123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3889 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3889  hypothetical protein  100 
 
 		 365 aa  741    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  58.82 
 
 		 363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  58.38 
 
 		 370 aa  404  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  56.42 
 
 		 362 aa  397  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  57.67 
 
 		 361 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  56.86 
 
 		 360 aa  392  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  55.43 
 
 		 363 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  57.39 
 
 		 361 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  56.82 
 
 		 370 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0878  hypothetical protein  53.89 
 
 		 372 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.393363 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2818  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  55.46 
 
 		 352 aa  371  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0174979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5177  protein of unknown function DUF453  54.32 
 
 		 372 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.841395  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0988  hypothetical protein  54.02 
 
 		 387 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.375128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4025  protein of unknown function DUF453  53.53 
 
 		 367 aa  367  1e-100  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  0.0966594 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3209  hypothetical protein  53.01 
 
 		 369 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4451  hypothetical protein  51.62 
 
 		 388 aa  360  2e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113192 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2873  protein of unknown function DUF453  50.84 
 
 		 350 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0200218  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0796  hypothetical protein  50.84 
 
 		 350 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.872175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2893  hypothetical protein  50.84 
 
 		 350 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.210089 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0873  hypothetical protein  50.84 
 
 		 350 aa  354  1e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0823  hypothetical protein  50.84 
 
 		 350 aa  354  1e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.581704  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0792  hypothetical protein  50.56 
 
 		 350 aa  354  1e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.533425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  51.48 
 
 		 389 aa  353  2e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  52.82 
 
 		 351 aa  353  2.9999999999999997e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3706  hypothetical protein  51.76 
 
 		 382 aa  351  1e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0396378 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2588  hypothetical protein  50.56 
 
 		 350 aa  350  2e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  49.46 
 
 		 395 aa  338  5.9999999999999996e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1574  hypothetical protein  49.3 
 
 		 359 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1269  hypothetical protein  49.58 
 
 		 361 aa  328  6e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3163  hypothetical protein  49.16 
 
 		 359 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2055  hypothetical protein  50.14 
 
 		 359 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3685  hypothetical protein  49.45 
 
 		 370 aa  322  5e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  45.73 
 
 		 353 aa  313  2.9999999999999996e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3577  hypothetical protein  47.86 
 
 		 359 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353102  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3805  hypothetical protein  47.49 
 
 		 707 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.245031  normal  0.613822 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4551  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  46.93 
 
 		 684 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0299  hypothetical protein  46.72 
 
 		 375 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  44.69 
 
 		 394 aa  292  5e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  43.85 
 
 		 698 aa  291  9e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1879  hypothetical protein  39 
 
 		 357 aa  287  2e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  37.07 
 
 		 378 aa  262  8e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  39.47 
 
 		 402 aa  255  7e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  39.58 
 
 		 382 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  38.22 
 
 		 384 aa  218  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4264  hypothetical protein  36.15 
 
 		 386 aa  205  9e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.471558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  35.37 
 
 		 381 aa  199  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  34.92 
 
 		 395 aa  192  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.2 
 
 		 403 aa  189  9e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.42 
 
 		 389 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.59 
 
 		 373 aa  183  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  35.46 
 
 		 398 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6079  AcnD-accessory protein PrpF  36.36 
 
 		 395 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.552209 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  35.53 
 
 		 395 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  35.53 
 
 		 395 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  35.53 
 
 		 396 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  33.42 
 
 		 386 aa  182  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0955  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.35 
 
 		 400 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.11 
 
 		 396 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2300  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.61 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763131  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.37 
 
 		 396 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.19 
 
 		 397 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  35.11 
 
 		 396 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3948  AcnD-accessory protein PrpF  34.59 
 
 		 407 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  35.7 
 
 		 396 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  34.86 
 
 		 396 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  35.37 
 
 		 396 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4024  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.34 
 
 		 407 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4143  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.31 
 
 		 407 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  34.86 
 
 		 396 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.86 
 
 		 396 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.01 
 
 		 410 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  35.2 
 
 		 396 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.03 
 
 		 397 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.76 
 
 		 397 aa  176  6e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  34.45 
 
 		 391 aa  176  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.66 
 
 		 400 aa  176  8e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  36.19 
 
 		 386 aa  175  9.999999999999999e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  35.37 
 
 		 397 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1767  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.44 
 
 		 403 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.03 
 
 		 397 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4050  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.75 
 
 		 407 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2496  AcnD-accessory protein PrpF  34.77 
 
 		 405 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.945381  hitchhiker  0.00398819 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.68 
 
 		 397 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  35.66 
 
 		 400 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1860  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.61 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3025  AcnD-accessory protein PrpF  33.84 
 
 		 392 aa  173  3.9999999999999995e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3586  AcnD-accessory protein PrpF  34.01 
 
 		 398 aa  173  3.9999999999999995e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.716521  normal  0.0110603 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2337  hypothetical protein  35.11 
 
 		 396 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.634826  hitchhiker  0.0000401834 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53980  hypothetical protein  34.26 
 
 		 395 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  36.55 
 
 		 397 aa  171  2e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2602  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.29 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000005222  hitchhiker  0.0000122233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.01 
 
 		 397 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4725  hypothetical protein  33.93 
 
 		 395 aa  170  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1866  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.5 
 
 		 397 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.477941  normal  0.214454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2819  AcnD-accessory protein PrpF  34.84 
 
 		 397 aa  168  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0822115  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2290  hypothetical protein  34.43 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.099053  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  35.03 
 
 		 436 aa  168  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  34.35 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  35.28 
 
 		 396 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3433  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.61 
 
 		 396 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190696  normal  0.395139 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>