More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3356 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
218 aa  426  1e-118  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.933468  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
223 aa  93.2  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0806926  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.64 
 
 
219 aa  79.7  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.154876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
233 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.585089  normal  0.589272 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 
217 aa  77  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0937479  normal  0.693303 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.22 
 
 
233 aa  75.1  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.04 
 
 
233 aa  73.6  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11468  acetoin(diacetyl)reductase  33.15 
 
 
254 aa  73.6  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0328388  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5597  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.41 
 
 
244 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00241343  normal  0.0182886 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.03 
 
 
233 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0675753 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 
261 aa  71.6  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0240  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.86 
 
 
233 aa  71.6  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.377738  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
268 aa  71.2  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0441553  normal  0.118759 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.03 
 
 
233 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.32958  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.26 
 
 
232 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.406883 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
237 aa  70.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 
231 aa  70.5  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.23 
 
 
229 aa  69.7  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185933  normal  0.400041 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.27 
 
 
246 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1892  short chain dehydrogenase  33.14 
 
 
253 aa  68.9  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0109425  normal  0.804466 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  31.88 
 
 
261 aa  68.9  0.00000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2164  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
239 aa  68.2  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.551521  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.83 
 
 
245 aa  67.4  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1449  acetoin reductase  30.77 
 
 
257 aa  66.2  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000100161  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
247 aa  64.3  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
280 aa  64.3  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.531836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.64 
 
 
242 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
263 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
263 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
263 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
263 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
263 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
263 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  31.84 
 
 
263 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.44 
 
 
233 aa  63.9  0.000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
263 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
263 aa  63.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.13 
 
 
254 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
248 aa  62.4  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.21 
 
 
260 aa  62  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
256 aa  62  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 
248 aa  61.6  0.000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
242 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
242 aa  60.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
242 aa  60.8  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
242 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
239 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
239 aa  60.8  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
249 aa  60.8  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.523448  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
242 aa  60.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
239 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35800  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  33.71 
 
 
285 aa  60.8  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
239 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
257 aa  60.8  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.71 
 
 
297 aa  60.8  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_65696  D-arabinitol 2-dehydrogenase [ribulose forming] (ARDH)  26.64 
 
 
278 aa  61.2  0.00000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.79 
 
 
285 aa  60.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5249  short chain dehydrogenase  27.93 
 
 
318 aa  60.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.109132  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
239 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  30.17 
 
 
263 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 
243 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.997812  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4200  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  28.4 
 
 
249 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.662349  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  30.17 
 
 
263 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  30.17 
 
 
263 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  30.17 
 
 
263 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0470  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  26.92 
 
 
249 aa  60.5  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000863447  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28 
 
 
239 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  30.17 
 
 
263 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
269 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.38 
 
 
244 aa  60.1  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3907  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.97 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180445  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0262  short chain dehydrogenase  27.84 
 
 
265 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 
262 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0271  short chain dehydrogenase  27.84 
 
 
265 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.91 
 
 
219 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 
243 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0281  short chain dehydrogenase  27.84 
 
 
265 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.2907  normal  0.153127 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.26 
 
 
236 aa  59.3  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.733694  normal  0.573614 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
255 aa  59.3  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 
250 aa  59.3  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.75 
 
 
242 aa  59.3  0.00000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135595  normal  0.744613 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 
269 aa  58.9  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.14599 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
256 aa  58.9  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.73 
 
 
249 aa  58.9  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1317  Short-chain dehydrogenase  30.86 
 
 
288 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169913  normal  0.0434292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.79 
 
 
270 aa  58.9  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.25 
 
 
298 aa  58.9  0.00000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.51 
 
 
238 aa  58.5  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2584  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  21.86 
 
 
292 aa  58.5  0.00000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7134  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.91 
 
 
233 aa  58.5  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  25.68 
 
 
255 aa  58.5  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
254 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0937136  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2070  hypothetical protein  24.73 
 
 
254 aa  58.2  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11090  Short-chain dehydrogenase/reductase  28.41 
 
 
286 aa  58.2  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.58 
 
 
241 aa  57.8  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.119808  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.02 
 
 
253 aa  57.4  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260507  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3604  putative dehydrogenase  34.07 
 
 
281 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055827  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.21 
 
 
285 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359984 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>