122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1667 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1667  PrpF, AcnD-accessory  100 
 
 		 398 aa  813    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.870319  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  80.66 
 
 		 396 aa  627  1e-179  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  79.9 
 
 		 395 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  79.9 
 
 		 395 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2300  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  78.92 
 
 		 395 aa  611  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763131  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2496  AcnD-accessory protein PrpF  77.1 
 
 		 405 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.945381  hitchhiker  0.00398819 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  79.38 
 
 		 396 aa  609  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  79.9 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  79.9 
 
 		 396 aa  610  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  79.9 
 
 		 396 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2319  putative AcnD-accessory protein PrpF  76.05 
 
 		 426 aa  609  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  79.38 
 
 		 396 aa  609  1e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  79.38 
 
 		 396 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  80.15 
 
 		 396 aa  610  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  79.64 
 
 		 396 aa  609  1e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  78.46 
 
 		 397 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  77.95 
 
 		 397 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  78.46 
 
 		 397 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2337  hypothetical protein  78.87 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.634826  hitchhiker  0.0000401834 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1867  hypothetical protein  78.35 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  78.66 
 
 		 397 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1739  AcnD-accessory protein PrpF  78.35 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03373  putative AcnD-accessory protein PrpF  76.94 
 
 		 409 aa  602  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1663  putative AcnD-accessory protein PrpF  75.52 
 
 		 392 aa  601  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0876  hypothetical protein  78.35 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1163  hypothetical protein  78.35 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0385  AcnD-accessory protein PrpF  78.35 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  78.35 
 
 		 396 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2140  hypothetical protein  78.35 
 
 		 396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3433  putative AcnD-accessory protein PrpF  78.61 
 
 		 396 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190696  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6079  AcnD-accessory protein PrpF  77.89 
 
 		 395 aa  599  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.552209 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  77.3 
 
 		 397 aa  598  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  77.38 
 
 		 397 aa  598  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1866  putative AcnD-accessory protein PrpF  75.38 
 
 		 397 aa  599  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.477941  normal  0.214454 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1767  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  76.65 
 
 		 403 aa  595  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  76.26 
 
 		 436 aa  594  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  76.61 
 
 		 397 aa  595  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1860  putative AcnD-accessory protein PrpF  78.18 
 
 		 389 aa  595  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  78.35 
 
 		 396 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  74.35 
 
 		 389 aa  593  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  72.87 
 
 		 410 aa  591  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  78.55 
 
 		 391 aa  593  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  72.8 
 
 		 395 aa  590  1e-167  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  76.41 
 
 		 397 aa  587  1e-166  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2114  putative AcnD-accessory protein PrpF  74.23 
 
 		 405 aa  585  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.343777 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2819  AcnD-accessory protein PrpF  73.86 
 
 		 397 aa  581  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0822115  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  72.28 
 
 		 398 aa  581  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2602  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  77.08 
 
 		 392 aa  582  1.0000000000000001e-165  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000005222  hitchhiker  0.0000122233 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02726  probable AcnD-accessory protein PrpF  76.18 
 
 		 386 aa  584  1.0000000000000001e-165  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3025  AcnD-accessory protein PrpF  74.62 
 
 		 392 aa  580  1e-164  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  75.63 
 
 		 396 aa  580  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3948  AcnD-accessory protein PrpF  75.19 
 
 		 407 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1422  putative AcnD-accessory protein PrpF  75.75 
 
 		 409 aa  579  1e-164  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3297  hypothetical protein  74.87 
 
 		 396 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4050  putative AcnD-accessory protein PrpF  75.19 
 
 		 407 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0955  putative AcnD-accessory protein PrpF  73.18 
 
 		 400 aa  579  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4024  putative AcnD-accessory protein PrpF  74.94 
 
 		 407 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4143  putative AcnD-accessory protein PrpF  74.32 
 
 		 407 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2290  hypothetical protein  75.32 
 
 		 396 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.099053  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53980  hypothetical protein  72.68 
 
 		 395 aa  564  1e-160  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3586  AcnD-accessory protein PrpF  73.13 
 
 		 398 aa  565  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.716521  normal  0.0110603 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4725  hypothetical protein  71.87 
 
 		 395 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0582  hypothetical protein  69.69 
 
 		 398 aa  540  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  71.65 
 
 		 400 aa  536  1e-151  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  71.39 
 
 		 400 aa  535  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0535  AcnD-accessory protein PrpF  69.17 
 
 		 398 aa  537  1e-151  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4788  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  69.31 
 
 		 398 aa  526  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.343544  normal  0.0960542 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1115  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  60.34 
 
 		 413 aa  468  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.712247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1306  PrpF, AcnD-accessory  60.49 
 
 		 413 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1200  putative AcnD-accessory protein PrpF  60.1 
 
 		 417 aa  459  9.999999999999999e-129  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  38.87 
 
 		 378 aa  262  8e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  38 
 
 		 403 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  40.32 
 
 		 384 aa  257  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  36.73 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  36.79 
 
 		 386 aa  229  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  35.1 
 
 		 402 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  36.08 
 
 		 360 aa  202  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  36.27 
 
 		 370 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  36.53 
 
 		 363 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  36.01 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4264  hypothetical protein  34.81 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.471558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  35.64 
 
 		 361 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  34.88 
 
 		 363 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.1 
 
 		 370 aa  187  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  34.02 
 
 		 381 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2019  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  36.26 
 
 		 372 aa  187  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0653361  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.77 
 
 		 394 aa  186  5e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2818  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  36.03 
 
 		 352 aa  185  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0174979  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  35.13 
 
 		 395 aa  184  3e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  34.85 
 
 		 389 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  33.42 
 
 		 698 aa  182  8.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3339  protein of unknown function DUF453  34.56 
 
 		 375 aa  182  1e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  35.23 
 
 		 386 aa  179  9e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  37.47 
 
 		 351 aa  178  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0299  hypothetical protein  34.82 
 
 		 375 aa  176  5e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  33.25 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  32.55 
 
 		 353 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1574  hypothetical protein  34.9 
 
 		 359 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3577  hypothetical protein  33.42 
 
 		 359 aa  169  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353102  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5177  protein of unknown function DUF453  31.87 
 
 		 372 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.841395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>