137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0870 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0870  putative fumarate reductase flavoprotein  100 
 
 
549 aa  1133    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3510  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  52.26 
 
 
541 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4675  putative fumarate reductase flavoprotein  54.44 
 
 
533 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572233  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2343  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  53.96 
 
 
552 aa  531  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3486  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  53.73 
 
 
537 aa  522  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.664087  normal  0.809041 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2809  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  53.73 
 
 
537 aa  521  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1445  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  47.76 
 
 
537 aa  438  1e-121  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.223151  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3745  putative FAD-binding dehydrogenase  38.07 
 
 
549 aa  330  3e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0163  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  36.18 
 
 
548 aa  325  9e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0741  putative FAD-binding dehydrogenase  37.5 
 
 
555 aa  322  9.000000000000001e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6214  putative FAD-binding dehydrogenase  36.13 
 
 
551 aa  321  1.9999999999999998e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1725  putative FAD-binding dehydrogenase  36.51 
 
 
551 aa  318  1e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.64226  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5132  putative FAD-binding dehydrogenase  38.49 
 
 
555 aa  317  4e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10800  putative FAD-binding dehydrogenase  36.48 
 
 
566 aa  311  2.9999999999999997e-83  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1621  putative FAD-binding dehydrogenase  37.32 
 
 
545 aa  309  6.999999999999999e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5200  putative FAD-binding dehydrogenase  36.2 
 
 
556 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5288  putative FAD-binding dehydrogenase  36.2 
 
 
556 aa  308  1.0000000000000001e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.918325  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1344  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  36.85 
 
 
559 aa  308  1.0000000000000001e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.543603  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0883  putative FAD-binding dehydrogenase  37 
 
 
552 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.237453  normal  0.672197 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5580  putative FAD-binding dehydrogenase  36.38 
 
 
556 aa  308  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.684507  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4560  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  36.09 
 
 
557 aa  307  3e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.935324  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2085  putative FAD-binding dehydrogenase  36.05 
 
 
558 aa  306  6e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.376668  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3668  putative FAD-binding dehydrogenase  34.55 
 
 
552 aa  306  7e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.114123  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1896  putative FAD-binding dehydrogenase  35.68 
 
 
557 aa  302  1e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3223  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  36.72 
 
 
550 aa  301  2e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08090  predicted oxidoreductase  35.52 
 
 
549 aa  298  1e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0173464  normal  0.283602 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3994  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  35.92 
 
 
571 aa  296  6e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.542255  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06450  predicted oxidoreductase  35.51 
 
 
559 aa  296  8e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2248  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  35.28 
 
 
555 aa  294  2e-78  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.826896  normal  0.613804 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1100  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  36.55 
 
 
551 aa  292  1e-77  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000939173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0957  putative FAD-binding dehydrogenase  35.6 
 
 
558 aa  291  3e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0214  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  34.67 
 
 
558 aa  290  6e-77  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1043  putative FAD-binding dehydrogenase  35.54 
 
 
558 aa  288  2e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2532  putative FAD-binding dehydrogenase  35.04 
 
 
551 aa  283  4.0000000000000003e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.608155 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4333  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  34.5 
 
 
597 aa  281  2e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2713  putative FAD-binding dehydrogenase  34.6 
 
 
551 aa  281  2e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0401801  hitchhiker  0.00069854 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0191  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  34.75 
 
 
550 aa  280  4e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3775  putative FAD-binding dehydrogenase  35.36 
 
 
553 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2414  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  34.84 
 
 
571 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0440095  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0675  putative FAD-binding dehydrogenase  35.48 
 
 
552 aa  273  4.0000000000000004e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.935742  normal  0.139475 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0628  putative FAD-binding dehydrogenase  34.86 
 
 
551 aa  265  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0670  putative FAD-binding dehydrogenase  34.67 
 
 
551 aa  264  3e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1140  putative FAD-binding dehydrogenase  33.27 
 
 
573 aa  261  2e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.196555  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1003  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  27.19 
 
 
522 aa  170  7e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3597  flavocytochrome c  24.59 
 
 
591 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2825  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  24.63 
 
 
498 aa  67.4  0.0000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03960  FAD dependent oxidoreductase  42.86 
 
 
98 aa  67.4  0.0000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.933434  normal  0.205844 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22640  aspartate oxidase  26 
 
 
623 aa  65.5  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.73746 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4075  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.48 
 
 
484 aa  63.5  0.000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3541  flavocytochrome c  25.97 
 
 
589 aa  63.9  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000144139  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0945  Succinate dehydrogenase  22.52 
 
 
511 aa  62  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_51720  fumarate reductase flavoprotein  22.53 
 
 
668 aa  60.8  0.00000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.744935  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0795  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  22.09 
 
 
509 aa  60.1  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.820864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3768  flavocytochrome c  29.03 
 
 
515 aa  60.1  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.226332  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3768  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  27.88 
 
 
460 aa  59.3  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0511  flavocytochrome c  27.54 
 
 
510 aa  58.5  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0344  flavocytochrome c flavin subunit, putative  27.72 
 
 
519 aa  58.5  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.892888 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1029  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  22.04 
 
 
509 aa  58.2  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0801  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  28.87 
 
 
598 aa  57.8  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0098  fumarate reductase, flavoprotein subunit  22.99 
 
 
465 aa  56.6  0.000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1530  flavocytochrome c  21.64 
 
 
464 aa  56.6  0.000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000593943  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04200  succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein subunit  22.94 
 
 
481 aa  55.5  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.906237  normal  0.517886 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2827  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  22.84 
 
 
511 aa  55.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00140  fumarate reductase (NADH), putative  25 
 
 
635 aa  54.7  0.000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0434389  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2203  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  21.88 
 
 
519 aa  54.7  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3625  flavocytochrome c  21.63 
 
 
596 aa  54.3  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3058  flavocytochrome c flavin subunit, putative  26.74 
 
 
517 aa  53.5  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2381  NADH:flavin oxidoreductase/fumarate reductase, flavoprotein subunit, putative  21.43 
 
 
1005 aa  53.5  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4127  flavocytochrome c  23.62 
 
 
598 aa  53.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.431024 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0848  fumarate reductase, flavoprotein subunit  20.99 
 
 
457 aa  52.8  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000988882  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0859  flavocytochrome c  24.53 
 
 
596 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3505  flavocytochrome c  24.53 
 
 
596 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3628  flavocytochrome c  24.53 
 
 
596 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3433  flavocytochrome c  24.53 
 
 
596 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2507  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  22.87 
 
 
602 aa  52.8  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27122  predicted protein  21.7 
 
 
587 aa  52  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0188056 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_52061  predicted protein  21.7 
 
 
587 aa  52  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3181  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  21.73 
 
 
523 aa  52  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0970  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  23.03 
 
 
596 aa  51.6  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1226  fumarate reductase flavoprotein subunit  20.86 
 
 
502 aa  51.6  0.00004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00121043  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4061  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  22.52 
 
 
476 aa  50.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0801  glycine oxidase ThiO  25.79 
 
 
367 aa  51.2  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0943  flavocytochrome c  26.61 
 
 
517 aa  50.8  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1445  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  28.3 
 
 
493 aa  50.4  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000784469 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3215  flavocytochrome c  23.16 
 
 
596 aa  49.7  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45689  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.22 
 
 
478 aa  49.7  0.0001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0392  L-aspartate oxidase  33.11 
 
 
565 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3301  flavocytochrome c flavin subunit  26.05 
 
 
499 aa  48.5  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1957  L-aspartate oxidase  23.93 
 
 
546 aa  48.1  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.422592  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4077  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.21 
 
 
491 aa  48.1  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3112  flavocytochrome c  27 
 
 
596 aa  48.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000541974 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3368  flavocytochrome c  23.86 
 
 
519 aa  48.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0977  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  21.65 
 
 
561 aa  48.1  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.107373 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1064  tricarballylate dehydrogenase  24.79 
 
 
505 aa  47.8  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3690  flavocytochrome c  25.5 
 
 
583 aa  47.8  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0905  flavocytochrome c  22.85 
 
 
597 aa  47.8  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.604755  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4036  flavocytochrome c  23.3 
 
 
598 aa  47.8  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2826  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  21.97 
 
 
543 aa  47  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03720  succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein subunit  21.86 
 
 
558 aa  46.6  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12690  succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein subunit  21.2 
 
 
580 aa  47  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>