More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2648 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_2648  acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  100 
 
 
403 aa  820    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1819  4-coumarate--CoA ligase  38.02 
 
 
394 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0064272  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  34.42 
 
 
411 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0103  4-coumarate--CoA ligase  29.73 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 
561 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1674  AMP-dependent synthetase and ligase  26.57 
 
 
482 aa  78.6  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3664  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.52 
 
 
532 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  20.92 
 
 
448 aa  76.3  0.0000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0667  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 
536 aa  76.3  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0883  AMP-dependent synthetase and ligase  32.26 
 
 
534 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000227614  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.8 
 
 
569 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3231  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 
534 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000448213  normal  0.730696 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3139  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 
534 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000126557  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  28.87 
 
 
557 aa  73.6  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0956  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 
533 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.646193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  27.96 
 
 
466 aa  72.8  0.000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3334  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 
533 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0892803  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1058  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 
533 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.599602  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0218  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.84 
 
 
516 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0925378 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  28.25 
 
 
443 aa  71.6  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  20.41 
 
 
514 aa  71.6  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  36.08 
 
 
533 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3266  AMP-dependent synthetase and ligase  38.74 
 
 
511 aa  71.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  27.71 
 
 
551 aa  70.9  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  21.6 
 
 
512 aa  70.5  0.00000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  27.57 
 
 
565 aa  70.5  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  23.68 
 
 
585 aa  70.5  0.00000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1905  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 
512 aa  70.5  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.97218  normal  0.26016 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0449  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.48 
 
 
516 aa  70.5  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.93416 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3397  putative acyl-CoA synthetase  25.07 
 
 
487 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000328884 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0186  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.94 
 
 
506 aa  69.7  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0230763  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.94 
 
 
506 aa  69.7  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.761031  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.94 
 
 
506 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  28.71 
 
 
446 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.57 
 
 
486 aa  69.7  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  25.64 
 
 
506 aa  68.6  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  42.27 
 
 
504 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 
615 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 
551 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 
557 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 
557 aa  67.4  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  34.02 
 
 
533 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 
562 aa  67  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 
507 aa  66.6  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4161  acyl-CoA synthetase  36.94 
 
 
517 aa  66.2  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  27.64 
 
 
568 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.84 
 
 
512 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100628  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  26.91 
 
 
455 aa  66.2  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 
559 aa  65.1  0.000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.23 
 
 
516 aa  65.5  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.04 
 
 
513 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  22.93 
 
 
564 aa  65.5  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5158  putative o-succinylbenzoate-CoA ligase  37.5 
 
 
527 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.20469 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0912  AMP-dependent synthetase and ligase  38.54 
 
 
515 aa  65.1  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.881726 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  23.28 
 
 
514 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  26.5 
 
 
448 aa  64.7  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0848  AMP-dependent synthetase and ligase  32.43 
 
 
517 aa  64.3  0.000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  24.29 
 
 
427 aa  64.3  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1347  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 
512 aa  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  24.93 
 
 
492 aa  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 
557 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0221  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 
510 aa  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1681  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.04 
 
 
514 aa  63.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10216  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.04 
 
 
537 aa  63.2  0.000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  25.32 
 
 
532 aa  63.2  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 
590 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0305097  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1276  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 
590 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.011036  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1957  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 
590 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000391168  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1782  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 
590 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.177104  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1803  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 
590 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.911304  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1764  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 
590 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0022418  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1035  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 
590 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.526739  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1902  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.14 
 
 
518 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889055  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2529  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 
590 aa  63.2  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.26444  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2934  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 
535 aa  63.2  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3612  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.14 
 
 
514 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5032  acyl-CoA synthetase  34.58 
 
 
501 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  21.36 
 
 
581 aa  62.8  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  21.36 
 
 
554 aa  62.8  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2897  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.66 
 
 
531 aa  62.4  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00596817  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  39.8 
 
 
517 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.19 
 
 
478 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0307  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 
571 aa  62.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0610213 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 
523 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.713722 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4737  acyl-CoA synthetase  35.42 
 
 
501 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987006  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  28.26 
 
 
593 aa  62.4  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4649  acyl-CoA synthetase  35.42 
 
 
501 aa  62.8  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1840  acyl-CoA synthetase  22.44 
 
 
412 aa  61.6  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.15 
 
 
557 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1814  acyl-CoA synthetase  22.69 
 
 
412 aa  62  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0396009  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.53 
 
 
572 aa  62  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.97 
 
 
557 aa  62  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0033  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  27.98 
 
 
361 aa  61.6  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.648797  normal  0.336703 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2018  acyl-CoA synthetase  23.4 
 
 
412 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.75082e-44 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0015  acyl-CoA synthetase  35.09 
 
 
511 aa  62  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.323665 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1983  acyl-CoA synthetase  22.44 
 
 
412 aa  61.6  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1106  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.45 
 
 
557 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  33.66 
 
 
533 aa  62.4  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 
557 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.82 
 
 
501 aa  61.6  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130976  hitchhiker  0.0000354644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>