More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2283 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2283  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  100 
 
 		 361 aa  719    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902179 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.62 
 
 		 379 aa  406  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224234  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1670  RND family efflux transporter MFP subunit  43.85 
 
 		 371 aa  321  9.999999999999999e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01120  membrane fusion efflux protein  42.74 
 
 		 373 aa  313  2.9999999999999996e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1666  RND family efflux transporter MFP subunit  41.23 
 
 		 368 aa  266  4e-70  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1440  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.4 
 
 		 374 aa  208  1e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003046  membrane-fusion protein  29.89 
 
 		 377 aa  172  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02838  hypothetical protein  30.77 
 
 		 378 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1169  membrane-fusion protein  29.04 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0146013  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.85 
 
 		 400 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.37 
 
 		 409 aa  97.1  5e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  24.67 
 
 		 390 aa  91.7  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  25.68 
 
 		 394 aa  88.6  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1001  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 424 aa  86.7  6e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336631 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  24.3 
 
 		 390 aa  86.3  7e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.36 
 
 		 432 aa  86.3  7e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  25.95 
 
 		 419 aa  85.9  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  24.3 
 
 		 396 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  24.58 
 
 		 390 aa  84.7  0.000000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 418 aa  84.3  0.000000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  24.36 
 
 		 455 aa  84  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.6 
 
 		 398 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.68 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  23.36 
 
 		 384 aa  82.4  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 414 aa  82.4  0.00000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.62 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4850  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  22.11 
 
 		 377 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.5 
 
 		 419 aa  81.3  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 406 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  25.14 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  25.8 
 
 		 429 aa  80.9  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.06 
 
 		 417 aa  80.5  0.00000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  23.68 
 
 		 401 aa  80.1  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  23.68 
 
 		 401 aa  80.5  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  23.68 
 
 		 401 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000130358  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  25.59 
 
 		 403 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  25.34 
 
 		 356 aa  77.4  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.57 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  23.26 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  23.26 
 
 		 370 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  24.86 
 
 		 408 aa  77  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.19 
 
 		 416 aa  76.6  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  22.97 
 
 		 370 aa  75.9  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 382 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.89 
 
 		 404 aa  73.9  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  26.06 
 
 		 410 aa  73.2  0.000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0764  RND family efflux transporter MFP subunit  23.02 
 
 		 385 aa  73.2  0.000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  24.8 
 
 		 389 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 453 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  22.45 
 
 		 390 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  23.53 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.86 
 
 		 478 aa  71.2  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4294  RND family efflux transporter MFP subunit  22.95 
 
 		 361 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 		 405 aa  70.5  0.00000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.83 
 
 		 415 aa  70.5  0.00000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.08 
 
 		 397 aa  70.1  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  23.47 
 
 		 449 aa  70.1  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  23 
 
 		 371 aa  70.1  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  24.27 
 
 		 417 aa  69.7  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  24.24 
 
 		 385 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  22.08 
 
 		 471 aa  68.9  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  25.08 
 
 		 401 aa  68.9  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  22.38 
 
 		 394 aa  68.9  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 		 453 aa  69.3  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  25.87 
 
 		 376 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 405 aa  68.9  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  22.19 
 
 		 402 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  26.09 
 
 		 371 aa  68.6  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  23 
 
 		 390 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  23.81 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  23.95 
 
 		 353 aa  68.2  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15871  membrane fusion protein  24.55 
 
 		 357 aa  68.6  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 363 aa  68.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  23.12 
 
 		 407 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.94 
 
 		 459 aa  68.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.68 
 
 		 390 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0695  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.14 
 
 		 353 aa  67.8  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  22.26 
 
 		 432 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  22.86 
 
 		 428 aa  67.8  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  22.22 
 
 		 455 aa  67  0.0000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0747  secretion protein HlyD  23.89 
 
 		 357 aa  67.4  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.554021  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  22.02 
 
 		 399 aa  67.4  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  22.68 
 
 		 607 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.08 
 
 		 375 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 		 621 aa  67  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  27.33 
 
 		 465 aa  67  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  23.51 
 
 		 405 aa  66.2  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  23.57 
 
 		 456 aa  66.6  0.0000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  22.81 
 
 		 348 aa  66.2  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 414 aa  66.2  0.0000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  22.49 
 
 		 424 aa  66.2  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.12 
 
 		 372 aa  66.2  0.0000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  22.34 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  23.12 
 
 		 383 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5856  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 425 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.249167  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  22.58 
 
 		 391 aa  65.1  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>