More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2385 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
243 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.47 
 
 
243 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.997812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2881  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  95.88 
 
 
243 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.959841  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  94.65 
 
 
243 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.477245  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.83 
 
 
243 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.08 
 
 
246 aa  391  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3907  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.58 
 
 
242 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180445  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6063  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.55 
 
 
244 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6052  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.31 
 
 
244 aa  368  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110774  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.77 
 
 
270 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.42 
 
 
298 aa  364  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.18326  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.14 
 
 
242 aa  362  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.27 
 
 
246 aa  357  9.999999999999999e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.495414  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.07 
 
 
242 aa  343  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100527  hitchhiker  0.00000000000000573842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0192  putative short chain dehydrogenase  63.33 
 
 
242 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01430  putative short chain dehydrogenase  62.92 
 
 
242 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.66 
 
 
244 aa  284  7e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0912876 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.81 
 
 
243 aa  255  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5150  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 
245 aa  254  7e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.855408  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
245 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.167282  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
245 aa  248  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
247 aa  248  4e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000237685 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
245 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0314  putative acetoin(diacetyl) reductase  50.41 
 
 
245 aa  246  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.417582  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
245 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0125  putative short-chain dehydrogenase  47.49 
 
 
251 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1429  putative short chain dehydrogenase  45.66 
 
 
255 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0142778 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1240  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.93 
 
 
258 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1166  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.93 
 
 
253 aa  185  5e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.932986  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2436  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.93 
 
 
292 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1712  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.51 
 
 
258 aa  184  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.595621  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0714  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.51 
 
 
258 aa  184  9e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0749  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.51 
 
 
258 aa  184  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.66118  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0908  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.86 
 
 
246 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.700496  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
229 aa  177  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.58 
 
 
246 aa  176  3e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0431623 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7134  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.25 
 
 
233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
246 aa  169  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1562  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.51 
 
 
278 aa  169  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
231 aa  169  4e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02694  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G14000)  38.21 
 
 
243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
242 aa  162  6e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.73156 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
232 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.406883 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
236 aa  156  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
233 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.585089  normal  0.589272 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
233 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
233 aa  151  8.999999999999999e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.286182  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03293  conserved hypothetical protein  31.75 
 
 
264 aa  150  2e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00545103 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
246 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
233 aa  149  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.32958  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0240  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
233 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.377738  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
233 aa  148  9e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0675753 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
233 aa  145  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
234 aa  143  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.623849  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
233 aa  137  1e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20677  predicted protein  30.86 
 
 
236 aa  122  7e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.732911  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
217 aa  97.1  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0937479  normal  0.693303 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.12 
 
 
238 aa  91.7  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
258 aa  90.5  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.14 
 
 
223 aa  90.5  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0806926  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1085  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.77 
 
 
248 aa  88.6  8e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.021981  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0695  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.85 
 
 
247 aa  88.6  8e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.825403  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5527  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  29.85 
 
 
260 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711158  normal  0.0192619 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
317 aa  86.7  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.65 
 
 
248 aa  85.9  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
259 aa  85.1  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.35 
 
 
242 aa  84.7  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.5 
 
 
260 aa  84.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.15 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
251 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
249 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5564  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  28.5 
 
 
260 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.47 
 
 
255 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  32.22 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.05 
 
 
241 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.95 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1259  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.79 
 
 
245 aa  83.2  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.46 
 
 
249 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
249 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.89 
 
 
247 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
254 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
247 aa  82.8  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.5 
 
 
238 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  27 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0441553  normal  0.118759 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  31.54 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.22 
 
 
246 aa  82.4  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5030  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.69 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.574158  normal  0.46394 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  32.23 
 
 
254 aa  82  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  26.14 
 
 
241 aa  82  0.000000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1592  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  27.5 
 
 
266 aa  82  0.000000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2236  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  27.32 
 
 
260 aa  81.6  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.1 
 
 
248 aa  81.6  0.000000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0870  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.16 
 
 
249 aa  81.6  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.5 
 
 
249 aa  81.6  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>