272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3561 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3561  protein tyrosine phosphatase  100 
 
 		 151 aa  316  7e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.188074 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0595  protein tyrosine phosphatase  76.87 
 
 		 159 aa  247  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2881  protein tyrosine phosphatase  72 
 
 		 151 aa  244  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.224842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0630  hypothetical protein  75.69 
 
 		 163 aa  242  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.436553  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2282  protein tyrosine phosphatase  75.69 
 
 		 161 aa  242  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.307537 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1957  protein tyrosine phosphatase  72.97 
 
 		 152 aa  240  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.33495  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0981  protein tyrosine phosphatase  71.33 
 
 		 151 aa  231  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.784377 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2769  protein tyrosine phosphatase  43.66 
 
 		 149 aa  141  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4277  protein tyrosine phosphatase  42.55 
 
 		 149 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0808908 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3072  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  46.72 
 
 		 151 aa  135  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4415  protein tyrosine phosphatase  42.96 
 
 		 155 aa  135  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.622443 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0899  protein tyrosine phosphatase  43.06 
 
 		 156 aa  134  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5020  protein tyrosine phosphatase  42.07 
 
 		 155 aa  133  8e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0249  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  43.66 
 
 		 170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4348  protein tyrosine phosphatase  40.85 
 
 		 152 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.217616  normal  0.086653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3514  protein tyrosine phosphatase  45 
 
 		 142 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.125873  normal  0.473207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4792  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  44.6 
 
 		 155 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.604155  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0288  protein tyrosine phosphatase  41.55 
 
 		 155 aa  128  3e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0666  protein tyrosine phosphatase  43.07 
 
 		 150 aa  127  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.622971  normal  0.524497 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2259  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  45.71 
 
 		 157 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1982  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  45.71 
 
 		 157 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.69026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3586  protein tyrosine phosphatase  41.06 
 
 		 151 aa  127  7.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.990464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1937  protein tyrosine phosphatase  45 
 
 		 157 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0397602 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1233  protein tyrosine phosphatase  44.44 
 
 		 153 aa  125  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0641  hypothetical protein  42.76 
 
 		 167 aa  117  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0269  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  46.58 
 
 		 158 aa  116  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0241  protein tyrosine phosphatase  46.58 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0147469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2636  protein tyrosine phosphatase  43.88 
 
 		 155 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0880058  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0210  protein tyrosine phosphatase  43.33 
 
 		 159 aa  111  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0250  protein phosphatase, putative  39.31 
 
 		 157 aa  107  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.262122  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0268  putative protein phosphatase  39.31 
 
 		 157 aa  107  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000000694768  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0523  protein tyrosine phosphatase  41.13 
 
 		 160 aa  103  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0879589 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0324  protein tyrosine phosphatase  35.86 
 
 		 161 aa  100  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0188  protein tyrosine phosphatase  35.21 
 
 		 166 aa  100  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1129  protein tyrosine phosphatase  35.25 
 
 		 144 aa  85.9  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0691501 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2835  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  35.25 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0827  Protein-tyrosine phosphatase low molecular weight  32.59 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6302  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  35.97 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.819229 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0526  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  33.58 
 
 		 152 aa  68.2  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1084  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  30.2 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.592993  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2667  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  31.03 
 
 		 143 aa  65.9  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1022  tyrosine phosphatase  30.56 
 
 		 299 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4019  protein tyrosine phosphatase  30.94 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0366  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  28.77 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0933  protein tyrosine phosphatase  30.71 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000564011  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2401  protein tyrosine phosphatase  31.39 
 
 		 169 aa  60.8  0.000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.571315 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2820  protein tyrosine phosphatase  33.09 
 
 		 143 aa  60.5  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1111  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  28.89 
 
 		 146 aa  60.5  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.660176  normal  0.527551 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0381  protein tyrosine phosphatase  27.08 
 
 		 144 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00670954  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3712  protein tyrosine phosphatase  31.65 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2348  protein tyrosine phosphatase  26.87 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0597  protein tyrosine phosphatase  27.46 
 
 		 142 aa  58.9  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A11  protein-tyrosine-phosphatase  29.93 
 
 		 138 aa  58.5  0.00000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.195973  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2863  protein tyrosine phosphatase  24.82 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0874  protein tyrosine phosphatase  29.08 
 
 		 143 aa  58.2  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0764045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1954  protein tyrosine phosphatase  32.12 
 
 		 150 aa  57.8  0.00000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0918  protein tyrosine phosphatase  26.81 
 
 		 144 aa  57.8  0.00000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1874  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  27.61 
 
 		 144 aa  57.4  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0375  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  29.55 
 
 		 140 aa  57  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0537  arsenate reductase (thioredoxin)  30.43 
 
 		 164 aa  56.2  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0250  protein tyrosine phosphatase  28.36 
 
 		 132 aa  55.5  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.371079  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1118  protein tyrosine phosphatase  29.08 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.176181 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3324  arsenate reductase  30.6 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1344  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  29.08 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.230877  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1110  protein tyrosine phosphatase  28.57 
 
 		 133 aa  54.7  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2663  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  27.97 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.541261 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0097  protein tyrosine phosphatase  29.41 
 
 		 153 aa  54.3  0.0000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.858615  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0218  protein tyrosine phosphatase  31.08 
 
 		 143 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2516  protein tyrosine phosphatase  29.08 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.69896  hitchhiker  0.0073525 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5377  protein tyrosine phosphatase  28.87 
 
 		 173 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.434768 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2571  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  29.41 
 
 		 137 aa  53.9  0.0000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0842  protein tyrosine phosphatase  28.28 
 
 		 138 aa  53.5  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.790254  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0062  protein tyrosine phosphatase  25 
 
 		 145 aa  53.5  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2216  protein tyrosine phosphatase  30.14 
 
 		 166 aa  53.1  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.415752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3429  protein tyrosine phosphatase  27.1 
 
 		 148 aa  52  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4720  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  27.66 
 
 		 139 aa  52.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.673228  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1656  protein tyrosine phosphatase  27.66 
 
 		 147 aa  52.8  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0413264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0488  protein tyrosine phosphatase  29.5 
 
 		 132 aa  52  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2878  protein tyrosine phosphatase  28.47 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3397  protein tyrosine phosphatase  27.74 
 
 		 174 aa  51.6  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1659  protein tyrosine phosphatase  27.54 
 
 		 225 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.337741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1929  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  28.15 
 
 		 137 aa  51.6  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.893973  normal  0.121464 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1393  protein tyrosine phosphatase  26.21 
 
 		 148 aa  51.6  0.000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0172641  normal  0.707508 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3221  protein tyrosine phosphatase  25.93 
 
 		 223 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.779486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2033  arsenate reductase (thioredoxin)  30.71 
 
 		 132 aa  51.2  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00780291  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0106  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  27.27 
 
 		 135 aa  51.2  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1210  arsenate reductase (thioredoxin)  29.85 
 
 		 144 aa  51.2  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2957  protein tyrosine phosphatase  25.9 
 
 		 150 aa  51.2  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.252891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1452  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  27.94 
 
 		 157 aa  50.8  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00327918  normal  0.121343 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0521  protein tyrosine phosphatase  28.87 
 
 		 140 aa  50.4  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0331  protein tyrosine phosphatase  26.24 
 
 		 170 aa  50.4  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.481618 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0566  protein tyrosine phosphatase  26.95 
 
 		 136 aa  50.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.282685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2105  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  27.93 
 
 		 588 aa  49.7  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00514129  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4708  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  25.19 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.112268  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3642  protein tyrosine phosphatase  28.68 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.227119  normal  0.219945 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1821  protein tyrosine phosphatase  24.11 
 
 		 164 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0699312 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3468  protein tyrosine phosphatase  26.09 
 
 		 157 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.218038 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2539  transcriptional regulator, ArsR family  28.08 
 
 		 254 aa  49.3  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000120354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3255  Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight  23.65 
 
 		 172 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0820  protein tyrosine phosphatase  26.47 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.580395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>