More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_03741 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  100 
 
 
501 aa  990    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  64.91 
 
 
450 aa  565  1e-160  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  63.97 
 
 
435 aa  553  1e-156  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  47.13 
 
 
446 aa  325  1e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  46.03 
 
 
580 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  45.96 
 
 
443 aa  322  9.999999999999999e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  43.07 
 
 
590 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  43.07 
 
 
590 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  44.13 
 
 
565 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  43.91 
 
 
565 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  41.54 
 
 
609 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  41.36 
 
 
609 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  42.36 
 
 
584 aa  302  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  44.27 
 
 
458 aa  300  3e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  42.11 
 
 
570 aa  300  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  40.18 
 
 
448 aa  291  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  41.98 
 
 
453 aa  289  7e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  42.39 
 
 
466 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  39.03 
 
 
593 aa  271  2e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  41.28 
 
 
569 aa  267  4e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  28.6 
 
 
453 aa  133  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  27.76 
 
 
457 aa  129  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  29.41 
 
 
457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  27.62 
 
 
466 aa  129  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  28.61 
 
 
451 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  28.96 
 
 
565 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  24.51 
 
 
448 aa  120  7e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 
557 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 
557 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 
562 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 
568 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 
557 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  27.89 
 
 
459 aa  108  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  28.08 
 
 
563 aa  107  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  30.42 
 
 
551 aa  103  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 
561 aa  103  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  29.35 
 
 
591 aa  100  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 
615 aa  99.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  26.26 
 
 
454 aa  96.3  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  25.11 
 
 
454 aa  94  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  26.36 
 
 
455 aa  91.3  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  26.32 
 
 
454 aa  89.4  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  27.59 
 
 
559 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  26.08 
 
 
454 aa  89  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  26.08 
 
 
454 aa  89  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  26.47 
 
 
459 aa  88.2  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  26.08 
 
 
454 aa  88.6  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  27.66 
 
 
524 aa  87.4  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  29.6 
 
 
393 aa  87.4  6e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 
563 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  26.7 
 
 
454 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  26.58 
 
 
454 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  26.58 
 
 
454 aa  84.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  26.58 
 
 
454 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  26.58 
 
 
454 aa  83.6  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  27.69 
 
 
563 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  26.44 
 
 
453 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  29.97 
 
 
563 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  25.14 
 
 
506 aa  73.9  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0876  malonyl-CoA synthase  27.82 
 
 
510 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0768548 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0836  malonyl-CoA synthase  27.82 
 
 
510 aa  73.9  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.141452  normal  0.0577882 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1480  malonyl-CoA synthase  29.33 
 
 
509 aa  73.6  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000189244 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0329  malonyl-CoA synthase  25.07 
 
 
511 aa  73.6  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2790  malonyl-CoA synthase  25.47 
 
 
512 aa  73.2  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000139685  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0802  malonyl-CoA synthase  27.15 
 
 
510 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756606  normal  0.0286315 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0035  AMP-dependent synthetase and ligase  24.23 
 
 
571 aa  72  0.00000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.284742  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2752  malonyl-CoA synthase  26.06 
 
 
547 aa  71.6  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0433908 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  25.28 
 
 
506 aa  70.9  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0483  malonyl-CoA synthase  25.7 
 
 
503 aa  70.9  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.61 
 
 
568 aa  70.5  0.00000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7251  malonyl-CoA synthase  26.02 
 
 
507 aa  70.1  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  25.91 
 
 
507 aa  70.1  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  25.57 
 
 
427 aa  70.1  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5138  malonyl-CoA synthase  24.11 
 
 
510 aa  68.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.809655  normal  0.695279 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1041  malonyl-CoA synthase  27.78 
 
 
501 aa  69.3  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.200492  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5371  malonyl-CoA synthase  23.86 
 
 
504 aa  69.3  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6034  malonyl-CoA synthase  26.09 
 
 
507 aa  69.3  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.224104  normal  0.165563 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0574  malonyl-CoA synthase  23.21 
 
 
504 aa  69.3  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0996  malonyl-CoA synthase  23.59 
 
 
519 aa  68.6  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3119  malonyl-CoA synthase  26.03 
 
 
485 aa  68.2  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.646837  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1080  malonyl-CoA synthase  23.59 
 
 
519 aa  68.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.261639  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1719  malonyl-CoA synthase  25.21 
 
 
503 aa  68.6  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.982236 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2702  malonyl-CoA synthase  27.78 
 
 
501 aa  67.8  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0670195 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  26.15 
 
 
518 aa  67.8  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0518  malonyl-CoA synthase  23.9 
 
 
509 aa  67.8  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2538  malonyl-CoA synthase  24.43 
 
 
511 aa  67.4  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0616  malonyl-CoA synthase  23.21 
 
 
504 aa  67  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.562715  normal  0.268093 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1925  malonyl-CoA synthase  24.79 
 
 
500 aa  67  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  24.93 
 
 
516 aa  67  0.0000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  26.02 
 
 
492 aa  66.6  0.0000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4305  AMP-dependent synthetase and ligase  25.64 
 
 
467 aa  66.6  0.0000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.315541  normal  0.51495 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  28.21 
 
 
394 aa  66.6  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3600  malonyl-CoA synthase  23.53 
 
 
505 aa  66.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0083  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 
525 aa  66.2  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  26.68 
 
 
551 aa  65.5  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  25.21 
 
 
501 aa  65.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0422  malonyl-CoA synthase  25.47 
 
 
526 aa  64.3  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149212  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  26.69 
 
 
506 aa  64.3  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1569  long-chain fatty-acid-CoA ligase, putative  26.45 
 
 
510 aa  63.5  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.890411  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3491  acyl-CoA synthetase  25.64 
 
 
467 aa  63.5  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.310406 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>