More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2901 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
243 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.997812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2881  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  96.3 
 
 
243 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.959841  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.47 
 
 
243 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.47 
 
 
243 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.477245  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.19 
 
 
243 aa  410  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.5 
 
 
246 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3907  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.5 
 
 
242 aa  388  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180445  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6063  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.79 
 
 
244 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6052  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.41 
 
 
244 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110774  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.54 
 
 
270 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.58 
 
 
298 aa  360  8e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.18326  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.84 
 
 
242 aa  360  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.86 
 
 
246 aa  357  9e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.495414  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.33 
 
 
242 aa  346  2e-94  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100527  hitchhiker  0.00000000000000573842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0192  putative short chain dehydrogenase  64.29 
 
 
242 aa  316  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01430  putative short chain dehydrogenase  64.29 
 
 
242 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.26 
 
 
244 aa  284  9e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0912876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5150  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 
245 aa  257  9e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.855408  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
245 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.167282  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 
245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
247 aa  251  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000237685 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.38 
 
 
243 aa  251  7e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
245 aa  250  1e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
245 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0314  putative acetoin(diacetyl) reductase  50 
 
 
245 aa  248  8e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.417582  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
248 aa  236  2e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0125  putative short-chain dehydrogenase  47.95 
 
 
251 aa  202  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.84 
 
 
236 aa  202  4e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1429  putative short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
255 aa  189  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0142778 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1240  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.77 
 
 
258 aa  188  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1166  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.77 
 
 
253 aa  187  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.932986  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2436  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.77 
 
 
292 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1712  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.35 
 
 
258 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.595621  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0714  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.35 
 
 
258 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0749  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.35 
 
 
258 aa  187  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.66118  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0908  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.86 
 
 
246 aa  182  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.700496  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.03 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0431623 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
229 aa  178  7e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
231 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7134  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.22 
 
 
233 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
246 aa  172  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1562  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.35 
 
 
278 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02694  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G14000)  39.51 
 
 
243 aa  167  1e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
242 aa  162  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.73156 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
236 aa  159  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
233 aa  156  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.585089  normal  0.589272 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
232 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.406883 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
233 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03293  conserved hypothetical protein  31.75 
 
 
264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00545103 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
246 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
233 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
233 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0675753 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
233 aa  149  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.32958  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0240  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
233 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.377738  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
233 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.286182  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.623849  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
251 aa  136  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20677  predicted protein  31.28 
 
 
236 aa  123  3e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.732911  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.87 
 
 
217 aa  101  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0937479  normal  0.693303 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.26 
 
 
223 aa  92.8  4e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0806926  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0695  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.81 
 
 
247 aa  90.9  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.825403  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.5 
 
 
238 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  34.17 
 
 
258 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.22 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.16 
 
 
238 aa  90.1  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
251 aa  88.6  7e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.21 
 
 
242 aa  88.6  9e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 
255 aa  87.8  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.2 
 
 
246 aa  87.8  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.58 
 
 
248 aa  87  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1259  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.79 
 
 
245 aa  87.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.84 
 
 
247 aa  87.8  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.29 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5527  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  29.85 
 
 
260 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711158  normal  0.0192619 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.18 
 
 
248 aa  86.3  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.69 
 
 
241 aa  86.3  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0870  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.64 
 
 
249 aa  86.3  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.73 
 
 
268 aa  85.9  5e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0441553  normal  0.118759 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5564  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  28.99 
 
 
260 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.46 
 
 
249 aa  85.9  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
262 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.89 
 
 
247 aa  85.5  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  32.22 
 
 
254 aa  85.1  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.53 
 
 
249 aa  85.1  8e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
219 aa  85.1  9e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.154876 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.32 
 
 
255 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2068  putative L-2,3-butanediol dehydrogenase  28.57 
 
 
261 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000343042  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 
248 aa  84.3  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.574158  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  29.66 
 
 
250 aa  84.3  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  31.47 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1628  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1904  gluconate 5-dehydrogenase  29.48 
 
 
270 aa  84  0.000000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14920  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.81 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2194  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25660  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
247 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00279048  normal  0.960331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>