More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3514 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  68.72 
 
 		 454 aa  642    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  73.13 
 
 		 459 aa  687    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  68.06 
 
 		 454 aa  640    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  70.93 
 
 		 454 aa  668    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  68.28 
 
 		 454 aa  643    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  68.28 
 
 		 454 aa  644    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  70.93 
 
 		 454 aa  687    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  69.16 
 
 		 454 aa  648    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  69.16 
 
 		 454 aa  648    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  100 
 
 		 453 aa  924    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  67.25 
 
 		 455 aa  634    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  68.28 
 
 		 454 aa  642    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  68.94 
 
 		 454 aa  644    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  68.5 
 
 		 454 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  68.13 
 
 		 459 aa  627  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  42.31 
 
 		 568 aa  290  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  41.93 
 
 		 562 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  40.09 
 
 		 557 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  40.09 
 
 		 557 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  38.58 
 
 		 466 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  38.11 
 
 		 457 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  37.3 
 
 		 563 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  38.23 
 
 		 557 aa  264  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 		 615 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  44.44 
 
 		 551 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  40.98 
 
 		 559 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  40.92 
 
 		 524 aa  250  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  38.82 
 
 		 457 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 		 563 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  40.26 
 
 		 563 aa  237  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 		 563 aa  237  3e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  39.33 
 
 		 561 aa  225  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  33.48 
 
 		 451 aa  216  9e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 		 453 aa  201  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 565 aa  201  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  35.35 
 
 		 591 aa  190  4e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  35.22 
 
 		 427 aa  178  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  30.91 
 
 		 448 aa  145  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  28.54 
 
 		 448 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  29.5 
 
 		 518 aa  114  5e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  29.84 
 
 		 518 aa  108  1e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  29.52 
 
 		 450 aa  102  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  28.14 
 
 		 435 aa  99  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  27.61 
 
 		 590 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  27.61 
 
 		 590 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  27.39 
 
 		 570 aa  97.1  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.66 
 
 		 565 aa  95.9  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  27.44 
 
 		 580 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  28.29 
 
 		 584 aa  92  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  29.8 
 
 		 393 aa  91.7  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  26.99 
 
 		 609 aa  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.29 
 
 		 565 aa  88.2  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  27.1 
 
 		 609 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  25.76 
 
 		 593 aa  85.5  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  25.84 
 
 		 453 aa  85.5  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  28.75 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  28.02 
 
 		 466 aa  78.6  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  26.25 
 
 		 569 aa  75.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  27 
 
 		 446 aa  73.9  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4723  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.88 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  23.94 
 
 		 541 aa  73.2  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  26.44 
 
 		 501 aa  72.4  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  26.1 
 
 		 458 aa  71.2  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2789  AMP-dependent synthetase and ligase  29.8 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  23.84 
 
 		 517 aa  65.9  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  23.39 
 
 		 518 aa  64.7  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  26.09 
 
 		 394 aa  61.6  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1133  hypothetical protein  20.69 
 
 		 485 aa  61.2  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2126  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  22.42 
 
 		 547 aa  61.6  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.191102  decreased coverage  0.00946818 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36010  acetyl-CoA synthetase  21.86 
 
 		 663 aa  61.6  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.107334 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4933  AMP-dependent synthetase and ligase  22.78 
 
 		 499 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0506811  normal  0.147252 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1286  acetate/CoA ligase  21.87 
 
 		 658 aa  61.2  0.00000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  hitchhiker  0.00108265  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2003  acetate--CoA ligase  24.57 
 
 		 650 aa  61.2  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807811  hitchhiker  0.00673553 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1273  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 		 472 aa  60.1  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0144  AMP-dependent synthetase and ligase  23.23 
 
 		 504 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.846465  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  23.56 
 
 		 509 aa  60.1  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4118  acetate/CoA ligase  23.1 
 
 		 652 aa  59.3  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1188  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  23.18 
 
 		 547 aa  59.7  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4775  AMP-dependent synthetase and ligase  24.03 
 
 		 468 aa  59.3  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1765  AMP-dependent synthetase and ligase  23.27 
 
 		 514 aa  58.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.459624  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3198  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.93 
 
 		 543 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.102582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.93 
 
 		 543 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.894285  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3248  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.93 
 
 		 543 aa  58.9  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4558  AMP-dependent synthetase and ligase  23.05 
 
 		 511 aa  58.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0126  AMP-dependent synthetase and ligase  23.23 
 
 		 504 aa  58.2  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1128  hypothetical protein  19.57 
 
 		 485 aa  57.8  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3935  acetate--CoA ligase  23.78 
 
 		 650 aa  57.8  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.82655  normal  0.289959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4133  AMP-dependent synthetase and ligase  25.35 
 
 		 497 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  22.09 
 
 		 552 aa  57.8  0.0000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2364  AMP-dependent synthetase and ligase  23.43 
 
 		 497 aa  57.4  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472982  normal  0.0410842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1518  propionyl-CoA synthetase  22.58 
 
 		 632 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1847  amino acid adenylation  23.04 
 
 		 1070 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3802  AMP-dependent synthetase and ligase  24.45 
 
 		 545 aa  57  0.0000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1588  acetate/CoA ligase  22.64 
 
 		 651 aa  56.6  0.0000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0074911 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  26.45 
 
 		 512 aa  56.6  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  23.94 
 
 		 507 aa  56.6  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2717  AMP-dependent synthetase and ligase  23.68 
 
 		 544 aa  55.8  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8848  AMP-dependent synthetase and ligase  22.89 
 
 		 541 aa  56.6  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2110  AMP-dependent synthetase and ligase  21.27 
 
 		 549 aa  55.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.333319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0270  acetyl-CoA synthetase  22.68 
 
 		 667 aa  55.8  0.000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>