More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0349 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  67.47 
 
 		 454 aa  639    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  67.25 
 
 		 453 aa  634    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  67.03 
 
 		 454 aa  648    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  67.03 
 
 		 454 aa  649    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  67.03 
 
 		 454 aa  649    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  67.47 
 
 		 454 aa  646    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  67.47 
 
 		 454 aa  646    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  100 
 
 		 455 aa  934    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  67.03 
 
 		 454 aa  651    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  67.03 
 
 		 454 aa  642    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  66.81 
 
 		 454 aa  645    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  63.52 
 
 		 454 aa  632  1e-180  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  64.18 
 
 		 454 aa  629  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  63.08 
 
 		 459 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  62.64 
 
 		 459 aa  598  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  38.68 
 
 		 562 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 		 557 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  37.84 
 
 		 557 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  39.38 
 
 		 466 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  38.82 
 
 		 568 aa  274  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 		 557 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  36.71 
 
 		 563 aa  265  8.999999999999999e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  37 
 
 		 457 aa  259  6e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 615 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  40.71 
 
 		 524 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  40.91 
 
 		 563 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  38.76 
 
 		 559 aa  251  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  41.36 
 
 		 551 aa  245  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  39.32 
 
 		 561 aa  238  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  35.32 
 
 		 457 aa  230  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  36.76 
 
 		 563 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  37.03 
 
 		 563 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 451 aa  219  6e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  35.49 
 
 		 591 aa  197  3e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 565 aa  196  8.000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 453 aa  191  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  33.18 
 
 		 427 aa  155  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  28.3 
 
 		 448 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  28.2 
 
 		 450 aa  113  7.000000000000001e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  27.55 
 
 		 435 aa  110  6e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  26.96 
 
 		 448 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  27.33 
 
 		 518 aa  102  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.2 
 
 		 569 aa  96.7  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  26.7 
 
 		 609 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.85 
 
 		 565 aa  93.6  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  27.01 
 
 		 584 aa  93.6  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  28.69 
 
 		 580 aa  91.3  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  26 
 
 		 590 aa  91.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  26 
 
 		 590 aa  91.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  25.79 
 
 		 609 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.7 
 
 		 565 aa  90.1  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  26.67 
 
 		 518 aa  88.6  2e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 		 570 aa  87.8  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  26.81 
 
 		 453 aa  86.7  9e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 		 446 aa  86.3  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  25.86 
 
 		 443 aa  83.6  0.000000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  26.36 
 
 		 501 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  29.92 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 		 458 aa  81.6  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  25.71 
 
 		 593 aa  81.3  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  26.65 
 
 		 466 aa  79  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  26.7 
 
 		 541 aa  72.8  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2003  acetate--CoA ligase  26.11 
 
 		 650 aa  70.1  0.00000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807811  hitchhiker  0.00673553 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  24.76 
 
 		 411 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  26.91 
 
 		 403 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0103  4-coumarate--CoA ligase  25.08 
 
 		 367 aa  66.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4723  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  26.39 
 
 		 370 aa  65.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0664  acetyl-CoA synthetase  25 
 
 		 667 aa  64.7  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0597  acetyl-CoA synthetase  25.76 
 
 		 657 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2787  AMP-dependent synthetase and ligase  22.67 
 
 		 518 aa  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.296837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3934  acetate--CoA ligase  24.58 
 
 		 639 aa  63.9  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.118564 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  22.08 
 
 		 517 aa  63.9  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3935  acetate--CoA ligase  24.93 
 
 		 650 aa  63.5  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.82655  normal  0.289959 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3092  amino acid adenylation domain protein  23.42 
 
 		 1533 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4775  AMP-dependent synthetase and ligase  22.48 
 
 		 468 aa  62.4  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36010  acetyl-CoA synthetase  23.46 
 
 		 663 aa  62  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.107334 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1685  acetyl-CoA synthetase  23.48 
 
 		 666 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1138  acetate--CoA ligase  23.29 
 
 		 657 aa  61.6  0.00000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3454  amino acid adenylation domain protein  35.59 
 
 		 1339 aa  61.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0624608  decreased coverage  0.0000000205264 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0756  acetate--CoA ligase  23.01 
 
 		 634 aa  60.8  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1286  acetate/CoA ligase  23.72 
 
 		 658 aa  61.2  0.00000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  hitchhiker  0.00108265  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0550  acetyl-CoA synthetase  25.28 
 
 		 667 aa  61.2  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0200961  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1116  acetyl-CoA synthetase  30.43 
 
 		 653 aa  60.8  0.00000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.311917  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21680  acyl-CoA synthetase  23.23 
 
 		 480 aa  60.8  0.00000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.656623 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  24.38 
 
 		 552 aa  60.5  0.00000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1637  acetyl-CoA synthetase  24.38 
 
 		 667 aa  60.5  0.00000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.97368 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3984  amino acid adenylation  23.04 
 
 		 1643 aa  60.1  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.585972 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0144  AMP-dependent synthetase and ligase  25.99 
 
 		 504 aa  59.7  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.846465  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1969  acetyl-CoA synthetase  22.84 
 
 		 655 aa  59.7  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4746  amino acid adenylation  22.19 
 
 		 983 aa  59.7  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4118  acetate/CoA ligase  22.88 
 
 		 652 aa  59.3  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0798  amino acid adenylation domain protein  29.29 
 
 		 4183 aa  59.3  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1637  acetate/CoA ligase  22.84 
 
 		 655 aa  59.7  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000196907 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3351  AMP-dependent synthetase and ligase  24.29 
 
 		 472 aa  59.3  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.156488 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0495  putative methyltransferase  25.15 
 
 		 798 aa  58.5  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.722631  normal  0.300307 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2004  acetate--CoA ligase  24.01 
 
 		 639 aa  58.9  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00145816 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  23.97 
 
 		 495 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.215812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2102  AMP-dependent synthetase and ligase  21.05 
 
 		 508 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0103698  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0126  AMP-dependent synthetase and ligase  25.57 
 
 		 504 aa  58.2  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  24.41 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>