64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4234 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4122  putative transmembrane protein  100 
 
 		 349 aa  705    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0631102 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4234  putative transmembrane protein  100 
 
 		 349 aa  705    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05341  putative transmembrane protein  89.68 
 
 		 343 aa  587  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3302  putative transmembrane protein  67.82 
 
 		 344 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0696411  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3459  hypothetical protein  65.52 
 
 		 340 aa  436  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3752  putative transmembrane protein  59.65 
 
 		 337 aa  416  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4099  putative transmembrane protein  57.91 
 
 		 371 aa  394  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.45419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4740  putative transmembrane protein  57.46 
 
 		 355 aa  391  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3449  band 7 protein  57.34 
 
 		 353 aa  394  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.902329  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4798  band 7 protein  59.94 
 
 		 353 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.309981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4271  putative virion core protein  59.15 
 
 		 356 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5269  band 7 protein  55.56 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0818  putative virion core protein  60.74 
 
 		 350 aa  377  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300884  normal  0.419853 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5395  band 7 protein  60.52 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.29705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3475  putative virion core protein  60.23 
 
 		 346 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833258  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4891  putative virion core protein  60.23 
 
 		 346 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.141045  normal  0.889502 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1369  putative transmembrane protein  63.64 
 
 		 342 aa  367  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.748341  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0246  putative transmembrane protein  54.96 
 
 		 346 aa  349  4e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.678678  normal  0.247964 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2818  hypothetical protein  44.44 
 
 		 363 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1383  band 7 protein  43.35 
 
 		 387 aa  240  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000962072  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4677  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  36.76 
 
 		 317 aa  235  1.0000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.768567  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2274  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  41.43 
 
 		 370 aa  233  5e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2235  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  41.67 
 
 		 369 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0935  antifreeze protein, type I  40.5 
 
 		 369 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0721084  normal  0.297325 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2261  antifreeze protein, type I  41.27 
 
 		 369 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.633229  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1850  hypothetical protein  40.31 
 
 		 369 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.129812  normal  0.0309289 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1999  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  40.78 
 
 		 375 aa  226  3e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0766  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  40.31 
 
 		 368 aa  226  4e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2794  hypothetical protein  38.85 
 
 		 376 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.10969  normal  0.809001 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2948  antifreeze protein, type I  40.54 
 
 		 376 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.147789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1287  DNA binding domain-containing protein  38.03 
 
 		 371 aa  220  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.821529 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6360  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  35.71 
 
 		 315 aa  220  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1136  hypothetical protein  37.37 
 
 		 360 aa  212  7e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1817  hypothetical protein  38.87 
 
 		 396 aa  211  2e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0944379  normal  0.317367 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2448  hypothetical protein  37.3 
 
 		 380 aa  203  4e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1756  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  37.55 
 
 		 388 aa  197  3e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281872  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1083  hypothetical protein  37.92 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0754  hypothetical protein  37.3 
 
 		 353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4058  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  33.23 
 
 		 356 aa  166  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.13522  normal  0.0384767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2246  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  34.41 
 
 		 360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0089947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0645  hypothetical protein  31.29 
 
 		 376 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.319254  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3069  hypothetical protein  31.87 
 
 		 370 aa  143  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120862 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3675  YdjI  25.42 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000194011  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3771  antifreeze protein type I  26.4 
 
 		 433 aa  119  7e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000603754  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3078  YdjI  23 
 
 		 330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1422  antifreeze protein type I  26.67 
 
 		 380 aa  106  5e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000908781  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1307  antifreeze protein type I  24.49 
 
 		 351 aa  99.4  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.833399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0469  hypothetical protein  26.86 
 
 		 406 aa  97.4  4e-19  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.87951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1035  hypothetical protein  29.28 
 
 		 325 aa  84  0.000000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.275565  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1039  zinc finger, RanBP2-type  29 
 
 		 330 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.47274  normal  0.986986 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2535  hypothetical protein  27.27 
 
 		 401 aa  81.3  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.944384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0010  zinc finger, RanBP2-type  28.73 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.431527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0924  band 7 protein  28.36 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0205933 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2022  zinc finger, RanBP2-type  28.25 
 
 		 340 aa  76.3  0.0000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000288507 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2485  hypothetical protein  24.49 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1481  hypothetical protein  25.66 
 
 		 403 aa  62.4  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3171  Putative virion core protein (lumpy skin disease virus)-like protein  22.03 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2106  hypothetical protein  28.27 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0725633 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03651  hypothetical protein  42.19 
 
 		 203 aa  55.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4151  hypothetical protein  23.45 
 
 		 385 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.106355 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1399  hypothetical protein  21.35 
 
 		 291 aa  47  0.0005  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.313372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0654  putative virion core protein  23.4 
 
 		 387 aa  44.7  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.0000256286  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26070  putative virion core protein (lumpy skin disease virus)  34.18 
 
 		 370 aa  42.7  0.008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0476  putative virion core protein  19.93 
 
 		 372 aa  42.7  0.009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000418694  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>