More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2162 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE2162  NOL1/NOP2/sun family protein  100 
 
 
263 aa  535  1e-151  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.502488  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0700  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  33.48 
 
 
321 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1591  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.81 
 
 
454 aa  105  5e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.558771  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2172  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  28.44 
 
 
471 aa  103  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000128077  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3160  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  34.83 
 
 
456 aa  103  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2046  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.13 
 
 
505 aa  102  7e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.362171  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1583  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.97 
 
 
486 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.855297  normal  0.597939 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003425  ribosomal RNA small subunit methyltransferase F  33.76 
 
 
478 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.837447  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1280  sun protein  31.84 
 
 
431 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185655  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32 
 
 
501 aa  98.2  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01806  predicted methyltransferase  35.06 
 
 
479 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.88495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1927  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  36.77 
 
 
488 aa  97.4  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1936  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  32.8 
 
 
481 aa  97.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00306451  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2136  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.82 
 
 
484 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2103  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.84 
 
 
481 aa  97.1  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0235271  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01794  hypothetical protein  35.06 
 
 
479 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2064  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.06 
 
 
481 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.2344  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1807  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  34.84 
 
 
481 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0366277  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1406  sun protein  30.1 
 
 
431 aa  97.1  3e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0901  Fmu (Sun) domain-containing protein  31.5 
 
 
455 aa  97.1  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1110  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.39 
 
 
503 aa  97.1  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153136  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2079  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.15 
 
 
481 aa  96.7  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2580  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  32.09 
 
 
454 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1740  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.84 
 
 
510 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1797  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.84 
 
 
481 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.396046  normal  0.0585336 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1770  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.84 
 
 
510 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.475142  normal  0.596617 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1926  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.84 
 
 
481 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.79578  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2609  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.48 
 
 
474 aa  96.3  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1352  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.84 
 
 
481 aa  96.7  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.312061  normal  0.0948873 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2113  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.55 
 
 
503 aa  96.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000343432 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1538  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  28.87 
 
 
473 aa  96.3  4e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.317347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1665  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.84 
 
 
509 aa  95.9  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2455  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.53 
 
 
505 aa  95.9  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0432  NOL1/NOP2/sun family protein  31.56 
 
 
468 aa  95.5  7e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.218549 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2448  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.33 
 
 
505 aa  95.5  7e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1993  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.71 
 
 
513 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.956035 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2405  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.43 
 
 
480 aa  95.5  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.53 
 
 
505 aa  95.5  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.378579  normal  0.101279 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1865  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  31 
 
 
468 aa  95.5  8e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.92386  decreased coverage  0.000437678 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1989  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.71 
 
 
513 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458134 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2210  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.59 
 
 
505 aa  95.1  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2051  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.71 
 
 
513 aa  95.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1896  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.53 
 
 
505 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.167738 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1281  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.83 
 
 
479 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0638049  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2644  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  35.85 
 
 
478 aa  94.7  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0597695 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1840  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.75 
 
 
482 aa  94.7  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1465  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.71 
 
 
479 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.331125  normal  0.160256 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2695  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.7 
 
 
325 aa  93.2  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2224  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  32.47 
 
 
481 aa  92.8  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.508935 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2568  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.42 
 
 
479 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.401694  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1848  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  31.43 
 
 
484 aa  92  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2749  NOL1/NOP2/sun family protein  28.81 
 
 
319 aa  92  9e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1986  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.96 
 
 
478 aa  91.3  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1267  Fmu (Sun) domain protein  27.97 
 
 
460 aa  91.7  1e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2236  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  33.54 
 
 
484 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1104  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  27.83 
 
 
458 aa  90.9  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1306  RNA methylase NOL1/NOP2/sun family  31.15 
 
 
457 aa  90.1  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.085217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5890  Fmu (Sun) domain protein  36.5 
 
 
453 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.133324  hitchhiker  0.00389453 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0282  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  35.86 
 
 
302 aa  90.1  3e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1328  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  31.43 
 
 
457 aa  89.7  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.13819  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0018  sun protein  32.08 
 
 
440 aa  89.4  6e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1122  NOL1NOP2sun family protein  33.51 
 
 
287 aa  89  7e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0392617  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0425  sun protein  35.95 
 
 
438 aa  88.2  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04811  Sun protein (Fmu protein)  35.95 
 
 
438 aa  88.2  1e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1005  rRNA methyltransferase, putative  31.02 
 
 
436 aa  88.2  1e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00439767  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0979  NOL1/NOP2/sun family RNA methylase  32.53 
 
 
460 aa  87.4  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04881  Sun protein (Fmu protein)  34.64 
 
 
437 aa  87.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.929228  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04501  Sun protein (Fmu protein)  34.78 
 
 
438 aa  87.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1219  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  28.57 
 
 
455 aa  87.4  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1514  NusB/RsmB/TIM44  29.55 
 
 
416 aa  87  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.164457  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2039  rRNA (cytosine-C(5)-)-methyltransferase RsmF  34.84 
 
 
467 aa  87.4  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.137623  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0664  Fmu (Sun) domain protein  34.21 
 
 
430 aa  87.4  2e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1752  sun protein  28.5 
 
 
444 aa  86.7  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.731166  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0692  tRNA and rRNA cytosine-C5-methylase  29.82 
 
 
470 aa  86.3  4e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.010029  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3218  Fmu (Sun) domain-containing protein  31.79 
 
 
470 aa  86.3  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2792  Fmu (Sun) domain-containing protein  28.82 
 
 
488 aa  85.9  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000540709  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3612  sun protein  36.31 
 
 
464 aa  86.3  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1228  RNA methylase, NOL1/NOP2/sun family  27.95 
 
 
339 aa  85.9  7e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6488  Fmu (Sun) domain protein  27.23 
 
 
464 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1279  sun protein  32.84 
 
 
444 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3716  sun protein  33.51 
 
 
444 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0992207  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3606  sun protein  33.51 
 
 
444 aa  84  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3624  sun protein  33.51 
 
 
444 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0232202  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0664  NOL1/NOP2/sun family protein  35.5 
 
 
279 aa  84  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.995091  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4003  sun protein  33.51 
 
 
444 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0209  rRNA methyltransferase RsmB (sun protein), putative  31.64 
 
 
428 aa  84.3  0.000000000000002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3879  sun protein  33.51 
 
 
444 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26957e-17 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0072  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase B  33.02 
 
 
456 aa  84.3  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000155418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0993  NOL1/NOP2/sun family protein  31.33 
 
 
436 aa  83.6  0.000000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0025  Fmu (Sun)  36.06 
 
 
450 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3964  sun protein  32.35 
 
 
444 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND00130  tRNA (cytosine-5-)-methyltransferase, putative  33.12 
 
 
764 aa  83.2  0.000000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0303135  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2271  sun protein  32.65 
 
 
451 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00558383 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0197  sun protein  36.54 
 
 
432 aa  83.2  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2845  sun protein  33.83 
 
 
431 aa  82.4  0.000000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.677129  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0944  NOL1/NOP2/sun family protein  31.71 
 
 
297 aa  82.4  0.000000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_25394  predicted protein  29.96 
 
 
528 aa  82  0.000000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0739  NOL1/NOP2/sun family protein  34.91 
 
 
279 aa  81.6  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.275857  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0066  Fmu, rRNA SAM-dependent methyltransferase:Nop2p  31.87 
 
 
446 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3907  sun protein  32.97 
 
 
444 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>