More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1491 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 551 aa  1098    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  39.67 
 
 		 557 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  39.67 
 
 		 557 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  37.2 
 
 		 562 aa  282  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  38.83 
 
 		 563 aa  282  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 		 568 aa  280  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  41.58 
 
 		 459 aa  278  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  37.25 
 
 		 524 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  41.47 
 
 		 615 aa  272  9e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  40.31 
 
 		 454 aa  272  1e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  40.31 
 
 		 454 aa  272  1e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  37.98 
 
 		 563 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  36.91 
 
 		 459 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  39.42 
 
 		 454 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  39.17 
 
 		 454 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  39.61 
 
 		 454 aa  270  5e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  36.91 
 
 		 559 aa  269  8e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  39.42 
 
 		 454 aa  269  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  39.17 
 
 		 454 aa  269  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  38.93 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  40.31 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  35.06 
 
 		 563 aa  265  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  38.33 
 
 		 453 aa  265  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  38.92 
 
 		 557 aa  265  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  38.25 
 
 		 454 aa  262  1e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 563 aa  259  9e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  37.21 
 
 		 561 aa  258  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  35.76 
 
 		 455 aa  258  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  38.12 
 
 		 454 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  35.43 
 
 		 466 aa  252  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  36.75 
 
 		 591 aa  233  6e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 		 565 aa  233  6e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  35.84 
 
 		 457 aa  218  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  35.01 
 
 		 457 aa  207  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 451 aa  206  7e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  33.03 
 
 		 453 aa  176  7e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  27.86 
 
 		 448 aa  172  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  28.44 
 
 		 518 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  27.68 
 
 		 518 aa  152  1e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  32.59 
 
 		 427 aa  146  8.000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  28.41 
 
 		 584 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  28.81 
 
 		 609 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.87 
 
 		 565 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  28.41 
 
 		 609 aa  134  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.47 
 
 		 565 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 		 570 aa  131  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  28.21 
 
 		 590 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  28.21 
 
 		 590 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  27.32 
 
 		 593 aa  121  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  28.54 
 
 		 580 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  29.48 
 
 		 450 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  29.26 
 
 		 435 aa  117  5e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  32.76 
 
 		 443 aa  114  3e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  28 
 
 		 448 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  30.1 
 
 		 453 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  27.42 
 
 		 458 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  27.83 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.75 
 
 		 569 aa  102  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  30.42 
 
 		 501 aa  100  6e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 		 446 aa  94  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  27.15 
 
 		 526 aa  79.7  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  28.85 
 
 		 466 aa  79.3  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  28.82 
 
 		 798 aa  77  0.0000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  22.9 
 
 		 474 aa  76.6  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2279  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 		 543 aa  75.5  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  26.92 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  25.73 
 
 		 495 aa  75.1  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.215812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  26.58 
 
 		 403 aa  73.2  0.00000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  26.78 
 
 		 516 aa  72  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.493371 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3250  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 		 462 aa  72  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6637  benzoate-coenzyme A ligase  26.82 
 
 		 533 aa  70.9  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.07018 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2184  AMP-dependent synthetase and ligase  25.61 
 
 		 493 aa  71.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.944129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3566  malonyl-CoA synthase  26.93 
 
 		 503 aa  70.1  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.676985  normal  0.895128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4680  coronafacic acid synthetase, ligase component  24.65 
 
 		 509 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.128923  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2753  acetyl-coenzyme A synthetase  27.07 
 
 		 541 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.522899  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  26.42 
 
 		 490 aa  68.9  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3892  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  35.85 
 
 		 128 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1041  malonyl-CoA synthase  26.67 
 
 		 501 aa  68.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1748  acetate/CoA ligase  29.94 
 
 		 682 aa  68.2  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.131067  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  25.93 
 
 		 492 aa  68.2  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2940  acyl-CoA synthetase  27.1 
 
 		 469 aa  67.8  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000118125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2948  benzoate-CoA ligase family  25.4 
 
 		 527 aa  67.8  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178077  normal  0.340429 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2230  coenzyme A synthetase-like protein  25.07 
 
 		 535 aa  67.4  0.0000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1025  benzoate-CoA ligase family  26.36 
 
 		 524 aa  67.4  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0089  benzoate-CoA ligase family  26.41 
 
 		 515 aa  67.4  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  25.65 
 
 		 503 aa  67.4  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  23.43 
 
 		 519 aa  67.4  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3958  AMP-dependent synthetase and ligase  24.29 
 
 		 707 aa  67.4  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0697  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 		 506 aa  67  0.0000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000262874  decreased coverage  0.0000717801 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  24.86 
 
 		 509 aa  67  0.0000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2136  AMP-dependent synthetase and ligase  25.54 
 
 		 493 aa  67  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  25.6 
 
 		 507 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2702  malonyl-CoA synthase  26.38 
 
 		 501 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0670195 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17150  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.46 
 
 		 828 aa  66.6  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.488876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3491  acyl-CoA synthetase  25.89 
 
 		 467 aa  66.6  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3099  AMP-dependent synthetase and ligase  25.07 
 
 		 513 aa  66.6  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000841335 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1509  acetyl-coenzyme A synthetase  28.06 
 
 		 555 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.611762  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  24.52 
 
 		 557 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0894  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  34.58 
 
 		 114 aa  65.5  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.392479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2364  AMP-dependent synthetase and ligase  26.79 
 
 		 497 aa  65.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472982  normal  0.0410842 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>