271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1163 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1163  ornithine cyclodeaminase  100 
 
 		 348 aa  719    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.833995  decreased coverage  0.00431249 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2310  ornithine cyclodeaminase  76.74 
 
 		 357 aa  555  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1471  ornithine cyclodeaminase  72.46 
 
 		 358 aa  528  1e-149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32391  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0899  ornithine cyclodeaminase  71.59 
 
 		 358 aa  520  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.212548  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0842  ornithine cyclodeaminase  71.3 
 
 		 358 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3962  ornithine cyclodeaminase  69.71 
 
 		 350 aa  501  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1052  ornithine cyclodeaminase  69.23 
 
 		 346 aa  499  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.789796  normal  0.061777 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5979  ornithine cyclodeaminase  66.67 
 
 		 351 aa  494  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1826  ornithine cyclodeaminase  67.85 
 
 		 348 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0818246  normal  0.659466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1216  ornithine cyclodeaminase  68.17 
 
 		 350 aa  485  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4637  ornithine cyclodeaminase  67.35 
 
 		 348 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0589367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1795  ornithine cyclodeaminase  57.48 
 
 		 366 aa  401  1e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.419928  normal  0.0318754 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2946  ornithine cyclodeaminase  55.19 
 
 		 358 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.914602 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06630  ornithine cyclodeaminase  55.06 
 
 		 340 aa  390  1e-107  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.859061  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3303  Ornithine cyclodeaminase  53.96 
 
 		 353 aa  384  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3883  ornithine cyclodeaminase  54.76 
 
 		 369 aa  375  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0279  ornithine cyclodeaminase  54.49 
 
 		 349 aa  371  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.815207 
 
 
-
 
NC_003296  RS00361  ornithine cyclodeaminase  53.94 
 
 		 349 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.336374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1891  ornithine cyclodeaminase  52.52 
 
 		 354 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.529227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4602  ornithine cyclodeaminase  53.06 
 
 		 365 aa  374  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1731  ornithine cyclodeaminase  53.29 
 
 		 354 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.734503  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3533  ornithine cyclodeaminase  54.52 
 
 		 350 aa  364  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2392  ornithine cyclodeaminase  54.82 
 
 		 350 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820594 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2240  ornithine cyclodeaminase  54.52 
 
 		 350 aa  363  3e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.894904 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0121  ornithine cyclodeaminase  52.51 
 
 		 382 aa  355  3.9999999999999996e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4333  ornithine cyclodeaminase  56.83 
 
 		 352 aa  355  5e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0682  ornithine cyclodeaminase  52.37 
 
 		 357 aa  354  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3771  ornithine cyclodeaminase  51.03 
 
 		 365 aa  354  1e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2802  ornithine cyclodeaminase  56.63 
 
 		 343 aa  352  7e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.937612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3030  ornithine cyclodeaminase  57.36 
 
 		 334 aa  351  8e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.434014 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2671  ornithine cyclodeaminase  51.6 
 
 		 359 aa  349  4e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2926  ornithine cyclodeaminase  55.42 
 
 		 343 aa  349  4e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4693  ornithine cyclodeaminase  53.01 
 
 		 349 aa  347  2e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0961162  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2542  ornithine cyclodeaminase  51.35 
 
 		 359 aa  342  5e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0586  ornithine cyclodeaminase  50.44 
 
 		 362 aa  341  1e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.766094  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3492  ornithine cyclodeaminase  51.05 
 
 		 359 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0249147 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5311  ornithine cyclodeaminase  50.15 
 
 		 359 aa  335  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0592  ornithine cyclodeaminase  54.01 
 
 		 350 aa  333  2e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3943  ornithine cyclodeaminase  49.85 
 
 		 359 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3577  ornithine cyclodeaminase  49.85 
 
 		 359 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.427318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0613  ornithine cyclodeaminase  56.74 
 
 		 328 aa  330  2e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0586  ornithine cyclodeaminase  49.85 
 
 		 366 aa  328  9e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2754  ornithine cyclodeaminase  49.4 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0275  ornithine cyclodeaminase  42.39 
 
 		 336 aa  280  2e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.631235  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1919  ornithine cyclodeaminase  42.39 
 
 		 336 aa  280  2e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000355793  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0208  ornithine cyclodeaminase  42.47 
 
 		 345 aa  278  1e-73  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.118382  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  32.23 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  37.55 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  35.83 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  36.36 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  36.59 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  37.65 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  33.73 
 
 		 326 aa  129  8.000000000000001e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  30.88 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1146  Ornithine cyclodeaminase  33.2 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  31.05 
 
 		 329 aa  126  7e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  32.95 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  32.85 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  32.95 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  32.2 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3660  Ornithine cyclodeaminase  29.84 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  31.82 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  32.2 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  32.55 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  31.82 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4418  Ornithine cyclodeaminase  32.2 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.405243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  31.82 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  31.82 
 
 		 325 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  31.82 
 
 		 325 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  31.82 
 
 		 325 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13720  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  30.94 
 
 		 340 aa  108  1e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3918  ornithine cyclodeaminase  32.55 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.438934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  33.47 
 
 		 329 aa  108  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0978  Ornithine cyclodeaminase  31.94 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.311273 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  29.64 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  30.3 
 
 		 326 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4377  ectoine utilization protein EutC  32.51 
 
 		 330 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2251  Ornithine cyclodeaminase  30.92 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.217432  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3082  ornithine cyclodeaminase  31.82 
 
 		 329 aa  104  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653828 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1976  Ornithine cyclodeaminase  32.2 
 
 		 350 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.100827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1639  Ornithine cyclodeaminase  30.59 
 
 		 338 aa  104  3e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1041  ornithine cyclodeaminase  31 
 
 		 329 aa  103  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.726287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7398  ornithine cyclodeaminase  27.24 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5520  ectoine utilization protein EutC  32.65 
 
 		 330 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.135398  hitchhiker  0.0025889 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2557  Ornithine cyclodeaminase  30.15 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.852397  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  32.16 
 
 		 328 aa  102  9e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3024  ornithine cyclodeaminase  32.91 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0976  ornithine cyclodeaminase  30.54 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25864  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4368  ornithine cyclodeaminase  30.83 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2145  hypothetical protein  30.5 
 
 		 323 aa  100  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2722  ectoine utilization protein EutC  29.34 
 
 		 319 aa  100  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.667084  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2104  Ornithine cyclodeaminase  31.02 
 
 		 359 aa  99.8  6e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2867  ornithine cyclodeaminase  31.69 
 
 		 320 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3311  ornithine cyclodeaminase  31.3 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2120  hypothetical protein  30.12 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7814  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.37 
 
 		 348 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2526  ornithine cyclodeaminase  31.56 
 
 		 315 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0910957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0439  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.03 
 
 		 351 aa  97.1  5e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.25136 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6207  ornithine cyclodeaminase  31.33 
 
 		 321 aa  97.1  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3190  ornithine cyclodeaminase  30.16 
 
 		 315 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>