More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3077 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 512 aa  1048    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.120575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2967  AMP-dependent synthetase and ligase  61.75 
 
 		 502 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.360291  normal  0.639003 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1153  AMP-dependent synthetase and ligase  49.3 
 
 		 535 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1255  AMP-dependent synthetase and ligase  49.5 
 
 		 506 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2354  putative acetyl-CoA synthetase  46.65 
 
 		 511 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.804997 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5819  AMP-dependent synthetase and ligase  47.69 
 
 		 507 aa  404  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.28201  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2517  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.97 
 
 		 513 aa  375  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.94794  normal  0.130311 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 508 aa  248  1e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 518 aa  239  8e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.79 
 
 		 515 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 511 aa  232  1e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 508 aa  227  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 518 aa  227  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 516 aa  226  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 521 aa  224  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 511 aa  222  1.9999999999999999e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3333  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 519 aa  221  3e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 520 aa  219  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  30.06 
 
 		 490 aa  218  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 521 aa  218  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 525 aa  217  4e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 		 520 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  31.03 
 
 		 504 aa  214  3.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 		 512 aa  213  7.999999999999999e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 		 499 aa  213  9e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1789  acyl-CoA synthetase  30.32 
 
 		 496 aa  212  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0554946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1928  acyl-CoA synthetase  30.32 
 
 		 496 aa  212  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.132163  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  30.52 
 
 		 496 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1746  acyl-CoA synthetase  29.88 
 
 		 496 aa  210  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 		 495 aa  209  1e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 		 520 aa  208  1e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 539 aa  209  1e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 506 aa  207  3e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 		 515 aa  207  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 510 aa  207  3e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.64 
 
 		 518 aa  207  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 		 506 aa  207  5e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 525 aa  205  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.08 
 
 		 503 aa  204  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 583 aa  204  4e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3917  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 		 521 aa  202  9.999999999999999e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.287192  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0518  malonyl-CoA synthase  32.16 
 
 		 509 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6285  AMP-dependent synthetase and ligase  30.95 
 
 		 506 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.586819  normal  0.531753 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.01 
 
 		 513 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 519 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  30.16 
 
 		 513 aa  199  7e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 662 aa  199  7e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  30.2 
 
 		 1043 aa  199  7.999999999999999e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 522 aa  199  9e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  30.22 
 
 		 526 aa  199  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 506 aa  199  1.0000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.31 
 
 		 514 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 		 500 aa  198  2.0000000000000003e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  31.28 
 
 		 514 aa  197  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.01 
 
 		 510 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.81 
 
 		 510 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.01 
 
 		 510 aa  197  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.9 
 
 		 510 aa  196  6e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 518 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.81 
 
 		 510 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  28.97 
 
 		 514 aa  196  8.000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.81 
 
 		 510 aa  196  1e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.81 
 
 		 510 aa  196  1e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  30.89 
 
 		 505 aa  196  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 553 aa  196  1e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.61 
 
 		 510 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 		 561 aa  195  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  27.26 
 
 		 551 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  32.85 
 
 		 507 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  30.25 
 
 		 504 aa  195  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  28.63 
 
 		 511 aa  194  2e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1405  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 514 aa  195  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  29.58 
 
 		 507 aa  195  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.01 
 
 		 510 aa  195  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.61 
 
 		 510 aa  194  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  29.32 
 
 		 492 aa  194  3e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  30.08 
 
 		 510 aa  194  3e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  29.77 
 
 		 504 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.01 
 
 		 563 aa  194  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6034  malonyl-CoA synthase  32.08 
 
 		 507 aa  193  5e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224104  normal  0.165563 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.81 
 
 		 563 aa  193  7e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 500 aa  192  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.01 
 
 		 561 aa  192  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 518 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3808  AMP-dependent synthetase and ligase  29.21 
 
 		 508 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.762435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  28.77 
 
 		 518 aa  192  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  30.43 
 
 		 527 aa  192  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.01 
 
 		 561 aa  192  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  29.77 
 
 		 504 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 502 aa  191  2e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.15 
 
 		 561 aa  191  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.35 
 
 		 582 aa  191  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.61 
 
 		 561 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.76 
 
 		 563 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2229  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 		 513 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0776358  hitchhiker  0.000000170623 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.76 
 
 		 563 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.76 
 
 		 582 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  31.13 
 
 		 510 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.11 
 
 		 517 aa  191  4e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.11 
 
 		 517 aa  191  4e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>