More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4381 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 557 aa  1098    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  50.19 
 
 		 561 aa  401  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  41.31 
 
 		 524 aa  318  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  40.7 
 
 		 559 aa  310  5e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  39.81 
 
 		 563 aa  293  7e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 		 565 aa  288  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  39.38 
 
 		 562 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  38.05 
 
 		 454 aa  280  6e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  37.46 
 
 		 557 aa  277  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  37.46 
 
 		 557 aa  277  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  39.02 
 
 		 454 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  37.61 
 
 		 568 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  39.81 
 
 		 454 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  39.81 
 
 		 454 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  38.79 
 
 		 454 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  38.79 
 
 		 454 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  39.81 
 
 		 454 aa  274  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  38.55 
 
 		 454 aa  273  6e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  39.56 
 
 		 454 aa  273  8.000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  38.55 
 
 		 454 aa  272  1e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  40 
 
 		 459 aa  270  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  37.26 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  38.93 
 
 		 455 aa  268  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  41.57 
 
 		 615 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  38.23 
 
 		 453 aa  264  3e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  37.9 
 
 		 563 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  37.14 
 
 		 459 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  40.57 
 
 		 591 aa  258  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  37.35 
 
 		 466 aa  256  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  38.42 
 
 		 551 aa  248  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 563 aa  244  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 563 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  34.37 
 
 		 457 aa  223  7e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  36.03 
 
 		 457 aa  194  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  33.25 
 
 		 453 aa  187  5e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 451 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  30.96 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  27.51 
 
 		 518 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  25.05 
 
 		 518 aa  134  6e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  28.05 
 
 		 448 aa  128  3e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  29.49 
 
 		 609 aa  125  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  29.98 
 
 		 609 aa  124  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  28.78 
 
 		 580 aa  120  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 593 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  29.28 
 
 		 584 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  28.52 
 
 		 590 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  28.52 
 
 		 590 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  27.91 
 
 		 570 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  27.79 
 
 		 448 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.42 
 
 		 565 aa  110  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.17 
 
 		 565 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  30.1 
 
 		 569 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  27.51 
 
 		 453 aa  99.4  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  32.11 
 
 		 501 aa  99.4  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  32.49 
 
 		 443 aa  98.2  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  31.29 
 
 		 450 aa  98.2  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  30.98 
 
 		 435 aa  97.4  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  27.13 
 
 		 393 aa  91.7  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  29.08 
 
 		 458 aa  89.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3892  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  35.9 
 
 		 128 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004068  (3R)-hydroxymyristoyl-[acyl carrier protein] dehydratase  35.71 
 
 		 122 aa  75.1  0.000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0894  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  39.6 
 
 		 114 aa  75.1  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.392479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  28.05 
 
 		 466 aa  74.3  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0348  thioester dehydrase family protein  34.17 
 
 		 130 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  27.3 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 446 aa  73.9  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  28.87 
 
 		 403 aa  73.6  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3731  amino acid adenylation domain-containing protein  29.65 
 
 		 1130 aa  72.4  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0201667  normal  0.167868 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  27.07 
 
 		 515 aa  70.5  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0346  thioester dehydrase family protein  34.48 
 
 		 124 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3680  thioester dehydrase family protein  34.48 
 
 		 124 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  26.59 
 
 		 518 aa  69.7  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0337  thioester dehydrase family protein  34.48 
 
 		 124 aa  70.1  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0336  thioester dehydrase family protein  38.3 
 
 		 134 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0338  thioester dehydrase family protein  38.3 
 
 		 134 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2266  amino acid adenylation  27.04 
 
 		 1369 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0346  thioester dehydrase family protein  38.3 
 
 		 134 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00369788 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0343  thioester dehydrase family protein  38.3 
 
 		 134 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3383  thioester dehydrase family protein  34.45 
 
 		 120 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4573  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  37.8 
 
 		 129 aa  68.2  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  26.39 
 
 		 498 aa  67.8  0.0000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.292337 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0103  4-coumarate--CoA ligase  30.24 
 
 		 367 aa  67.8  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1823  acetyl-CoA synthetase  21.07 
 
 		 568 aa  67.4  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000207861  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4753  amino acid adenylation domain-containing protein  27.05 
 
 		 6176 aa  67.4  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.86552 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1788  acetyl-CoA synthetase  21.07 
 
 		 568 aa  67.4  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.373968  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4600  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  32.76 
 
 		 125 aa  67  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141318 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6735  AMP-dependent synthetase and ligase  25.28 
 
 		 503 aa  67  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0442  thioester dehydrase family protein  38.3 
 
 		 137 aa  66.6  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  28.22 
 
 		 504 aa  65.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1793  amino acid adenylation  25.79 
 
 		 1370 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0250793 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0216  benzoate-CoA ligase family  24.66 
 
 		 532 aa  65.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  26.95 
 
 		 501 aa  65.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3655  benzoate-CoA ligase family  25.33 
 
 		 531 aa  66.2  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4372  thioester dehydrase family protein  31.9 
 
 		 124 aa  65.5  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0083  AMP-dependent synthetase and ligase  22.92 
 
 		 525 aa  65.1  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0321  thioester dehydrase family protein  36.73 
 
 		 125 aa  65.1  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116692 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  22.84 
 
 		 544 aa  65.1  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  23.56 
 
 		 552 aa  65.1  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4723  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.86 
 
 		 370 aa  65.1  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4805  putative (3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase  36.79 
 
 		 117 aa  65.1  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>