More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2672 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2672  DEAD/DEAH box helicase domain protein  100 
 
 
1770 aa  3658    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.47983 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1954  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.62 
 
 
1695 aa  986    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1423  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.5 
 
 
1723 aa  858    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0352  DEAD/DEAH box helicase-like  41.47 
 
 
1704 aa  1153    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2729  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.93 
 
 
1722 aa  1212    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.631527  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1543  DEAD/DEAH box helicase-like protein  40.71 
 
 
1711 aa  1220    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0274  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.82 
 
 
1754 aa  1190    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.42 
 
 
1743 aa  1716    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.724661  normal  0.480876 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1302  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.62 
 
 
1719 aa  853    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1527  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.42 
 
 
1725 aa  1247    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.46826  normal  0.102614 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4772  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40.89 
 
 
1741 aa  1165    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.232543 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0223  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.03 
 
 
1711 aa  1003    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.229884  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2665  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.26 
 
 
1698 aa  883    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0833  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.5 
 
 
1765 aa  1537    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.888983 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7833  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.86 
 
 
1723 aa  1146    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2590  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.6 
 
 
1672 aa  884    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000259422 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3296  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.99 
 
 
1734 aa  1153    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1711  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.44 
 
 
1764 aa  557  1e-157  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3350  hypothetical protein  30.53 
 
 
1838 aa  286  3.0000000000000004e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.168378  normal  0.500488 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1539  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.08 
 
 
1542 aa  229  5.0000000000000005e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0742  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.09 
 
 
1861 aa  221  7.999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2842  DEAD/DEAH box helicase-like  47.86 
 
 
321 aa  203  3e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.567167 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1404  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  24.83 
 
 
1602 aa  177  1.9999999999999998e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2319  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.05 
 
 
1525 aa  167  2.0000000000000002e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.102202  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0511  helicase  26.84 
 
 
1578 aa  163  3e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.769472  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0806  DEAD/DEAH box helicase-like protein  32.2 
 
 
1543 aa  162  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0821  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.2 
 
 
1543 aa  162  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.301369 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2269  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.76 
 
 
1607 aa  161  1e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0293  DEAD/DEAH box helicase domain protein  25.22 
 
 
1787 aa  159  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1353  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.23 
 
 
2099 aa  154  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1124  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  34.08 
 
 
1561 aa  150  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.416463  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1418  DEAD/DEAH box helicase domain protein  26.42 
 
 
2136 aa  143  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411331  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3741  Protein of unknown function DUF1998  40.09 
 
 
2124 aa  137  1.9999999999999998e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1673  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.39 
 
 
1589 aa  133  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3253  DEAD/DEAH box helicase-like  27.71 
 
 
2093 aa  133  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.224571  normal  0.0428877 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0354  Protein of unknown function DUF1998  27.64 
 
 
2087 aa  130  3e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35200  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  36.05 
 
 
2082 aa  125  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1319  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.56 
 
 
2213 aa  124  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4896  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.81 
 
 
2113 aa  122  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3883  helicase superfamily protein  33.1 
 
 
2113 aa  120  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0319703  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5810  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.59 
 
 
2113 aa  120  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4830  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.59 
 
 
2113 aa  120  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4093  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.33 
 
 
685 aa  117  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.317776  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5422  helicase superfamily protein  30.39 
 
 
2224 aa  117  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.383128 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3086  helicase superfamily protein  34.96 
 
 
2125 aa  112  6e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.652376  hitchhiker  0.00603337 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5807  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.19 
 
 
2104 aa  110  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3886  helicase superfamily protein  33.19 
 
 
2104 aa  110  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4827  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.19 
 
 
2104 aa  110  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1675  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.29 
 
 
2104 aa  108  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2038  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  26.46 
 
 
2120 aa  108  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.104871 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0240  helicase superfamily protein  42.47 
 
 
2097 aa  107  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2494  hypothetical protein  34.7 
 
 
2106 aa  107  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1320  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  31.13 
 
 
815 aa  106  4e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000720865 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1679  helicase superfamily protein  29.06 
 
 
1784 aa  105  9e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0076  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.37 
 
 
962 aa  102  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1953  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.49 
 
 
959 aa  101  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.212606  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4091  helicase domain-containing protein  26.59 
 
 
1422 aa  100  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2843  ATP-dependant helicase  35.82 
 
 
912 aa  99.8  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00245951  normal  0.0337718 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2375  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.53 
 
 
758 aa  96.3  4e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2983  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.56 
 
 
972 aa  95.9  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2198  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.93 
 
 
1198 aa  95.9  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3603  DEAD/DEAH box helicase-like  35.98 
 
 
986 aa  95.5  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0836836  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0484  DEAD/DEAH box helicase-like protein  34.36 
 
 
941 aa  94.4  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0368983  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.54 
 
 
1053 aa  92.8  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.215301  normal  0.377392 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1002  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.61 
 
 
739 aa  92.4  7e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0861  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.58 
 
 
744 aa  92  8e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0588  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  25.4 
 
 
1759 aa  90.9  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1443  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.54 
 
 
803 aa  90.9  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111055  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3683  DEAD/DEAH box helicase-like  28.57 
 
 
905 aa  90.9  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3298  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.67 
 
 
1741 aa  90.5  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38435  predicted protein  32.26 
 
 
758 aa  90.1  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0631  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.33 
 
 
1740 aa  90.1  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0077  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.52 
 
 
1086 aa  89.7  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1910  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.81 
 
 
752 aa  87.8  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.71131  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2218  DEAD/DEAH box helicase domain protein  35.26 
 
 
861 aa  87  0.000000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.344745 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0202  DEAD/H associated domain protein  37.04 
 
 
841 aa  87  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.295608  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0432  DEAD/DEAH box helicase domain protein  33.17 
 
 
759 aa  87  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2251  Protein of unknown function DUF1998  34.15 
 
 
797 aa  86.3  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.216915 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0232  DEAD/H associated domain protein  36.51 
 
 
853 aa  85.9  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2258  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.33 
 
 
897 aa  84.7  0.00000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.22294  normal  0.971461 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26090  helicase family protein with metal-binding cysteine cluster  35.4 
 
 
833 aa  84  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00586248  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0060  DEAD/DEAH box helicase-like  32.8 
 
 
906 aa  84  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0763729  normal  0.477512 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1675  DEAD/DEAH box helicase domain protein  28.82 
 
 
790 aa  84.3  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1438  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.68 
 
 
807 aa  84  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_40984  predicted protein  32.67 
 
 
815 aa  84.3  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.954801  normal  0.413505 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14630  DEAD/DEAH box helicase domain protein  31.1 
 
 
751 aa  84  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000706515  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.84 
 
 
764 aa  84  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0313  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  35.33 
 
 
815 aa  83.2  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.178927 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0012  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  27.41 
 
 
762 aa  83.2  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0793231  hitchhiker  0.00171802 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0153  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  36.81 
 
 
884 aa  82.4  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.178262 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1698  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  29.82 
 
 
973 aa  82.4  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.273362 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10757  DEAD/DEAH box helicase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10820)  31.22 
 
 
1210 aa  82  0.0000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0139643  normal  0.823621 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0816  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  34.76 
 
 
685 aa  81.6  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.710147  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0546  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  30.09 
 
 
740 aa  81.6  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0572  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.24 
 
 
775 aa  81.3  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0080  DEAD/DEAH box helicase domain protein  32.46 
 
 
829 aa  80.5  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.412671 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2453  DEAD/H associated domain protein  34.97 
 
 
1668 aa  80.5  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2271  DEAD/DEAH box helicase domain protein  34.76 
 
 
789 aa  80.1  0.0000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1732  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  33.67 
 
 
768 aa  80.5  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.199645  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1457  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  32.9 
 
 
744 aa  79.7  0.0000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.507421  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>