122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0312 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2337  hypothetical protein  84.28 
 
 		 396 aa  655    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.634826  hitchhiker  0.0000401834 
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  82.65 
 
 		 396 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  93.42 
 
 		 397 aa  736    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2290  hypothetical protein  81.96 
 
 		 396 aa  640    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.099053  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1867  hypothetical protein  83.51 
 
 		 396 aa  646    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  85.09 
 
 		 397 aa  659    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1739  AcnD-accessory protein PrpF  83.51 
 
 		 396 aa  646    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1767  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  84.54 
 
 		 403 aa  658    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  81.7 
 
 		 396 aa  635    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  81.96 
 
 		 436 aa  635    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  84.69 
 
 		 395 aa  654    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  82.43 
 
 		 391 aa  641    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2300  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  82.99 
 
 		 395 aa  649    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763131  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  83.03 
 
 		 397 aa  646    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  82.22 
 
 		 396 aa  635    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  97.73 
 
 		 397 aa  771    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  100 
 
 		 397 aa  810    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  82.22 
 
 		 396 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  82.22 
 
 		 396 aa  635    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  96.98 
 
 		 397 aa  765    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0876  hypothetical protein  83.51 
 
 		 396 aa  646    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1163  hypothetical protein  83.51 
 
 		 396 aa  646    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4050  putative AcnD-accessory protein PrpF  89.3 
 
 		 407 aa  700    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0385  AcnD-accessory protein PrpF  83.51 
 
 		 396 aa  646    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  83.25 
 
 		 396 aa  644    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2140  hypothetical protein  83.51 
 
 		 396 aa  646    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  93.7 
 
 		 397 aa  737    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3433  putative AcnD-accessory protein PrpF  84.02 
 
 		 396 aa  654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190696  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4024  putative AcnD-accessory protein PrpF  88.56 
 
 		 407 aa  694    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6079  AcnD-accessory protein PrpF  82.22 
 
 		 395 aa  638    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.552209 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  84.69 
 
 		 395 aa  654    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4143  putative AcnD-accessory protein PrpF  89.39 
 
 		 407 aa  689    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3948  AcnD-accessory protein PrpF  88.56 
 
 		 407 aa  694    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  82.99 
 
 		 396 aa  648    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  82.99 
 
 		 396 aa  647    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  82.47 
 
 		 396 aa  637    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  82.78 
 
 		 397 aa  635    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  77.84 
 
 		 410 aa  632  1e-180  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  81.19 
 
 		 396 aa  631  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  81.96 
 
 		 396 aa  634  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  80.72 
 
 		 396 aa  630  1e-179  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1663  putative AcnD-accessory protein PrpF  80.77 
 
 		 392 aa  628  1e-179  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03373  putative AcnD-accessory protein PrpF  79.74 
 
 		 409 aa  617  1e-175  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3025  AcnD-accessory protein PrpF  79.23 
 
 		 392 aa  617  1e-175  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1860  putative AcnD-accessory protein PrpF  82.22 
 
 		 389 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  76.8 
 
 		 395 aa  613  9.999999999999999e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2496  AcnD-accessory protein PrpF  79.35 
 
 		 405 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.945381  hitchhiker  0.00398819 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53980  hypothetical protein  76.86 
 
 		 395 aa  608  1e-173  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1667  PrpF, AcnD-accessory  77.95 
 
 		 398 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.870319  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  76.61 
 
 		 389 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4725  hypothetical protein  76.61 
 
 		 395 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  77.58 
 
 		 398 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2602  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  79.12 
 
 		 392 aa  601  1.0000000000000001e-171  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000005222  hitchhiker  0.0000122233 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3297  hypothetical protein  77.02 
 
 		 396 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2319  putative AcnD-accessory protein PrpF  77.86 
 
 		 426 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3586  AcnD-accessory protein PrpF  77.32 
 
 		 398 aa  603  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.716521  normal  0.0110603 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1422  putative AcnD-accessory protein PrpF  78.03 
 
 		 409 aa  598  1e-170  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02726  probable AcnD-accessory protein PrpF  77.84 
 
 		 386 aa  595  1e-169  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2114  putative AcnD-accessory protein PrpF  77.55 
 
 		 405 aa  592  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.343777 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2819  AcnD-accessory protein PrpF  75.26 
 
 		 397 aa  578  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0822115  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1866  putative AcnD-accessory protein PrpF  72.31 
 
 		 397 aa  578  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.477941  normal  0.214454 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0955  putative AcnD-accessory protein PrpF  73.9 
 
 		 400 aa  580  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  73.92 
 
 		 400 aa  556  1e-157  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  74.18 
 
 		 400 aa  556  1e-157  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0582  hypothetical protein  68.81 
 
 		 398 aa  546  1e-154  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0535  AcnD-accessory protein PrpF  68.3 
 
 		 398 aa  542  1e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4788  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  70.92 
 
 		 398 aa  539  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.343544  normal  0.0960542 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1115  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  64.04 
 
 		 413 aa  491  9.999999999999999e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.712247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1306  PrpF, AcnD-accessory  64.29 
 
 		 413 aa  489  1e-137  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1200  putative AcnD-accessory protein PrpF  61.45 
 
 		 417 aa  471  1e-132  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  39.43 
 
 		 384 aa  264  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  36.99 
 
 		 378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  36.99 
 
 		 403 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  37.79 
 
 		 382 aa  253  6e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  37.2 
 
 		 386 aa  236  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  35.55 
 
 		 402 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  37.44 
 
 		 363 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.78 
 
 		 370 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  36.15 
 
 		 361 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  35.9 
 
 		 361 aa  210  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  36.92 
 
 		 370 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  35.88 
 
 		 363 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  37.31 
 
 		 386 aa  206  4e-52  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4264  hypothetical protein  36.55 
 
 		 386 aa  207  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.471558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  34.62 
 
 		 360 aa  200  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  35.97 
 
 		 381 aa  197  4.0000000000000005e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2019  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.96 
 
 		 372 aa  196  6e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0653361  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  35.88 
 
 		 395 aa  194  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  34.19 
 
 		 353 aa  193  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3339  protein of unknown function DUF453  34.02 
 
 		 375 aa  192  6e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3805  hypothetical protein  33.25 
 
 		 707 aa  192  9e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.245031  normal  0.613822 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  31.82 
 
 		 394 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  35.62 
 
 		 362 aa  189  9e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  33.33 
 
 		 698 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  35.6 
 
 		 351 aa  186  6e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2818  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.79 
 
 		 352 aa  185  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0174979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4551  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  32.73 
 
 		 684 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3706  hypothetical protein  34.1 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0396378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3889  hypothetical protein  35.03 
 
 		 365 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  34.1 
 
 		 389 aa  184  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>