123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2818 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2818  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  100 
 
 
352 aa  715    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0174979  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  68.19 
 
 
362 aa  488  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  63.9 
 
 
351 aa  459  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  61.78 
 
 
370 aa  425  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  60.86 
 
 
361 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  60.86 
 
 
361 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  60.57 
 
 
370 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  59.43 
 
 
363 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  59.04 
 
 
363 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  60.4 
 
 
360 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3889  hypothetical protein  55.46 
 
 
365 aa  371  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0988  hypothetical protein  54.94 
 
 
387 aa  364  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.375128  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0878  hypothetical protein  53.49 
 
 
372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.393363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5177  protein of unknown function DUF453  52.91 
 
 
372 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.841395  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3706  hypothetical protein  52.1 
 
 
382 aa  352  5.9999999999999994e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0396378 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  52.04 
 
 
389 aa  347  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4451  hypothetical protein  52.94 
 
 
388 aa  345  6e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4025  protein of unknown function DUF453  51.38 
 
 
367 aa  338  9.999999999999999e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  0.0966594 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  52.08 
 
 
395 aa  332  8e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3577  hypothetical protein  49.43 
 
 
359 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353102  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3209  hypothetical protein  49.72 
 
 
369 aa  317  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1269  hypothetical protein  46.88 
 
 
361 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0792  hypothetical protein  45.53 
 
 
350 aa  305  6e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.533425  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2873  protein of unknown function DUF453  45.53 
 
 
350 aa  305  7e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0200218  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0796  hypothetical protein  45.53 
 
 
350 aa  305  7e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.872175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2893  hypothetical protein  45.53 
 
 
350 aa  305  7e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.210089 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0873  hypothetical protein  45.53 
 
 
350 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0823  hypothetical protein  45.24 
 
 
350 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.581704  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2588  hypothetical protein  45.24 
 
 
350 aa  301  8.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  44.35 
 
 
353 aa  298  7e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4551  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  45.01 
 
 
684 aa  297  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3805  hypothetical protein  45.58 
 
 
707 aa  298  1e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.245031  normal  0.613822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1574  hypothetical protein  46.99 
 
 
359 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  45.85 
 
 
698 aa  293  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3163  hypothetical protein  44.38 
 
 
359 aa  285  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2055  hypothetical protein  46.99 
 
 
359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3685  hypothetical protein  46.7 
 
 
370 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1879  hypothetical protein  39.43 
 
 
357 aa  282  5.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0299  hypothetical protein  45.2 
 
 
375 aa  279  6e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  43.42 
 
 
394 aa  275  7e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  40.05 
 
 
402 aa  238  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  39.78 
 
 
382 aa  220  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  35.29 
 
 
378 aa  216  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  38.48 
 
 
384 aa  204  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3586  AcnD-accessory protein PrpF  37.53 
 
 
398 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.716521  normal  0.0110603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4264  hypothetical protein  35.48 
 
 
386 aa  187  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.471558  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  36.39 
 
 
386 aa  186  5e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  35.62 
 
 
386 aa  184  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  33.96 
 
 
381 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03373  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.7 
 
 
409 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  37.6 
 
 
395 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  37.98 
 
 
391 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  37.6 
 
 
395 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  37.96 
 
 
396 aa  179  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  39.02 
 
 
396 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  37.37 
 
 
389 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  38.76 
 
 
396 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  39.02 
 
 
396 aa  177  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2602  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  37.99 
 
 
392 aa  176  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000005222  hitchhiker  0.0000122233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  38.5 
 
 
396 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  38.5 
 
 
396 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02726  probable AcnD-accessory protein PrpF  37.24 
 
 
386 aa  176  8e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  35.77 
 
 
395 aa  176  8e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  37.11 
 
 
396 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  39.06 
 
 
396 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  38.76 
 
 
400 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.41 
 
 
403 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  37.5 
 
 
397 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  38.11 
 
 
400 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.94 
 
 
397 aa  173  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  38.8 
 
 
396 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3339  protein of unknown function DUF453  36.07 
 
 
375 aa  172  5.999999999999999e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1667  PrpF, AcnD-accessory  36.03 
 
 
398 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.870319  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.79 
 
 
397 aa  172  9e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  37.56 
 
 
396 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2337  hypothetical protein  38.08 
 
 
396 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.634826  hitchhiker  0.0000401834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6079  AcnD-accessory protein PrpF  35.49 
 
 
395 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.552209 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2300  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  36.03 
 
 
395 aa  172  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763131  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  37.31 
 
 
436 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.94 
 
 
397 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.29 
 
 
410 aa  171  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.42 
 
 
397 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  38.24 
 
 
397 aa  169  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  34.72 
 
 
398 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1422  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.38 
 
 
409 aa  169  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  35 
 
 
397 aa  169  8e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1867  hypothetical protein  37.7 
 
 
396 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1739  AcnD-accessory protein PrpF  37.7 
 
 
396 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53980  hypothetical protein  35.32 
 
 
395 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0876  hypothetical protein  37.7 
 
 
396 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1163  hypothetical protein  37.7 
 
 
396 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0385  AcnD-accessory protein PrpF  37.7 
 
 
396 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  37.7 
 
 
396 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2140  hypothetical protein  37.7 
 
 
396 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  36.98 
 
 
396 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3433  putative AcnD-accessory protein PrpF  37.56 
 
 
396 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190696  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4725  hypothetical protein  35.32 
 
 
395 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2319  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.64 
 
 
426 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  36.05 
 
 
397 aa  166  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3025  AcnD-accessory protein PrpF  35.42 
 
 
392 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>