More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1332 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1332  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  510  1e-143  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.2 
 
 
250 aa  369  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
257 aa  185  5e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
253 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1914  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.93 
 
 
240 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.176962  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4285  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.3 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
251 aa  137  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
245 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
253 aa  132  6e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2644  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.439694  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06178  dehydrogenase with different specificities  33.61 
 
 
250 aa  121  9e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0668651  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00988  dehydrogenase with different specificities  33.61 
 
 
250 aa  121  9e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06177  3-oxoacyl- reductase  34.14 
 
 
257 aa  119  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0653597  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00989  3-oxoacyl- reductase  34.14 
 
 
257 aa  119  6e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0095  putative short chain dehydrogenase  34.69 
 
 
254 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.750807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.698744 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.13 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
256 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
249 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.504822  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
260 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
250 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
245 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
249 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0262262 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.98 
 
 
245 aa  106  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1877  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 
263 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
261 aa  106  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3878  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.53 
 
 
252 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 
252 aa  105  9e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
262 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
268 aa  104  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  29.53 
 
 
255 aa  104  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  33.33 
 
 
255 aa  103  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2881  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.53 
 
 
252 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3960  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.53 
 
 
252 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.255789  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.24 
 
 
252 aa  103  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
262 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3456  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.53 
 
 
252 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0629788  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1663  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.53 
 
 
252 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3094  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.53 
 
 
252 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.380527  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0100  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.53 
 
 
273 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 
252 aa  102  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.635702  normal  0.434149 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.92 
 
 
245 aa  102  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0613  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
253 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1150  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.11 
 
 
256 aa  102  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
252 aa  102  8e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
264 aa  101  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
249 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
247 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.466284  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0974  acetoin reductase  31.03 
 
 
253 aa  101  1e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  32.05 
 
 
256 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0145  acetoin reductase  31.76 
 
 
258 aa  101  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000146421  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 
262 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  28.92 
 
 
254 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
249 aa  100  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.85 
 
 
243 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1526  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
249 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
254 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
249 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1196  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 
245 aa  99.8  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.399738  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 
249 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0416  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.39 
 
 
245 aa  100  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
252 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
267 aa  99.8  4e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
250 aa  99.4  5e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
251 aa  99  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2475  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
258 aa  99  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000418459  decreased coverage  0.00157029 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
251 aa  99  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.73 
 
 
245 aa  98.6  8e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
293 aa  98.6  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1339  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  29.25 
 
 
256 aa  98.6  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.643434  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3935  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
253 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0101675 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4070  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  29.25 
 
 
256 aa  98.6  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.100281  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0601  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  29.57 
 
 
256 aa  97.8  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.356019  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.89 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5135  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.47 
 
 
251 aa  97.8  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.971494  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
242 aa  97.8  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1126  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  29.25 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0465054  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3863  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.54 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.385562  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
258 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0634  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
253 aa  98.2  1e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16710  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.35 
 
 
250 aa  97.8  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
244 aa  97.1  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.12 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.71 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4775  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
249 aa  97.1  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
260 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
262 aa  97.4  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_25739  predicted protein  30.27 
 
 
285 aa  97.1  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.257368  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
249 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.459436  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0374  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  29.44 
 
 
244 aa  96.7  3e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.333975  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 
255 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
264 aa  97.1  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.691642  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.47 
 
 
250 aa  96.7  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>