More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0480 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
446 aa  893    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  45.73 
 
 
435 aa  325  8.000000000000001e-88  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  45.73 
 
 
450 aa  325  1e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  47.13 
 
 
501 aa  312  6.999999999999999e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  44.59 
 
 
590 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  44.59 
 
 
590 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  44.04 
 
 
565 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  46.05 
 
 
580 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  43.49 
 
 
565 aa  307  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  44.64 
 
 
584 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  42.6 
 
 
593 aa  300  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  42.86 
 
 
570 aa  299  6e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  43.74 
 
 
609 aa  298  9e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  42.76 
 
 
569 aa  297  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  44.34 
 
 
458 aa  296  4e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  43.52 
 
 
609 aa  289  8e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  40.93 
 
 
448 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  45.83 
 
 
466 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  43.29 
 
 
443 aa  272  1e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  41 
 
 
453 aa  265  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  27.68 
 
 
466 aa  127  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  28.7 
 
 
457 aa  124  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  27.29 
 
 
451 aa  122  9e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  24.11 
 
 
448 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  31.46 
 
 
591 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 
557 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 
557 aa  107  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  26.72 
 
 
565 aa  103  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  27.93 
 
 
568 aa  103  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  27.67 
 
 
454 aa  103  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  26.97 
 
 
563 aa  100  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  28.43 
 
 
454 aa  99.8  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  28.78 
 
 
454 aa  99.8  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  28.78 
 
 
454 aa  99.8  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  27.61 
 
 
454 aa  98.6  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  27.61 
 
 
454 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  28.86 
 
 
454 aa  98.2  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  27.36 
 
 
454 aa  97.8  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  27.36 
 
 
454 aa  97.1  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  27.36 
 
 
454 aa  96.7  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  25.54 
 
 
459 aa  96.3  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  25.06 
 
 
454 aa  95.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  24.74 
 
 
474 aa  93.6  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  32.61 
 
 
561 aa  94  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  25.17 
 
 
453 aa  92.8  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  26.62 
 
 
562 aa  92  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 
559 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  25 
 
 
457 aa  90.9  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 
615 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  28.17 
 
 
455 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  26.03 
 
 
393 aa  84  0.000000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  28.43 
 
 
551 aa  82  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  26.03 
 
 
459 aa  81.3  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  27.36 
 
 
563 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  25.94 
 
 
524 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  27 
 
 
453 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 
557 aa  73.9  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4220  non-ribosomal peptide synthetase  26.28 
 
 
2628 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.663079 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  28.71 
 
 
403 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  23.34 
 
 
522 aa  68.6  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  29.52 
 
 
394 aa  68.6  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  23.34 
 
 
662 aa  66.6  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3733  amino acid adenylation domain-containing protein  25.94 
 
 
1779 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.279948 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2150  pyoverdine sidechain peptide synthetase IV, D-Asp-L-Ser component  28.2 
 
 
2875 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  24.65 
 
 
553 aa  65.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3250  AMP-dependent synthetase and ligase  30.45 
 
 
462 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  24.31 
 
 
495 aa  65.1  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0224  AMP-dependent synthetase and ligase  27.04 
 
 
501 aa  64.7  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0218  AMP-dependent synthetase and ligase  27.04 
 
 
501 aa  64.7  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1960  non-ribosomal peptide synthase:amino acid adenylation  27.79 
 
 
2883 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.77716 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2523  AMP-dependent synthetase and ligase  23.42 
 
 
472 aa  63.5  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3733  amino acid adenylation domain protein  26.53 
 
 
2855 aa  63.2  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4085  amino acid adenylation domain-containing protein  27.97 
 
 
2606 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  26.07 
 
 
563 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3536  AMP-dependent synthetase and ligase  24.81 
 
 
530 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4791  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 
500 aa  62  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.743818 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  25.79 
 
 
563 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3742  amino acid adenylation domain protein  27.07 
 
 
1358 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.798811  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  24.47 
 
 
548 aa  61.6  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3600  malonyl-CoA synthase  25.14 
 
 
505 aa  61.6  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4410  AMP-dependent synthetase and ligase  27.58 
 
 
500 aa  60.8  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  27.58 
 
 
500 aa  60.8  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.62299  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1925  malonyl-CoA synthase  24.93 
 
 
500 aa  60.5  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  25.07 
 
 
551 aa  60.5  0.00000006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0524  AMP-dependent synthetase and ligase  27.02 
 
 
525 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319633  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3802  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 
545 aa  58.9  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1530  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  24.46 
 
 
504 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4735  AMP-dependent synthetase and ligase  24.36 
 
 
509 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.660645  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  21.11 
 
 
561 aa  58.2  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4039  amino acid adenylation domain-containing protein  27.11 
 
 
3224 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2870  malonyl-CoA synthase  23.65 
 
 
506 aa  57.8  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689672  normal  0.236454 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1487  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  24.46 
 
 
504 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  24.38 
 
 
498 aa  57.8  0.0000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  25.11 
 
 
471 aa  57.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.459237  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2094  malonyl-CoA synthase  23.38 
 
 
506 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0754737  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0518  malonyl-CoA synthase  25.11 
 
 
509 aa  57.4  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  26.65 
 
 
486 aa  57  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3920  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  24.46 
 
 
504 aa  57  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6898  AMP-dependent synthetase and ligase  27 
 
 
536 aa  57  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1846  acyl-CoA synthetase  20.8 
 
 
412 aa  57  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.259612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>