122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2337 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6079  AcnD-accessory protein PrpF  82.65 
 
 		 395 aa  647    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.552209 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2337  hypothetical protein  100 
 
 		 396 aa  799    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.634826  hitchhiker  0.0000401834 
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  86.04 
 
 		 396 aa  664    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  83.25 
 
 		 397 aa  647    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2290  hypothetical protein  83.42 
 
 		 396 aa  645    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.099053  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1867  hypothetical protein  85.1 
 
 		 396 aa  665    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  82.65 
 
 		 396 aa  638    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  87.91 
 
 		 397 aa  684    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1739  AcnD-accessory protein PrpF  85.1 
 
 		 396 aa  665    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1767  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  85.86 
 
 		 403 aa  676    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  85.35 
 
 		 396 aa  672    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  83.33 
 
 		 436 aa  654    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  87.15 
 
 		 397 aa  672    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2300  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  83.16 
 
 		 395 aa  652    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763131  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  84.38 
 
 		 397 aa  668    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  85.86 
 
 		 396 aa  678    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  84.54 
 
 		 397 aa  653    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  84.28 
 
 		 397 aa  655    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  84.34 
 
 		 396 aa  666    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  85.86 
 
 		 396 aa  678    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  83.76 
 
 		 397 aa  649    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0876  hypothetical protein  85.1 
 
 		 396 aa  665    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1163  hypothetical protein  85.1 
 
 		 396 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4050  putative AcnD-accessory protein PrpF  80.8 
 
 		 407 aa  636    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0385  AcnD-accessory protein PrpF  85.1 
 
 		 396 aa  665    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  84.85 
 
 		 396 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2140  hypothetical protein  85.1 
 
 		 396 aa  665    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  83.25 
 
 		 397 aa  645    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  78.79 
 
 		 410 aa  654    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3433  putative AcnD-accessory protein PrpF  98.48 
 
 		 396 aa  787    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190696  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  86.8 
 
 		 395 aa  665    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4024  putative AcnD-accessory protein PrpF  80.55 
 
 		 407 aa  637    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  83.38 
 
 		 391 aa  645    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  84.85 
 
 		 396 aa  669    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  86.8 
 
 		 395 aa  665    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  96.72 
 
 		 396 aa  752    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  92.42 
 
 		 396 aa  721    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  85.61 
 
 		 396 aa  677    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  84.09 
 
 		 396 aa  666    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2602  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  82.07 
 
 		 392 aa  632  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000005222  hitchhiker  0.0000122233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4725  hypothetical protein  80.35 
 
 		 395 aa  631  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3948  AcnD-accessory protein PrpF  80.3 
 
 		 407 aa  634  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4143  putative AcnD-accessory protein PrpF  79.85 
 
 		 407 aa  633  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53980  hypothetical protein  79.85 
 
 		 395 aa  625  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3586  AcnD-accessory protein PrpF  80.2 
 
 		 398 aa  627  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.716521  normal  0.0110603 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1663  putative AcnD-accessory protein PrpF  78.28 
 
 		 392 aa  622  1e-177  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02726  probable AcnD-accessory protein PrpF  82.59 
 
 		 386 aa  619  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3025  AcnD-accessory protein PrpF  78.68 
 
 		 392 aa  613  9.999999999999999e-175  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1422  putative AcnD-accessory protein PrpF  77.67 
 
 		 409 aa  608  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1860  putative AcnD-accessory protein PrpF  80.36 
 
 		 389 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1667  PrpF, AcnD-accessory  78.87 
 
 		 398 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.870319  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2496  AcnD-accessory protein PrpF  78.03 
 
 		 405 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.945381  hitchhiker  0.00398819 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3297  hypothetical protein  78.63 
 
 		 396 aa  597  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  75.58 
 
 		 389 aa  595  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2114  putative AcnD-accessory protein PrpF  77.02 
 
 		 405 aa  597  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.343777 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2319  putative AcnD-accessory protein PrpF  76.44 
 
 		 426 aa  591  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2819  AcnD-accessory protein PrpF  76.92 
 
 		 397 aa  587  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0822115  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  72.63 
 
 		 395 aa  590  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1866  putative AcnD-accessory protein PrpF  72.08 
 
 		 397 aa  582  1.0000000000000001e-165  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.477941  normal  0.214454 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0955  putative AcnD-accessory protein PrpF  73.52 
 
 		 400 aa  581  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03373  putative AcnD-accessory protein PrpF  74.94 
 
 		 409 aa  580  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  71.9 
 
 		 398 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  77.97 
 
 		 400 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  78.23 
 
 		 400 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4788  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  74.5 
 
 		 398 aa  570  1e-161  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.343544  normal  0.0960542 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0582  hypothetical protein  71.65 
 
 		 398 aa  562  1.0000000000000001e-159  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0535  AcnD-accessory protein PrpF  70.89 
 
 		 398 aa  558  1e-158  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1115  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  61.88 
 
 		 413 aa  482  1e-135  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.712247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1306  PrpF, AcnD-accessory  60.69 
 
 		 413 aa  478  1e-134  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1200  putative AcnD-accessory protein PrpF  61.89 
 
 		 417 aa  473  1e-132  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  40.84 
 
 		 384 aa  268  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  37.97 
 
 		 378 aa  256  4e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  38.82 
 
 		 403 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  40.05 
 
 		 386 aa  249  6e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  38.3 
 
 		 382 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  34.98 
 
 		 402 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  36.67 
 
 		 363 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  36.46 
 
 		 361 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  36.39 
 
 		 361 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  36.9 
 
 		 370 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  36.48 
 
 		 363 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  36.64 
 
 		 395 aa  198  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  36.92 
 
 		 360 aa  198  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.7 
 
 		 394 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  36.76 
 
 		 386 aa  196  5.000000000000001e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  35.62 
 
 		 389 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3339  protein of unknown function DUF453  37.43 
 
 		 375 aa  192  6e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2019  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.96 
 
 		 372 aa  192  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0653361  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4264  hypothetical protein  35.29 
 
 		 386 aa  192  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.471558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.53 
 
 		 370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4451  hypothetical protein  36.2 
 
 		 388 aa  190  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  35.2 
 
 		 381 aa  189  8e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  35.86 
 
 		 362 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3805  hypothetical protein  33.42 
 
 		 707 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.245031  normal  0.613822 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  33.33 
 
 		 353 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2818  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  38.08 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0174979  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  33.92 
 
 		 698 aa  183  5.0000000000000004e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3889  hypothetical protein  35.11 
 
 		 365 aa  182  6e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  36.13 
 
 		 351 aa  181  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3209  hypothetical protein  34.35 
 
 		 369 aa  180  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>