More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4487 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  498  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4487  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  498  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027964 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.46 
 
 
250 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
251 aa  175  5e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.99 
 
 
248 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.164704  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0291  hypothetical protein  37.55 
 
 
232 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
245 aa  141  9e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.831368  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
262 aa  124  1e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.25957  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0259  hypothetical protein  38 
 
 
232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0264  hypothetical protein  36.44 
 
 
232 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
267 aa  116  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
233 aa  116  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.426807 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
254 aa  115  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
251 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.95 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
244 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  0.112412 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11298  short chain dehydrogenase  36.14 
 
 
232 aa  112  6e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1191  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.83 
 
 
255 aa  108  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 
249 aa  108  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1164  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase)  32.77 
 
 
239 aa  107  2e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.115217  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
254 aa  106  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.13 
 
 
247 aa  106  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.71 
 
 
254 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.05 
 
 
253 aa  104  1e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.67 
 
 
247 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4085  short chain dehydrogenase  32.5 
 
 
241 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1914  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  31.93 
 
 
240 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.176962  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
253 aa  103  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.79 
 
 
272 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3610  short chain dehydrogenase  32.5 
 
 
241 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
254 aa  102  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.99 
 
 
258 aa  100  1e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 
259 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.405915 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
250 aa  100  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.45 
 
 
258 aa  100  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0497  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.66 
 
 
245 aa  100  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.41 
 
 
246 aa  100  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.41 
 
 
246 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0571  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.51 
 
 
245 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.653945  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0745  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  29.36 
 
 
245 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.451524  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
247 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
269 aa  100  3e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0458  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.36 
 
 
245 aa  99.8  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
278 aa  99.8  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0665  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  31.37 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.719138  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 
257 aa  99.4  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0463  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.36 
 
 
245 aa  99.8  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.82564  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4043  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.08 
 
 
254 aa  99.4  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2299  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
245 aa  99.4  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
281 aa  99.4  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4285  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.67 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3406  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.67 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 
266 aa  99.4  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.04 
 
 
248 aa  98.6  8e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1091  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  30.42 
 
 
246 aa  98.6  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0983747 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  26.86 
 
 
263 aa  98.2  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  31.65 
 
 
267 aa  97.8  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 
259 aa  98.2  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.303734  normal  0.393919 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0981  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
248 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
252 aa  98.2  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
257 aa  98.2  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
253 aa  97.8  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.844576  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0359  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.42 
 
 
242 aa  97.4  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.87 
 
 
251 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0105  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.93 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3696  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.45 
 
 
242 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.709144 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.15 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0669  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.43 
 
 
247 aa  97.1  2e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.154574  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
250 aa  97.8  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  34.3 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.34 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.34 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
251 aa  97.1  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.96 
 
 
234 aa  97.4  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.221746  normal  0.0212463 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4773  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.45 
 
 
242 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5189  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 
280 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.673008  normal  0.0207924 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
254 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0258116  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0095  putative short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
254 aa  96.7  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.750807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
268 aa  96.7  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
246 aa  96.7  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.8 
 
 
250 aa  96.3  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0642  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.64 
 
 
247 aa  96.3  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000131671  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2760  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.33 
 
 
241 aa  96.3  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
250 aa  95.9  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
254 aa  96.3  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
257 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 
257 aa  95.9  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1569  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 
280 aa  95.5  6e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.241614  normal  0.724417 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
247 aa  95.9  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3595  tropinone reductase  29.63 
 
 
258 aa  95.5  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.855153  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1526  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.49 
 
 
249 aa  95.5  7e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1494  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
255 aa  95.1  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000180405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4581  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.51 
 
 
243 aa  95.5  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.817675  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6193  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  29.2 
 
 
245 aa  95.1  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
246 aa  94.7  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.934127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>