More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3602 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  96.98 
 
 		 563 aa  1000    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 563 aa  1118    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  61.07 
 
 		 562 aa  631  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  60.21 
 
 		 568 aa  622  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  56.75 
 
 		 615 aa  610  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  54.38 
 
 		 563 aa  556  1e-157  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  52.67 
 
 		 557 aa  545  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  52.67 
 
 		 557 aa  545  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  38.42 
 
 		 559 aa  329  7e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  37.9 
 
 		 563 aa  289  8e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 551 aa  287  4e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  36.64 
 
 		 524 aa  280  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  34.97 
 
 		 454 aa  264  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  34.97 
 
 		 454 aa  264  4e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  35.51 
 
 		 454 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  35.28 
 
 		 454 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  35.51 
 
 		 454 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  34.38 
 
 		 454 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  34.82 
 
 		 454 aa  262  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  36.5 
 
 		 459 aa  262  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  35.71 
 
 		 459 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  36.82 
 
 		 453 aa  261  3e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  36.28 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  34.67 
 
 		 454 aa  258  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 557 aa  257  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  34.82 
 
 		 454 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  33.19 
 
 		 466 aa  252  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  33.85 
 
 		 454 aa  250  5e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  34.55 
 
 		 455 aa  248  3e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 565 aa  238  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  36.71 
 
 		 561 aa  231  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  30 
 
 		 457 aa  216  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  34.36 
 
 		 591 aa  202  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 		 451 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 453 aa  191  2.9999999999999997e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  32.31 
 
 		 457 aa  181  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  26.91 
 
 		 448 aa  167  6.9999999999999995e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  28.88 
 
 		 427 aa  143  7e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  27.54 
 
 		 518 aa  139  2e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  29.66 
 
 		 609 aa  133  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  29.85 
 
 		 609 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  26.22 
 
 		 518 aa  130  9.000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  30.18 
 
 		 590 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  30.18 
 
 		 590 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  29.78 
 
 		 584 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  32.05 
 
 		 565 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  31.03 
 
 		 580 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  31.47 
 
 		 565 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  31.77 
 
 		 435 aa  110  7.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  29.22 
 
 		 570 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  31.34 
 
 		 450 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.1 
 
 		 569 aa  107  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  28.88 
 
 		 593 aa  97.1  8e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  29.52 
 
 		 501 aa  95.1  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  31.49 
 
 		 443 aa  93.2  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  28.85 
 
 		 393 aa  93.2  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  26.4 
 
 		 446 aa  91.3  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  26.57 
 
 		 448 aa  90.9  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  28.99 
 
 		 453 aa  79  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  30.38 
 
 		 411 aa  76.6  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  27.99 
 
 		 466 aa  76.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  23.72 
 
 		 474 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  27.52 
 
 		 499 aa  73.9  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3515  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase, FabA/FabZ  33.68 
 
 		 123 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3383  thioester dehydrase family protein  34.26 
 
 		 120 aa  72  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  24.95 
 
 		 509 aa  69.7  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33610  peptide synthase  35.16 
 
 		 5149 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.844682 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4372  thioester dehydrase family protein  31.48 
 
 		 124 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3892  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  31.91 
 
 		 128 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0524  AMP-dependent synthetase and ligase  29.39 
 
 		 525 aa  68.6  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.319633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2364  AMP-dependent synthetase and ligase  24.68 
 
 		 497 aa  68.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472982  normal  0.0410842 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3918  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  26.18 
 
 		 549 aa  68.2  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  23.61 
 
 		 585 aa  68.2  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4600  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.83 
 
 		 125 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141318 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0518  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  25.21 
 
 		 485 aa  67.4  0.0000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2789  AMP-dependent synthetase and ligase  27.84 
 
 		 384 aa  67.4  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0346  thioester dehydrase family protein  31.48 
 
 		 124 aa  67.4  0.0000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0337  thioester dehydrase family protein  31.48 
 
 		 124 aa  67.4  0.0000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3680  thioester dehydrase family protein  31.48 
 
 		 124 aa  67  0.0000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0145  AMP-dependent synthetase and ligase  21.15 
 
 		 812 aa  66.6  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00701888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1847  amino acid adenylation  34.25 
 
 		 1070 aa  66.6  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0348  thioester dehydrase family protein  33.33 
 
 		 130 aa  66.6  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1960  non-ribosomal peptide synthase:amino acid adenylation  25.1 
 
 		 2883 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.77716 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0894  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  37.5 
 
 		 114 aa  65.5  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.392479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3491  acyl-CoA synthetase  27.63 
 
 		 467 aa  65.1  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2905  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 502 aa  65.1  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.587257 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0442  thioester dehydrase family protein  32.65 
 
 		 137 aa  65.1  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0346  thioester dehydrase family protein  31.63 
 
 		 134 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00369788 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1006  AMP-dependent synthetase and ligase  27.73 
 
 		 585 aa  65.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0932  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  24.87 
 
 		 485 aa  64.7  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.210053  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0878  benzoate-CoA ligase family  26.69 
 
 		 518 aa  64.7  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.36254  normal  0.31927 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0951  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  24.87 
 
 		 485 aa  64.7  0.000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0343  thioester dehydrase family protein  31.63 
 
 		 134 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0336  thioester dehydrase family protein  31.63 
 
 		 134 aa  65.1  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4656  benzoate-CoA ligase family  26.65 
 
 		 517 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 606 aa  64.3  0.000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2492  malonyl-CoA synthase  26.7 
 
 		 504 aa  64.3  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.318474  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4680  coronafacic acid synthetase, ligase component  25.22 
 
 		 509 aa  63.9  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.128923  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0338  thioester dehydrase family protein  31.63 
 
 		 134 aa  63.5  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  26.15 
 
 		 505 aa  63.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>