123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2055 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2055  hypothetical protein  100 
 
 		 359 aa  728    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3685  hypothetical protein  99.16 
 
 		 370 aa  724    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1574  hypothetical protein  92.76 
 
 		 359 aa  682    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00346083  normal  0.58422 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3163  hypothetical protein  90.81 
 
 		 359 aa  679    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1269  hypothetical protein  83.57 
 
 		 361 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0873  hypothetical protein  59.38 
 
 		 350 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0792  hypothetical protein  59.09 
 
 		 350 aa  431  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.533425  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2873  protein of unknown function DUF453  59.09 
 
 		 350 aa  431  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0200218  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0823  hypothetical protein  58.81 
 
 		 350 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.581704  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0796  hypothetical protein  59.09 
 
 		 350 aa  431  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.872175  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2893  hypothetical protein  59.09 
 
 		 350 aa  431  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.210089 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2588  hypothetical protein  58.81 
 
 		 350 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3577  hypothetical protein  59.49 
 
 		 359 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353102  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  57.98 
 
 		 394 aa  401  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1912  hypothetical protein  51.58 
 
 		 353 aa  382  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0107057  normal  0.39316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2422  hypothetical protein  55.52 
 
 		 698 aa  376  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0403526 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3805  hypothetical protein  54.19 
 
 		 707 aa  355  6.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.245031  normal  0.613822 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4551  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  54.47 
 
 		 684 aa  354  1e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0299  hypothetical protein  53.56 
 
 		 375 aa  348  1e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3889  hypothetical protein  50.14 
 
 		 365 aa  340  2e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2090  hypothetical protein  52.1 
 
 		 363 aa  334  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0328  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  49.43 
 
 		 370 aa  330  2e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0480492  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03236  FldA  50.56 
 
 		 351 aa  322  6e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0988  hypothetical protein  46.86 
 
 		 387 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.375128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31290  FldA-like protein  49.72 
 
 		 360 aa  315  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2026  hypothetical protein  49.86 
 
 		 370 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3941  hypothetical protein  45.87 
 
 		 362 aa  312  5.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5177  protein of unknown function DUF453  46.29 
 
 		 372 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.841395  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1360  hypothetical protein  46.72 
 
 		 363 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.113609 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0878  hypothetical protein  45.71 
 
 		 372 aa  309  4e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.393363 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2033  hypothetical protein  46.83 
 
 		 389 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2513  hypothetical protein  49.28 
 
 		 361 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3205  hypothetical protein  48.99 
 
 		 361 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1879  hypothetical protein  41.31 
 
 		 357 aa  303  4.0000000000000003e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2818  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  46.99 
 
 		 352 aa  300  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0174979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4451  hypothetical protein  44.38 
 
 		 388 aa  300  2e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3209  hypothetical protein  46.35 
 
 		 369 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3706  hypothetical protein  44.23 
 
 		 382 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0396378 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4025  protein of unknown function DUF453  44.9 
 
 		 367 aa  288  7e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  0.0966594 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3362  protein of unknown function DUF453  43.73 
 
 		 395 aa  267  2e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0497  hypothetical protein  42.22 
 
 		 382 aa  240  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3607  hypothetical protein  40.48 
 
 		 402 aa  229  5e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2156  protein of unknown function DUF453  36.19 
 
 		 378 aa  228  1e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.738715 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1266  hypothetical protein  40.85 
 
 		 384 aa  227  3e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05387  DUF453 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G00360)  41.29 
 
 		 386 aa  226  6e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.328727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1048  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  38.13 
 
 		 403 aa  207  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0956088  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4264  hypothetical protein  38.42 
 
 		 386 aa  202  6e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.471558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4989  hypothetical protein  35.83 
 
 		 386 aa  195  9e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000184976 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4311  protein of unknown function DUF453  35.14 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0163  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  33.61 
 
 		 373 aa  184  3e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02394  hypothetical protein  34.81 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1823  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.94 
 
 		 389 aa  179  7e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.458437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2088  hypothetical protein  36.69 
 
 		 396 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.751396  hitchhiker  0.00406176 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3632  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.38 
 
 		 397 aa  173  5e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4143  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.84 
 
 		 407 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0312  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.7 
 
 		 397 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3948  AcnD-accessory protein PrpF  34.43 
 
 		 407 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3828  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.96 
 
 		 397 aa  171  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4758  AcnD-accessory protein PrpF  35.66 
 
 		 396 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.680432  normal  0.849892 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3972  AcnD-accessory protein PrpF  35.22 
 
 		 395 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.222737 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4050  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.26 
 
 		 407 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3858  AcnD-accessory protein PrpF  35.22 
 
 		 395 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.502527 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0144  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.97 
 
 		 396 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_003296  RS03003  hypothetical protein  36.25 
 
 		 396 aa  169  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5347  PrpF, AcnD-accessory  35.4 
 
 		 396 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5514  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.4 
 
 		 396 aa  169  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1115  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.94 
 
 		 413 aa  168  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.712247 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1584  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.22 
 
 		 397 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00480301  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0291  AcnD-accessory protein PrpF  35.57 
 
 		 396 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.369518  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3647  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.54 
 
 		 397 aa  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4024  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.18 
 
 		 407 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5386  AcnD-accessory protein PrpF  35.46 
 
 		 396 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2081  AcnD-accessory protein PrpF  36.39 
 
 		 400 aa  169  1e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2186  AcnD-accessory protein PrpF  35.31 
 
 		 436 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3290  AcnD-accessory protein PrpF  35.66 
 
 		 396 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0625802 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003391  PrpF protein involved in 2-methylcitrate cycle  34.03 
 
 		 398 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4839  putative AcnD-accessory protein PrpF  35.46 
 
 		 396 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.805886  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1867  hypothetical protein  35.31 
 
 		 396 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1739  AcnD-accessory protein PrpF  35.31 
 
 		 396 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0876  hypothetical protein  35.31 
 
 		 396 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.313438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1163  hypothetical protein  35.31 
 
 		 396 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0385  AcnD-accessory protein PrpF  35.31 
 
 		 396 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.957828  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2140  hypothetical protein  35.31 
 
 		 396 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1778  AcnD-accessory protein PrpF  35.82 
 
 		 396 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.152698  hitchhiker  0.00100052 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0342  hypothetical protein  34.28 
 
 		 397 aa  166  8e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1811  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.22 
 
 		 397 aa  166  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.232112  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2290  hypothetical protein  36.25 
 
 		 396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.099053  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1767  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.62 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.163027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1633  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  36.13 
 
 		 400 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.886467  normal  0.162569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2083  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.11 
 
 		 410 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327922  normal  0.0837253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23250  acnD accessory protein  36.25 
 
 		 397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2300  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  35.29 
 
 		 395 aa  164  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.763131  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2319  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.27 
 
 		 426 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1422  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.18 
 
 		 409 aa  162  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6079  AcnD-accessory protein PrpF  35.04 
 
 		 395 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.552209 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0955  putative AcnD-accessory protein PrpF  34.81 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6709  AcnD-accessory protein PrpF  34.81 
 
 		 391 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1938  AcnD-accessory protein PrpF  34.79 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000190692 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2602  methylitaconate delta2-delta3-isomerase  34.81 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000005222  hitchhiker  0.0000122233 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03373  putative AcnD-accessory protein PrpF  33.33 
 
 		 409 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>