122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2083 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_53980  hypothetical protein  87.85 
 
 		 395 aa  701    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  100 
 
 		 410 aa  840    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4725  hypothetical protein  87.59 
 
 		 395 aa  702    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  81.11 
 
 		 397 aa  641    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2337  hypothetical protein  78.79 
 
 		 396 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.634826  hitchhiker  0.0000401834 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  79.09 
 
 		 397 aa  631  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  78.79 
 
 		 396 aa  631  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3433  putative AcnD-accessory protein PrpF  78.54 
 
 		 396 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0190696  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  79.04 
 
 		 396 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3297  hypothetical protein  79.8 
 
 		 396 aa  621  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  79.13 
 
 		 395 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  79.13 
 
 		 395 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  76.44 
 
 		 397 aa  614  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  77.27 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  77.27 
 
 		 396 aa  614  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  77.02 
 
 		 396 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  77.84 
 
 		 397 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  77.84 
 
 		 397 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  77.1 
 
 		 396 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  78.35 
 
 		 397 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  76.77 
 
 		 396 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1663  putative AcnD-accessory protein PrpF  74.68 
 
 		 392 aa  607  9.999999999999999e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.237269  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  76.01 
 
 		 396 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3025  AcnD-accessory protein PrpF  78.12 
 
 		 392 aa  607  9.999999999999999e-173  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2290  hypothetical protein  75.63 
 
 		 396 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.099053  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  77.06 
 
 		 397 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6079  AcnD-accessory protein PrpF  76.9 
 
 		 395 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.552209 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1867  hypothetical protein  75.25 
 
 		 396 aa  598  1e-170  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1739  AcnD-accessory protein PrpF  75.25 
 
 		 396 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1767  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  75.76 
 
 		 403 aa  600  1e-170  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2300  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  76.4 
 
 		 395 aa  600  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763131  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  75.51 
 
 		 396 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0876  hypothetical protein  75.25 
 
 		 396 aa  598  1e-170  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1163  hypothetical protein  75.25 
 
 		 396 aa  598  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0385  AcnD-accessory protein PrpF  75.25 
 
 		 396 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  75.51 
 
 		 396 aa  600  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2140  hypothetical protein  75.25 
 
 		 396 aa  598  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  75.76 
 
 		 396 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  76.79 
 
 		 396 aa  592  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2602  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  74.18 
 
 		 392 aa  591  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000005222  hitchhiker  0.0000122233 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  76.35 
 
 		 397 aa  592  1e-168  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  76.98 
 
 		 391 aa  592  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3586  AcnD-accessory protein PrpF  74.3 
 
 		 398 aa  591  1e-168  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.716521  normal  0.0110603 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  74.49 
 
 		 436 aa  590  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4050  putative AcnD-accessory protein PrpF  73.07 
 
 		 407 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4788  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  75.19 
 
 		 398 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.343544  normal  0.0960542 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4024  putative AcnD-accessory protein PrpF  72.82 
 
 		 407 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  71.79 
 
 		 395 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4143  putative AcnD-accessory protein PrpF  72.17 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3948  AcnD-accessory protein PrpF  72.57 
 
 		 407 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  71.76 
 
 		 398 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1422  putative AcnD-accessory protein PrpF  71.89 
 
 		 409 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1860  putative AcnD-accessory protein PrpF  73.91 
 
 		 389 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1667  PrpF, AcnD-accessory  72.87 
 
 		 398 aa  568  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.870319  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02726  probable AcnD-accessory protein PrpF  74.21 
 
 		 386 aa  570  1e-161  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  71.65 
 
 		 389 aa  568  1e-161  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1866  putative AcnD-accessory protein PrpF  71.5 
 
 		 397 aa  566  1e-160  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.477941  normal  0.214454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2819  AcnD-accessory protein PrpF  72.82 
 
 		 397 aa  563  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0822115  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2114  putative AcnD-accessory protein PrpF  71.14 
 
 		 405 aa  556  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.343777 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0955  putative AcnD-accessory protein PrpF  69.43 
 
 		 400 aa  552  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03373  putative AcnD-accessory protein PrpF  69.54 
 
 		 409 aa  551  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2496  AcnD-accessory protein PrpF  70.13 
 
 		 405 aa  553  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.945381  hitchhiker  0.00398819 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  71.65 
 
 		 400 aa  543  1e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  71.65 
 
 		 400 aa  542  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2319  putative AcnD-accessory protein PrpF  69.35 
 
 		 426 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0582  hypothetical protein  66.75 
 
 		 398 aa  527  1e-148  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0535  AcnD-accessory protein PrpF  66.24 
 
 		 398 aa  524  1e-147  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1115  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  59.8 
 
 		 413 aa  476  1e-133  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.712247 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1306  PrpF, AcnD-accessory  60.05 
 
 		 413 aa  476  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1200  putative AcnD-accessory protein PrpF  58.15 
 
 		 417 aa  454  1e-127  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  41.1 
 
 		 384 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  37.63 
 
 		 378 aa  258  2e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  38.36 
 
 		 403 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  38.56 
 
 		 382 aa  243  6e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  37.96 
 
 		 386 aa  242  7e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  35.82 
 
 		 402 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  37.44 
 
 		 386 aa  202  6e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  35.55 
 
 		 363 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  34.35 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  34.37 
 
 		 370 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  34.72 
 
 		 361 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4264  hypothetical protein  35.05 
 
 		 386 aa  196  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.471558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  35.38 
 
 		 363 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.51 
 
 		 394 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  34.52 
 
 		 395 aa  190  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.08 
 
 		 370 aa  190  4e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  34.86 
 
 		 381 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2019  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  36.62 
 
 		 372 aa  189  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0653361  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  34.44 
 
 		 389 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  34.36 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3805  hypothetical protein  32.73 
 
 		 707 aa  184  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.245031  normal  0.613822 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3339  protein of unknown function DUF453  35.06 
 
 		 375 aa  183  4.0000000000000006e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  33.84 
 
 		 698 aa  184  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  32.47 
 
 		 353 aa  177  2e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3889  hypothetical protein  34.01 
 
 		 365 aa  177  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  34.73 
 
 		 351 aa  176  8e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4551  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  32.9 
 
 		 684 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0299  hypothetical protein  34.55 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0988  hypothetical protein  32.91 
 
 		 387 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.375128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0878  hypothetical protein  32.65 
 
 		 372 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.393363 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>