More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B3932 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 570 aa  1127    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  58.47 
 
 		 565 aa  616  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  59 
 
 		 565 aa  617  1e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  55.48 
 
 		 590 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  55.48 
 
 		 590 aa  590  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  56.77 
 
 		 584 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  57.12 
 
 		 580 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  55.98 
 
 		 609 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  55.81 
 
 		 609 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  51.74 
 
 		 453 aa  438  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  43.15 
 
 		 593 aa  407  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  53.38 
 
 		 443 aa  398  1e-109  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  48.52 
 
 		 458 aa  388  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  40.57 
 
 		 569 aa  351  2e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  42.27 
 
 		 448 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  46.98 
 
 		 466 aa  324  2e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 		 446 aa  299  8e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  41.1 
 
 		 450 aa  297  3e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  40.77 
 
 		 435 aa  292  1e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  42.11 
 
 		 501 aa  288  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  29.33 
 
 		 565 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 568 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 562 aa  126  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  30.24 
 
 		 457 aa  123  9e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 615 aa  121  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 		 557 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 		 557 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  25.85 
 
 		 466 aa  118  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  27.81 
 
 		 563 aa  117  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 		 551 aa  113  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  27.91 
 
 		 557 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  24.4 
 
 		 448 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 		 561 aa  111  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 		 451 aa  110  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  28.31 
 
 		 591 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  26.07 
 
 		 457 aa  107  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  29.64 
 
 		 459 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  28.19 
 
 		 454 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  27.98 
 
 		 454 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  28.07 
 
 		 454 aa  102  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  28.07 
 
 		 454 aa  101  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  28.22 
 
 		 454 aa  100  6e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  27.82 
 
 		 454 aa  100  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  27.82 
 
 		 454 aa  100  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  27.98 
 
 		 454 aa  99.8  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  24.36 
 
 		 518 aa  99  2e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  27.02 
 
 		 524 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 		 559 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  27.74 
 
 		 454 aa  97.8  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  27.39 
 
 		 453 aa  97.1  9e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  26.24 
 
 		 563 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 453 aa  95.5  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 		 563 aa  94  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 		 563 aa  92.8  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  26.16 
 
 		 454 aa  91.7  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  28.31 
 
 		 459 aa  90.5  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  26.25 
 
 		 393 aa  89.7  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4174  hypothetical protein  51.06 
 
 		 99 aa  88.2  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  27.2 
 
 		 455 aa  87.8  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  26.73 
 
 		 518 aa  87  8e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  25.68 
 
 		 454 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  27.88 
 
 		 427 aa  83.6  0.000000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  24.81 
 
 		 512 aa  77  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3298  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase, FabA/FabZ  43.14 
 
 		 109 aa  75.1  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.609016 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  21.99 
 
 		 474 aa  72  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0133  AMP-dependent synthetase and ligase  23.04 
 
 		 494 aa  72  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  25.95 
 
 		 506 aa  70.5  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1890  putative acid-CoA ligase  25.8 
 
 		 515 aa  70.9  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.367051  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4220  non-ribosomal peptide synthetase  26.13 
 
 		 2628 aa  70.5  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.663079 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  27.01 
 
 		 524 aa  69.7  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1101  malonyl-CoA synthase  27.01 
 
 		 530 aa  70.1  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2747  hypothetical protein  48.24 
 
 		 105 aa  69.7  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.168123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7294  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 		 498 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555041  normal  0.661427 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  24.59 
 
 		 514 aa  68.2  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4723  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  25.74 
 
 		 370 aa  68.2  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.19 
 
 		 564 aa  67.8  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2227  AMP-dependent synthetase and ligase  26.94 
 
 		 564 aa  67.8  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.08014  normal  0.204171 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  30.16 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4589  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.62 
 
 		 538 aa  67  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.335072  normal  0.27889 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3988  hypothetical protein  42.7 
 
 		 100 aa  66.6  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2797  malonyl-CoA synthase  25.47 
 
 		 518 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.676577 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  23.2 
 
 		 495 aa  66.2  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.215812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.6 
 
 		 513 aa  65.1  0.000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.4 
 
 		 510 aa  65.5  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2704  AMP-dependent synthetase and ligase  30.32 
 
 		 466 aa  65.1  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.431608 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  24.48 
 
 		 506 aa  64.7  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2702  AMP-dependent synthetase and ligase  27.51 
 
 		 521 aa  64.3  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0520634  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  25.67 
 
 		 561 aa  64.3  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  23.12 
 
 		 522 aa  63.9  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.69 
 
 		 486 aa  63.9  0.000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.97 
 
 		 512 aa  63.5  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  26.88 
 
 		 521 aa  63.5  0.000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  23.58 
 
 		 547 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC03230  long-chain acyl-CoA synthetase, putative  25.57 
 
 		 536 aa  62.8  0.00000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.295256  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4775  AMP-dependent synthetase and ligase  27.25 
 
 		 468 aa  63.2  0.00000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0035  AMP-dependent synthetase and ligase  23.33 
 
 		 571 aa  62.4  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.284742  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  25.73 
 
 		 500 aa  61.6  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  25.41 
 
 		 495 aa  62  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1273  AMP-dependent synthetase and ligase  28.45 
 
 		 472 aa  62  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3996  AMP-dependent synthetase and ligase  25.57 
 
 		 523 aa  62  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.414143  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>