 aa  63.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.185202 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
257 aa  64.3  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.97 
 
 
247 aa  64.3  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.53 
 
 
305 aa  63.5  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.623354  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.85 
 
 
247 aa  63.5  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0958  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
263 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5800  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 
258 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3511  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.72 
 
 
264 aa  63.2  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.531457  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.41 
 
 
330 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3866  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 
258 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0860  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
291 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.321  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 
257 aa  63.2  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4503  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 
258 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.82 
 
 
250 aa  63.5  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3289  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.29 
 
 
272 aa  63.2  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1844  short chain dehydrogenase  30 
 
 
270 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2157  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
252 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166791  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0854  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
291 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0871  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
291 aa  63.2  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0938  short chain dehydrogenase  26.48 
 
 
242 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  26.04 
 
 
263 aa  62.8  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 
286 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.55 
 
 
248 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.41 
 
 
269 aa  62.4  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>