123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3163 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2055  hypothetical protein  90.81 
 
 
359 aa  655    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3685  hypothetical protein  89.97 
 
 
370 aa  651    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1574  hypothetical protein  88.58 
 
 
359 aa  656    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3163  hypothetical protein  100 
 
 
359 aa  729    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1269  hypothetical protein  83.84 
 
 
361 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0873  hypothetical protein  59.94 
 
 
350 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2873  protein of unknown function DUF453  59.66 
 
 
350 aa  426  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0200218  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0823  hypothetical protein  59.66 
 
 
350 aa  425  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.581704  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0796  hypothetical protein  59.66 
 
 
350 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.872175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2893  hypothetical protein  59.66 
 
 
350 aa  426  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.210089 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0792  hypothetical protein  59.66 
 
 
350 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.533425  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2588  hypothetical protein  59.38 
 
 
350 aa  422  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3577  hypothetical protein  58.64 
 
 
359 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353102  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  55.62 
 
 
394 aa  389  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  50.72 
 
 
353 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  54.78 
 
 
698 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3805  hypothetical protein  54.9 
 
 
707 aa  355  6.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.245031  normal  0.613822 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4551  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  54.34 
 
 
684 aa  351  8.999999999999999e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0299  hypothetical protein  53.28 
 
 
375 aa  343  2.9999999999999997e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3889  hypothetical protein  49.16 
 
 
365 aa  326  3e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  49 
 
 
370 aa  322  5e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  49.86 
 
 
363 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0988  hypothetical protein  46 
 
 
387 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.375128  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  45.58 
 
 
362 aa  309  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5177  protein of unknown function DUF453  46.15 
 
 
372 aa  309  5e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.841395  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  48.7 
 
 
370 aa  308  8e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  47.73 
 
 
351 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0878  hypothetical protein  45.14 
 
 
372 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.393363 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  46.86 
 
 
360 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  48.13 
 
 
361 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  46 
 
 
363 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  46.01 
 
 
389 aa  300  3e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  47.84 
 
 
361 aa  299  4e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1879  hypothetical protein  42.17 
 
 
357 aa  296  4e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3209  hypothetical protein  44.94 
 
 
369 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4025  protein of unknown function DUF453  45.56 
 
 
367 aa  291  2e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  0.0966594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4451  hypothetical protein  44.11 
 
 
388 aa  290  3e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2818  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  44.38 
 
 
352 aa  285  7e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0174979  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3706  hypothetical protein  43.25 
 
 
382 aa  279  5e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0396378 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  43.18 
 
 
395 aa  265  1e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  41.27 
 
 
382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  41.11 
 
 
384 aa  228  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  36.8 
 
 
378 aa  223  4.9999999999999996e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  38.92 
 
 
402 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  39.89 
 
 
386 aa  215  9.999999999999999e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  39.2 
 
 
403 aa  212  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  36.19 
 
 
386 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4264  hypothetical protein  38.12 
 
 
386 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.471558  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  35.68 
 
 
381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  37.11 
 
 
396 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.23 
 
 
389 aa  177  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.33 
 
 
373 aa  176  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4143  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.67 
 
 
407 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3948  AcnD-accessory protein PrpF  33.67 
 
 
407 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  35.99 
 
 
396 aa  171  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4024  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.42 
 
 
407 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  33.51 
 
 
395 aa  170  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4050  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.42 
 
 
407 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  35.71 
 
 
400 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.71 
 
 
400 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  34.19 
 
 
395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  34.19 
 
 
395 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  35.05 
 
 
396 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1115  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.18 
 
 
413 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.712247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2290  hypothetical protein  35.31 
 
 
396 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.099053  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  34.54 
 
 
396 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.36 
 
 
397 aa  162  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  34.79 
 
 
396 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.79 
 
 
396 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.59 
 
 
410 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  34.02 
 
 
436 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.51 
 
 
397 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1867  hypothetical protein  34.28 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1739  AcnD-accessory protein PrpF  34.28 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1767  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.08 
 
 
403 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163027  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0876  hypothetical protein  34.28 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1163  hypothetical protein  34.28 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0385  AcnD-accessory protein PrpF  34.28 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2140  hypothetical protein  34.28 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  34.54 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  34.02 
 
 
396 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.02 
 
 
396 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.02 
 
 
396 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  35.22 
 
 
397 aa  160  3e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  32.99 
 
 
398 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.25 
 
 
397 aa  160  4e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.51 
 
 
397 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2319  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.93 
 
 
426 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1422  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.67 
 
 
409 aa  159  5e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  34.28 
 
 
396 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.25 
 
 
397 aa  159  6e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  33.68 
 
 
397 aa  159  8e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0955  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.77 
 
 
400 aa  159  9e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03373  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.07 
 
 
409 aa  158  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.68 
 
 
397 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  34.63 
 
 
391 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  33.76 
 
 
396 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2496  AcnD-accessory protein PrpF  33.42 
 
 
405 aa  156  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.945381  hitchhiker  0.00398819 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1306  PrpF, AcnD-accessory  34.18 
 
 
413 aa  155  7e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2019  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  36.45 
 
 
372 aa  155  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0653361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>