More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3717 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3717  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0598808 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3511  IclR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 272 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.00000000292695  hitchhiker  0.000232914 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4434  transcriptional regulator, IclR family  39.46 
 
 		 261 aa  152  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0001758  normal  0.639145 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1169  IclR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 260 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.220613  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  28.86 
 
 		 275 aa  119  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0532  transcriptional regulator, IclR family  33.6 
 
 		 253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  27.76 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1604  IclR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 259 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379428  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3485  IclR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 276 aa  101  1e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  30.49 
 
 		 265 aa  99.4  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  31.43 
 
 		 259 aa  99.4  6e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4083  transcriptional regulator, IclR family  31.75 
 
 		 264 aa  99  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000457887 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  29.03 
 
 		 261 aa  98.2  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  28.24 
 
 		 252 aa  97.1  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  27.82 
 
 		 256 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 260 aa  96.3  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 261 aa  95.9  6e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0364  IclR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 265 aa  95.9  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 268 aa  95.5  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0458  regulatory protein, IclR  27.84 
 
 		 252 aa  95.5  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  31.28 
 
 		 255 aa  95.1  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  30.21 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2252  transcriptional regulator, IclR family  35.71 
 
 		 263 aa  94.4  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.128917  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 263 aa  94  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 263 aa  93.2  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  28.11 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2285  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 261 aa  93.2  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0510195  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  28.11 
 
 		 266 aa  93.2  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 260 aa  92.8  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0223  Transcriptional regulator IclR  28.29 
 
 		 246 aa  92.4  6e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.093608  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  29.55 
 
 		 251 aa  92.4  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2885  IclR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 238 aa  92  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2503  regulatory proteins, IclR  28.23 
 
 		 262 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2466  IclR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2511  regulatory proteins, IclR  28.23 
 
 		 262 aa  91.3  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.433919 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.44 
 
 		 569 aa  90.5  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18740  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 261 aa  90.9  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.691347  normal  0.112015 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4961  IclR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 248 aa  90.1  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.790351  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  26.01 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  28.63 
 
 		 277 aa  89.7  4e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 269 aa  89.7  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  30.24 
 
 		 280 aa  89  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0740  regulatory protein IclR  28.05 
 
 		 277 aa  89  7e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3676  IclR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 260 aa  89  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  26.8 
 
 		 263 aa  89  7e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 260 aa  89  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  26.8 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  27 
 
 		 260 aa  87.8  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2824  transcriptional regulator, IclR family  30.89 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00611258  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0222  Transcriptional regulator IclR  29.41 
 
 		 267 aa  87.4  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.300165  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  26.84 
 
 		 253 aa  87  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1993  IclR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 264 aa  87  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321176  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 260 aa  86.3  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2873  IclR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 269 aa  86.7  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.394804 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  27.43 
 
 		 260 aa  86.3  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0639  transcriptional regulator PcaR, putative  28.05 
 
 		 256 aa  86.3  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5397  transcriptional regulator, IclR family  28.17 
 
 		 261 aa  86.3  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.429612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0451  transcriptional regulator, IclR family  31.02 
 
 		 252 aa  85.9  5e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0127  transcriptional regulator, IclR family  30.5 
 
 		 544 aa  85.9  6e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0601  putative transcriptional regulator PcaR  28.05 
 
 		 256 aa  85.5  7e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 265 aa  85.5  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  27.04 
 
 		 263 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 260 aa  84.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2240  regulatory protein, IclR  28.8 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  26.42 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0314  transcriptional regulator IclR-like protein  29.41 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.196437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0868  IclR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 252 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1912  IclR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 283 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2886  IclR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 256 aa  82.8  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187395 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2736  IclR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  26.61 
 
 		 276 aa  82.8  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  25.75 
 
 		 263 aa  82.4  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0381  IclR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0265  transcriptional regulator, IclR family  32.9 
 
 		 264 aa  82  0.000000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  26.02 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2854  transcriptional regulator, IclR family  30.67 
 
 		 285 aa  81.3  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3802  transcriptional regulator, IclR family  28.95 
 
 		 264 aa  81.3  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.434289  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0547  transcriptional regulator, IclR family  27.31 
 
 		 265 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.244078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  28.34 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4896  transcriptional regulator, IclR family  29.64 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0681  regulatory proteins, IclR  28.1 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3214  transcriptional regulator, IclR family  23.81 
 
 		 280 aa  80.9  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3087  transcriptional regulator, TrmB  27.76 
 
 		 267 aa  80.9  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.515072  normal  0.390338 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4893  transcriptional regulator, IclR family  29.46 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  32.2 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09640  transcriptional regulator, IclR family  29.1 
 
 		 257 aa  81.3  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.936146  normal  0.241147 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19700  transcriptional regulator, IclR family  33.33 
 
 		 272 aa  80.9  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.089385  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  25.75 
 
 		 254 aa  80.1  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0808  transcriptional regulator, IclR family  31.36 
 
 		 272 aa  80.5  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2078  transcriptional regulator, IclR family  30.37 
 
 		 270 aa  80.5  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.341471 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6121  transcriptional regulator IclR family  28.51 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.299972  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5943  transcriptional regulator, IclR family  31.98 
 
 		 257 aa  79.7  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2698  IclR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.505501  normal  0.569064 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  26.18 
 
 		 263 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0668  regulatory proteins, IclR  28.23 
 
 		 242 aa  79.3  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0128525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2324  IclR family transcriptional regulator  25 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0866935  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3924  transcriptional repressor IclR  23.92 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>