122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1115 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_1115  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  100 
 
 		 413 aa  852    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.712247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1306  PrpF, AcnD-accessory  91.53 
 
 		 413 aa  763    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1200  putative AcnD-accessory protein PrpF  84.89 
 
 		 417 aa  703    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1663  putative AcnD-accessory protein PrpF  63.93 
 
 		 392 aa  508  1e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2819  AcnD-accessory protein PrpF  64.65 
 
 		 397 aa  504  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0822115  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  65.02 
 
 		 397 aa  495  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  64.04 
 
 		 397 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  59.8 
 
 		 410 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  64.52 
 
 		 397 aa  488  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  61.48 
 
 		 397 aa  490  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  64.29 
 
 		 397 aa  489  1e-137  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4050  putative AcnD-accessory protein PrpF  63.35 
 
 		 407 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  62.22 
 
 		 389 aa  490  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  60.3 
 
 		 395 aa  488  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1422  putative AcnD-accessory protein PrpF  61.24 
 
 		 409 aa  487  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1860  putative AcnD-accessory protein PrpF  63.98 
 
 		 389 aa  485  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4024  putative AcnD-accessory protein PrpF  63.35 
 
 		 407 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3586  AcnD-accessory protein PrpF  62.16 
 
 		 398 aa  485  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.716521  normal  0.0110603 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2337  hypothetical protein  61.88 
 
 		 396 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.634826  hitchhiker  0.0000401834 
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  62.5 
 
 		 396 aa  483  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1767  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  62.22 
 
 		 403 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  63.25 
 
 		 395 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2602  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  62 
 
 		 392 aa  483  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000005222  hitchhiker  0.0000122233 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3948  AcnD-accessory protein PrpF  63.11 
 
 		 407 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  63.25 
 
 		 395 aa  483  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  60.99 
 
 		 396 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  61.73 
 
 		 397 aa  480  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03373  putative AcnD-accessory protein PrpF  62.19 
 
 		 409 aa  479  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  63.93 
 
 		 397 aa  481  1e-134  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4143  putative AcnD-accessory protein PrpF  62.62 
 
 		 407 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2496  AcnD-accessory protein PrpF  61.6 
 
 		 405 aa  480  1e-134  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.945381  hitchhiker  0.00398819 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3433  putative AcnD-accessory protein PrpF  61.14 
 
 		 396 aa  478  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190696  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  60.84 
 
 		 398 aa  477  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2319  putative AcnD-accessory protein PrpF  60.53 
 
 		 426 aa  476  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  60.49 
 
 		 397 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53980  hypothetical protein  59.8 
 
 		 395 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4725  hypothetical protein  59.8 
 
 		 395 aa  474  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  60.64 
 
 		 396 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  61.63 
 
 		 436 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1667  PrpF, AcnD-accessory  60.34 
 
 		 398 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.870319  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  61.14 
 
 		 396 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0955  putative AcnD-accessory protein PrpF  60.96 
 
 		 400 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2114  putative AcnD-accessory protein PrpF  59.08 
 
 		 405 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.343777 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1867  hypothetical protein  60.89 
 
 		 396 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1739  AcnD-accessory protein PrpF  60.89 
 
 		 396 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1866  putative AcnD-accessory protein PrpF  60.55 
 
 		 397 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.477941  normal  0.214454 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0876  hypothetical protein  60.89 
 
 		 396 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1163  hypothetical protein  60.89 
 
 		 396 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0385  AcnD-accessory protein PrpF  60.89 
 
 		 396 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2140  hypothetical protein  60.89 
 
 		 396 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  61.5 
 
 		 391 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  60.89 
 
 		 396 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2290  hypothetical protein  61.04 
 
 		 396 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.099053  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  60.4 
 
 		 396 aa  464  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  60.64 
 
 		 396 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  60.64 
 
 		 396 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  60.6 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3025  AcnD-accessory protein PrpF  59.75 
 
 		 392 aa  459  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  59.65 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  60.15 
 
 		 396 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  59.9 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2300  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  58.96 
 
 		 395 aa  457  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763131  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6079  AcnD-accessory protein PrpF  59.95 
 
 		 395 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.552209 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3297  hypothetical protein  58.21 
 
 		 396 aa  455  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  59.61 
 
 		 400 aa  455  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  59.85 
 
 		 400 aa  457  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4788  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  58.06 
 
 		 398 aa  444  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.343544  normal  0.0960542 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02726  probable AcnD-accessory protein PrpF  59.34 
 
 		 386 aa  438  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0582  hypothetical protein  56.03 
 
 		 398 aa  434  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0535  AcnD-accessory protein PrpF  55.78 
 
 		 398 aa  433  1e-120  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  36.48 
 
 		 378 aa  248  1e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  37.08 
 
 		 384 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  35.71 
 
 		 382 aa  232  9e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  35.7 
 
 		 386 aa  229  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.5 
 
 		 403 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  37.09 
 
 		 386 aa  199  6e-50  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  35.32 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  32.58 
 
 		 402 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  34.66 
 
 		 363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  33.5 
 
 		 360 aa  183  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1574  hypothetical protein  34.94 
 
 		 359 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2873  protein of unknown function DUF453  34.35 
 
 		 350 aa  179  9e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0200218  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0796  hypothetical protein  34.35 
 
 		 350 aa  179  9e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.872175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2893  hypothetical protein  34.35 
 
 		 350 aa  179  9e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.210089 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0792  hypothetical protein  34.35 
 
 		 350 aa  179  9e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.533425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0873  hypothetical protein  34.35 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  34.01 
 
 		 370 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1269  hypothetical protein  33.76 
 
 		 361 aa  178  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  34.24 
 
 		 395 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0823  hypothetical protein  34.1 
 
 		 350 aa  177  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.581704  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2588  hypothetical protein  34.35 
 
 		 350 aa  177  4e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  33.5 
 
 		 362 aa  175  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3163  hypothetical protein  34.18 
 
 		 359 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3209  hypothetical protein  33.33 
 
 		 369 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  31.92 
 
 		 394 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  31.36 
 
 		 389 aa  173  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4451  hypothetical protein  32.43 
 
 		 388 aa  173  5.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  32.75 
 
 		 361 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  33 
 
 		 361 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  32 
 
 		 381 aa  169  9e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>