More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4197 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
298 aa  617  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.18326  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.92 
 
 
242 aa  397  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.11 
 
 
242 aa  367  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100527  hitchhiker  0.00000000000000573842 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.68 
 
 
270 aa  361  7.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6063  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.25 
 
 
244 aa  359  3e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01430  putative short chain dehydrogenase  69.75 
 
 
242 aa  350  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0192  putative short chain dehydrogenase  69.75 
 
 
242 aa  350  2e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.42 
 
 
243 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3907  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.29 
 
 
242 aa  346  3e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180445  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.17 
 
 
243 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.477245  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.58 
 
 
243 aa  345  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.997812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2881  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.17 
 
 
243 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.959841  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.87 
 
 
243 aa  342  4e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6052  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.75 
 
 
244 aa  342  5e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110774  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.75 
 
 
246 aa  339  4e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.81 
 
 
246 aa  319  3.9999999999999996e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.495414  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.46 
 
 
244 aa  281  7.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0912876 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.18 
 
 
243 aa  280  2e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5150  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.49 
 
 
245 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.855408  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0314  putative acetoin(diacetyl) reductase  55.23 
 
 
245 aa  267  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.417582  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.51 
 
 
245 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.167282  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.1 
 
 
245 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.14 
 
 
245 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.31 
 
 
247 aa  260  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000237685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.28 
 
 
245 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.17 
 
 
248 aa  251  1e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0125  putative short-chain dehydrogenase  45.7 
 
 
251 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1429  putative short chain dehydrogenase  44.34 
 
 
255 aa  192  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0142778 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
246 aa  192  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0431623 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
246 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1240  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.25 
 
 
258 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2436  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.25 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0714  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.86 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0908  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.92 
 
 
246 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.700496  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1166  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.04 
 
 
253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.932986  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1712  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.86 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.595621  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0749  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.86 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.66118  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 
236 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1562  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.57 
 
 
278 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
246 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
231 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
242 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.73156 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
236 aa  166  2.9999999999999998e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
229 aa  166  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7134  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.08 
 
 
233 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
233 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 
232 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.406883 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
233 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.286182  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
233 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.585089  normal  0.589272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
233 aa  152  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.32958  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
233 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0675753 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02694  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G14000)  37.04 
 
 
243 aa  150  2e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0240  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
233 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.377738  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
234 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.623849  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
233 aa  142  6e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
251 aa  142  6e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03293  conserved hypothetical protein  31.89 
 
 
264 aa  139  3.9999999999999997e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00545103 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
233 aa  125  8.000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20677  predicted protein  31.33 
 
 
236 aa  123  4e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.732911  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  29.44 
 
 
259 aa  95.5  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 
251 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 
259 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 
249 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.51 
 
 
223 aa  92.8  5e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0806926  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  29.68 
 
 
265 aa  92.8  6e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 
251 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 
249 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  26.64 
 
 
258 aa  89  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.61 
 
 
249 aa  89  1e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  28.63 
 
 
255 aa  86.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
253 aa  85.5  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3524  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.44 
 
 
272 aa  85.5  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.382394  normal  0.103507 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.18 
 
 
238 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.12 
 
 
252 aa  85.5  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  27.89 
 
 
263 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2534  gluconate 5-dehydrogenase  30.17 
 
 
262 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4881  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.85 
 
 
271 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.169206  normal  0.0484523 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3804  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.85 
 
 
271 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.95 
 
 
283 aa  82.4  0.000000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
248 aa  82.4  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.225373  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00930  conserved hypothetical protein  25.68 
 
 
252 aa  81.6  0.00000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.42 
 
 
241 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10780  short chain dehydrogenase  28.82 
 
 
275 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.91 
 
 
249 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.012898 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 
233 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5045  short chain dehydrogenase  31.25 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0490  gluconate 5-dehydrogenase  29.12 
 
 
265 aa  79.3  0.00000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
254 aa  79.3  0.00000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1597  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 
274 aa  79  0.00000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01007  short chain dehydrogenase  30.73 
 
 
253 aa  79  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.393478  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.41 
 
 
251 aa  79  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  31.03 
 
 
254 aa  78.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 
254 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5719  short chain dehydrogenase  30.73 
 
 
254 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.48 
 
 
248 aa  77.8  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4528  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
258 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.831809  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.75 
 
 
217 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0937479  normal  0.693303 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  26.32 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>